Die Reporterin April O’Neil bekommt einen Schrecken, als sie vier großen Schildkröten und einer Ratte gegenübersteht. Splinter erklärt ihr daraufhin seine und die Herkunft von Leonardo, Michelangelo, Donatello und Raphael. Die vier Schildkröten können sofort beweisen, was sie drauf haben, denn April wird kurze Zeit später entführt...

Als Splinter das Technodrome, die Kommandozentrale von Shredder gefunden hat, wird er entdeckt und gefesselt. Die vier Turtles geben alles, um ihren Meister zu befreien. Inzwischen hat Shredder ein Nashorn und ein Schwein mit zwei seiner Handlanger gekreuzt, um ihnen mehr Stärke zu geben. Ob die Turtles dieser Übermacht gewachsen sind, wird sich in diesem Abenteuer zeigen...

Baxter Stockman, ein Erfinder, kommt wie gerufen für den neuen Plan von Shredder. Mit Stockmans Hilfe will Shredder endlich Splinter und die Turtles fangen. Dazu konstruiert Stockman kleine Roboter und schickt sie in den Kampf...

Shredder will mit aller Macht die Turtles vernichten. Gerade recht kommen ihm dazu Kämpfer aus der Dimension X. Aber durch das Portal kommen auch einige Teenager gedüst, auf die die Turtles aufmerksam werden. Krang will unterdessen, dass Shredder ihm einen Körper sucht...

Shredder hat Krang einen neuen Körper gesucht. In seinem neuen Androidenkörper ist Krang schier unbesiegbar. Die Turtles müssen beweisen, was in ihnen steckt...