Comincia il nuovo anno scolastico, e Veronica Mars frequenta ora l'Hearst College. Lei e Logan stanno ancora insieme e Veronica vive ancora a casa con suo padre. Anche Mac e Wallace frequentano l'Hearst College e hanno dei nuovi compagni di stanza. Infine anche lo stupratore della seconda stagione si trova ancora nel campus dell'Hearst.

Sentendosi in colpa per non aver aiutato l'ultima vittima, Veronica decide di catturare da sé lo stupratore dell'Hearst. Scopre che Parker aveva partecipato alla festa delle Theta Beta la notte dello stupro. Parker e una sua amica erano state riportate nelle loro stanze dal servizio di sicurezza degli studenti perché ubriache e non in grado di tornarci da sole.

A un membro della squadra di football del College di nome Kurt viene rubato il quaderno contenente tutti gli schemi della squadra: la sua fidanzata, Trish, è la responsabile della radio dell'Hearst, di cui Piz vuole fare parte. Piz chiede così aiuto a Veronica perché risolva il caso.

Keith invita a cena Logan per la prima volta, il che suscita in Veronica una discreta ansia. Parker si scusa con Veronica per averle dato la colpa per il suo stupro dopo aver scoperto che anche Veronica era stata violentata qualche anno prima.

Al corso di criminologia Veronica presenta Weevil per una tesina sulle condizioni sociali che spingono alla criminalità. Per Halloween Veronica va nella stanza del campus in cui è organizzata una bisca, ma mentre si trova lì un gruppo di ragazzi mascherati da presidenti rapinano tutti i presenti, e Veronica sospetta di Weevil.

Dopo che Veronica è stata l'unica del corso di criminologia a meritare una A, il prof. Landry si offre di essere il suo referente; ma viene accusata da un suo compagno, Jeff, di aver copiato il compito da un sito internet, e così dovrà dimostrare la sua innocenza.

Veronica va a stare nella stanza di Piz e Wallace, che sono via per il week-end, dopo che Keith ha trascorso la notte con Harmony e non è tornato a casa. Ma Piz è tornato prima perché Wallace è reso isterico dallo studio, così lei e Piz divideranno la stanza.

Veronica viene chiamata dal nuovo direttore del giornale del college come fotografa: dovrà andare al ricevimento che precede la votazione che potrebbe eliminare da Hearst le confraternite.

Mindy O'Dell si presenta 6 settimane dopo la morte del marito da Keith perché scopra chi lo ha ucciso: l'ipotesi di un suicidio non la convince, e se non verrà dimostrato che si tratta di omicidio lei non avrà soldi dall'assicurazione.

Il ragazzo di nome Max che aveva fornito a Wallace le risposte al test di ingegneria ingaggia Veronica affinché rintracci la ragazza che ama che si sposa la settimana dopo: di lei, però, non sa nulla se non il nome di battesimo.

Veronica è tormentata da incubi su Madison e Logan, e lo lascia. Lui le lascia un messaggio in cui le chiede scusa, ma lei ascolta solo la prima parte in cui lui le diceva di non giudicare, e lo cancella.

Al Neptune Grand, mentre Dick si gode una tanto improvvisa quanto bizzarra luna di miele, Logan trova una nuova amica, che, nonostante la giovane età, lo aiuta a superare la sua momentanea depressione.

Indagando sulla morte del rettore vengono trovate le impronte dell'ex-marito di Mindy su tutto il computer.

Il prof. Landry viene arrestato da Keith durante una lezione: Mindy ha ammesso che Cyrus era andato nella loro stanza in hotel e aveva litigato con Hank, minacciandolo di rovinare la sua carriera.

Logan organizza una festa di compleanno per Parker, e invita Veronica. La proprietaria del Babilon Gardens, Sabirah Krimani, si presenta nell'ufficio di investigazioni perché il suo locale è stato preso di mira da un gruppo di vandali a causa delle sue origini arabe.

Dopo i baci alla festa di Parker tra Piz e Veronica c'è un po' di imbarazzo. Piz vince il concorso per fare da guida ad una rockstar membro dei My Pretty Pony di nome Desmond, che visiterà il campus per raccogliere fondi per la stazione radio che altrimenti dovrà chiudere.

Mentre Veronica si prepara a sostenere il test per la licenza di investigatore privato, Piz legge le memorie di uno studente dell'Hearst di nome Apollo che è stato un bambino soldato in Uganda, e che presto lui dovrà intervistare alla radio.

Keith indaga su una truffa ad Hearst: qualcuno vende carte prepagate false da usare nei negozi al college. Weevil viene accusato di essere il venditore di queste carte, e viene quindi arrestato.

La puntata si apre con un Logan tutto insanguinato che si presenta a casa di Veronica per informarla che il suo ragazzo Piz l'ha ripresa in atteggiamenti provocatori per poi far girare per e-mail il video. Veronica non crede alle parole di Logan e si arrabbia a tal punto da dirgli di stare per sempre fuori dalla sua vita.