Die Crew der Serenity wird zu einem Zugüberfall genötigt. Als die Mitglieder feststellen, dass es sich bei der gestohlenen Fracht in Wirklichkeit um Medikamente für Flüchtlinge handelt, sind sie gezwungen, ihre Prioritäten neu zu überdenken.

Nachdem sie auf ein mit Sprengfallen versehenes Raumschiff mit dem einzigen überlebenden Besatzungsmitglied eines schrecklichen Reaver-Angriffs gestoßen ist, wird die Serenity von einem Kommandanten der Allianz geentert, der nach Simon und River sucht.

Nachdem sie einen friedlichen Planeten von einer Gruppe von Banditen befreit haben, werden Mal und seine Besatzung für ihr Heldentum geehrt. Doch als er zur Serenity zurückkehrt, erfährt der entsetzte Mal, dass er während der Feierlichkeiten versehentlich eine der einheimischen Frauen geheiratet hat.

Nachdem eine Explosion die Serenity lahmgelegt hat, befiehlt Mal allen, das Schiff zu verlassen, während er bei einem Reparaturversuch zurückbleibt – und erinnert sich zurück, wie er einst das Schiff gefunden und die Besatzung ausgewählt hat.

Während des Warentransports auf dem Planeten Persephone nimmt die Besatzung der Serenity an einem Ball teil, bei dem Mal mit einem von Inaras "Kunden" in Konflikt gerät.

Als Simon von einer Gruppe von Dorfbewohnern entführt wird, die einen Arzt brauchen, ist die Serenity gezwungen, Kontakt mit einem Schiff der Allianz aufzunehmen, um selbst medizinische Hilfe zu suchen.

Nach seiner Rückkehr nach Ariel heuert Simon die Besatzung an, River in ein Krankenhaus zu schmuggeln, damit Simon herausfinden kann, was die Allianz ihr angetan hat.

Die Spannungen an Bord der Serenity steigen, als Wash sich durch die Nähe zwischen Mal und Zoe bedroht fühlt.

Die Crew wird überrascht, als sich ein Kopfgeldjäger, der es auf die gewaltige Belohnung für Rivers Kopf abgesehen hat, an Bord der Serenity schleicht und methodisch beginnt, ein Besatzungsmitglied nach dem anderen gefangen zu nehmen.

Die Besatzung der Serenity transportiert Passagiere auf einen anderen Planeten und muss festzustellen, dass einer von ihnen in seiner Ladung etwas Merkwürdiges mitgeschmuggelt hat.