Le crime dans Starling City étant à son niveau le plus bas, Oliver pense qu'il peut enfin trouver l'équilibre entre être le justicier et Olivier Queen. Diggle devient père, Lance est promu capitaine, Laurel rejoint le cercle fermé du justicier et Felicity obtient un job à mi-temps pour joindre les deux bouts

Lance appelle le justicier lorsqu'un autre archer apparait en ville et commence à s'en prendre aux hommes d'affaires. Oliver s'inquiète de ne pas avoir de nouvelles de Thea et Roy décide de lui dire la vérité sur la raison de son départ.

Oliver decide de partir retrouver Thea pour lui demander de revenir à Starling City. En compagnie de Roy et Diggle, il s’envole alors pour Corto Maltese, une île d’Amérique du Sud. Laura cherche un moyen de gérer la rage qui grandit en elle depuis la mort de sa sœur, alors que Felicity commence son nouveau travail.

Nyssa confronte Oliver au sujet de Sara qui lui apprend sa mort. Lorsqu’il découvre que Malcolm Merlyn est encore en vie, ce dernier devient le suspect principal. De retour à Starling City, Thea ne chôme pas et a déjà trouvé des investisseurs pour rouvrir le club.

Quand Starling City est victime d’une attaque cybernétique, Felicity doit dépasser ses limites pour y mettre un terme. La situation est compliquée par la présence de sa mère Donna, venue lui rendre visite par surprise. Thea achète un appartement avec l’argent hérité de Malcolm Merlyn, un choix que désapprouve Oliver.

Les cadavres s’accumulent à Starling City, jusqu’au club de Ted Grant, qui devient le suspect numéro 1. Alors que Laurel lui sert d’alibi et est convaincue de son innocence, Oliver tente de découvrir la vérité. Roy révèle à Felicity ce qui l’empêche de dormir.

Oliver doit stopper une femme obsédée par Arrow qui est prête à tout pour attirer son attention. Ray invite Felicity à un repas d’affaire avec un important client. Thea recherche un DJ pour marquer la réouverture du club.

Oliver, Arsenal et Diggle traquent la position d’un tueur au boomerang, Digger Harkness, mais ils sont surpris quand ils se retrouvent face à face avec une équipe de l’ARGUS. Diggle demande à Lyla en quoi l’ARGUS est impliqué mais elle esquive sa question, jusqu'au moment où Harkness attaque le bâtiment de l’organisation, tue plusieurs agents et la cible. Arrow prend part au combat et obtient l’aide d’un vieil ami, Flash. Harkness parvient à s’enfuir et Oliver fait de nouveau équipe avec Barry pour le retrouver avant qu’il ne mette la main sur Lyla. Quand Harkness pose cinq bombes dans la ville pour qu’elles explosent en même temps, les deux équipes doivent s’allier pour sauver la ville.

De retour à Starling City, Nyssa annonce à Oliver qu’il n’a plus que 48 heures pour livrer le tueur de Sara ou les assassins de la ligue s’en prendront à des gens innocents. Dinah Lance vient rendre visite à sa famille, alors que Ray divulgue à Felicity pourquoi il a acheté Queen Consolidated.

À la suite du combat d'Oliver avec Ra's Al Ghul, Diggle et Arsenal continuent de protéger la ville pendant l'absence d'Arrow. Cependant, après trois jours sans nouvelles d'Oliver, ils commencent à craindre que le pire soit arrivé à leur ami. Felicity refuse de croire qu'Oliver puisse être mort jusqu'à ce que Merlyn fasse une visite surprise à la team. Thea suspecte quelque chose quant à la disparition d'Oliver et demande une faveur à Merlyn. Pendant ce temps là, Ray teste une partie de sa nouvelle combinaison et Laurel prend le manteau du Black Canary.

Arsenal et Diggle discutent avec Laurel du fait qu’elle ne pourra jamais remplacer sa sœur. Ils essaient de la raisonner avant qu’elle ne soit tuée. D’un autre côté, Brick kidnappe tous les magistrats de la ville et menace de tous les tuer si la Police n’évacue pas les Glades. Pendant ce temps, Ray intervient pour aider Lance et les forces de Police à lutter contre Brick, dévoilant ainsi une nouvelle facette de sa personnalité à Felicity. Malcolm annonce à Thea que Ra’s Al Ghul en a après lui ainsi qu’à sa famille, et qu’ils doivent quitter la ville immédiatement.

Toujours en train d'opérer sans Oliver, et en difficulté pour stopper Brick, la team Arrow est forcée de réfléchir à l'offre d'aide de Malcolm pour arrêter Brick, avec qui Malcolm à une affaire personnelle à régler. Roy et Laurel pensent que l'équipe aurait besoin d'aide pour sauver les innocents des Glades, mais Felicity est catégoriquement contre. Ils se tournent vers Diggle pour prendre la décision finale. Les flashbacks raconteront la transformation de Malcolm d'un père et mari chaleureux à un tueur de sang-froid après la meurtre de sa femme.

Oliver est surpris par les changements dans la Team Arrow. Il a l'habitude de donner les ordres, mais voit que l'équipe a évolué pendant son absence et les tensions dégénèrent rapidement dans le repaire. Oliver est furieux que Laurel fasse la Black Canary et lui demande d'arrêter de risquer sa vie, mais quand Vertigo est de nouveau libre, Laurel va à l'encontre de la volonté d'Oliver et poursuit Vertigo, qui l'attaque avec une grosse dose de drogue. La plus grande peur de Laurel concerne sa sœur Sara et Vertigo entraîne une hallucination menant au combat entre Canary et Black Canary. Pendant ce temps là, Chase surprend Thea et Roy en prévenant Thea de rester éloignée de Malcolm.

Malcolm met Oliver et Thea dans une situation dangereuse qui les débarque sur Lian Yu avec l'ancien ennemi d'Oliver, Deathstroke. Un flashback révèle quand Oliver et Maseo sont revenus à Starling City pour récupérer l'arme biologique Omega, et malgré les ordres très stricts d'Amanda Waller de ne pas se faire voir de quelqu'un, Oliver va voir sa famille, Laurel et Tommy.

Malcolm est capturé par Ra’s Al Ghul et ramené jusqu’à Nanda Parbat. A cause de son amour pour sa petite sœur Thea, Oliver va considérer qu’il doit sauver Malcolm des mains du chef de la Ligue des Assassins. D’un autre côté, Ray veut absolument terminer son costume d'Atom afin de protéger les habitants de Starling City. Sauf que Felicity est terrorisée à l’idée qu’il suive les traces d’Oliver Queen.

Oliver retourne chez lui après la révélation de Ra's Al Ghul. Un nouvel ennemi est sur place et commence à terroriser Starling City : il s'agit de Murmur, un homme dont la bouche a été cousue. Pendant ce temps, Laurel et Nyssa commencent à se rapprocher grâce à leurs soucis communs avec leur père respectif.

L’heure est à la fête pour Diggle et Lyla, ils se marient. Cependant, Deadshot interrompt leur lune de miel pour leur annoncer que la Suicide Squad s’est vue assigner une nouvelle mission – secourir le Sénateur des États-Unis Joseph Cray d’une prise d’otages en République de Kasnia. Amanda Waller expose la mission et leur présente la dernière recrue de l’équipe, Cupid. Pendant ce temps, Oliver découvre le costume de Ray, Atom. Les deux hommes ont une discussion musclée. Felicity et Ray traversent une mauvaise passe.

Au cours de l’attaque dans les bureaux du maire, Ray Palmer est gravement blessé. La mère de Felicity vient apporter son soutien moral à sa fille à l’hôpital. Le Capitaine Lance concentre toutes les forces de police vers Arrow dans le but de l’arrêter pour ses récents crimes.

Lance continue sa mission pour arrêter Arrow alors Felicity ordonne à Oliver de se faire discret. Cependant, quand un méta-humain appelé Jake Simmons qui tue avec de l'énergie plasmique, commence à terroriser Starling CIty, Oliver est forcé de demander de l'aide à Ray. L'impossible duo est forcé de travailler ensemble pour sauver la ville.

Finalement Ra's al Ghul fait une offre qu'Oliver ne peut refuser. La Team se joint à lui dans son voyage à Nanda Parbat où une Felicity au coeur brisé décide de prendre les choses en main.

Oliver passe par une transformation rigoureuse. La Ligue des Assassins a des vus sur Nyssa, qui est de retour à Starling City pour entraîner Laurel. Quand Nyssa réalise qu'ils vont venir, elle s'équipe pour les affronter seule mais Laurel demande à Felicity et Diggle de l'aider à protéger sa nouvelle amie.

Oliver/Al Sah-Him termine son entraînement et se retrouve avec deux tâches finales pour devenir le prochain Ra's al Ghul. Ra's al Ghul menace Nyssa et annonce de choquantes nouvelles. Pendant ce temps, Malcolm fait une surprenante offre à la Team Arrow et Thea va voir Roy.

La vie de chacun est en danger alors que Ra's al Ghul met en place son plan final. Oliver/Al Sah-Him doit décider s'il est assez fort pour assumer ce nouveau rôle et ce que cela signifie pour tout le monde, pour la Team Arrow et pour son âme.