Il generale in pensione Stockwell ordina il rapimento di Hannibal per chiedere al veterano di liberare gli ostaggi di un aereo dirottato. Tra i passeggeri c'è un militare che potrebbe scagionare l'A-Team dalle accuse che pesano sui soldati dai tempi del Vietnam, ma non è detto che l'uomo sia disposto ad aiutarli...

L'unico uomo in grado di aiutare l'A-Team a difendersi dalle accuse della Corte marziale, Curtis, ha lasciato i veterani al loro destino. Nel corso del processo vengono ricostruiti gli eventi che portarono alla morte del colonnello Morrison, ma finalmente nuove prove paiono indicare delle connivenze tra questi e i Vietcong. Purtroppo, anche Murdock sembra implicato.

Murdock, con tanto di camicia di forza, se la svigna dall'ospedale psichiatrico e accorre per salvare l'A-Team dall'esecuzione imminente. Il generale Stockwell si reca nel luogo in cui sono custoditi Hannibal e gli altri e offre loro l'amnistia in cambio della disponibilità di tutti a partecipare ad alcuni missioni.

La collaborazione tra il generale Stockwell e Hannibal conduce l'A-Team alla prima missione per conto del militare: aiutare uno scienziato della Germania dell'Est a rifugiarsi in America. Hannibal e gli altri si spacciano per il proprietario, l'allenatore e i membri della squadra di football che incontrerà in amichevole i tedeschi.

Stockwell spedisce l'A-Team in missione a San Marcos, Paese governato da un dittatore e scosso dalla rivoluzione. I veterani devono liberare tre ostaggi americani. Mentre il nuovo acquisto del gruppo, Frankie, prende una cotta per una ragazza locale, Hannibal e gli altri collaborano con i ribelli.

Murdock viene invitato a fare la cosa che gli riesce meglio, il matto, quando il generale Stockwell viene rapito dal suo ex collega Ivan, con il quale ha collaborato a lungo durante l'impiego alla Cia. Il russo è in cerca di alcuni armamenti sottratti al Soviet dall'America e cerca di ottenere informazioni dal generale: se non sarà salvato in tempo, l'A-Team vedrà sfumare il condono.

Sberla è scettico circa la possibilità di ottenere l'amnistia promessa dal generale Stockwell prima di lasciare le penne in azione, così si ripropone di svignarsela durante l'adempimento dell'imminente missione. Durante il salvataggio della reporter Sally, tuttavia, viene a conoscenza di alcune informazioni ed è costretto a cambiare i suoi piani.

A.J. Bancroft è il proprietario di un documento che può provare la corruzione di alcune figure politiche; l'uomo, che sta morendo, chiede in cambio delle informazioni aiuto per rivedere la figlia e poter trascorrere con lei il Giorno del Ringraziamento. Intanto, Bancroft confessa a un membro dell'A-Team che Sberla è suo figlio!

Dopo la scomparsa di Hannibal, partito per una missione in solitario a Hong Kong, l'A-Team pretende dal generale Stockwell il permesso per andare a cercarlo, ma questi accetta solo se sarà lui stesso a guidare la squadra di recupero. Giunti in loco, i veterani incontrano il contatto di Hannibal sul posto, Alice Weath.

L'A-Team recupera il famigerato e misterioso teschio di cristallo durante una missione in Australia dai risvolti imprevedibili: Murdock, infatti, viene scambiato per una divinità da una tribù aborigena. Mentre il pilota deve dimostrare la propria immortalità agli aborigeni, una tribù rivale si riappropria del teschio con l'aiuto di monaci armati fino ai denti.

L'A-Team è incaricato di prendere in custodia il più pericoloso e misterioso terrorista sulla piazza. L'uomo ha ricevuto l'ordine di assassinare due figure politiche importantissime in quel di Monte Carlo, e Murdock si spaccia per l'agente Logan Ross allo scopo di sventare l'attentato e catturare il criminale.

Paula, figlia di Randy, è convinta che il padre si accinga a vendere ai sovietici la documentazione relativa a del materiale top secret. Aiutata da un vecchio amico, Bernie, la ragazza si rifugia nella casa di riposo dove alloggia l'uomo, ma i sovietici sono sulle sue tracce. Nel frattempo, Murdock viene rapito da una donna misteriosa.

L'A-Team prende le ferie, e il gruppo si divide, temporaneamente: mentre Frankie e Sberla vanno a trovare Murdock presso ristorante dove serve come cameriere, Hannibal e P.E. preferiscono guardare la partita. Quando il ristorante viene attaccato da tre criminali armati, Sberla viene ferito nel tentativo di fermarli, e i clienti del locale sono presi in ostaggio.