Megan Donner regresa a la unidad de CSI a tiempo para trabajar en un accidente de avión en Los Everglades. Mientras buscaban sobrevivientes, encuentran inexplicablemente el cadáver de una mujer a cinco millas del lugar. Cuando el único superviviente dice que la mujer abrió la escotilla del avión con el fin de suicidarse, Horatio es sospechoso. El equipo ahora debe recrear lo que ocurrió en ese vuelo fatal, sobre todo cuando las piezas no encajan entre sí.

Un collar bomba estalla, matando a un hombre y a un buen amigo de Horacio. Con su amigo (y mentor) muerto, Horacio trabaja incansablemente en este caso, preocupando a Megan, que perdió a su marido en el cumplimiento de su deber. Cuando tres bombas más aparecen, el equipo es puesto a prueba para averiguar quién lo está haciendo y quiénes son los objetivos. Con pruebas en la mano, buscan un puerto colombiano y descubrir cosas acerca de los trabajadores que piensan que va a ayudar a la causa. Sin embargo, nueva evidencia sugiere que el atacante es después de que el escuadrón de bombas.

Horatio y su equipo investigan el descubrimiento del torso parcial de un hombre por un grupo de pescadores que cortaron abrir un tiburón que captura, sólo para que el hombre sigue siendo vertido hacia fuera. Megan se da cuenta de que el hombre fue asesinado cuando ella descubre una herida de bala en el cadáver. Más tarde, una segunda víctima se encuentra flotando en un neumático.

Un hombre muerto con la garganta cortada y un rostro parcialmente quemado se descubre en una playa de Miami, junto con una chica joven inconsciente que fue golpeada y arrojada al mar. La investigación lleva a Horatio a una familia prominente de la Florida y su patriarca inflexible, que participó una vez en un misterioso caso que ha plagado a Horatio durante años.

Cuando un sacerdote es encontrado muerto en su rectoría tras haber sido brutalmente disparado, Megan, Calleigh y Speedle debe desenredar una red desordenada de los problemas familiares que conducen a su muerte. Por otra parte, Horatio y Eric intentan solucionar el emotivo caso de un vehículo explotó, lo que fue el hogar de una madre con el niño.

Todo el equipo investiga la escena del crimen de un parque de diversiones bajo techo cuando una joven es encontrado muerto en el baño. Tienen que localizar al hombre responsable de la incesante atroz crimen más rápido de lo normal, como todo el mundo en el lugar ha sido detenido hasta que se puede borrar. Lo que parece ser como un secuestro ordinario intentado resulta ser mucho más que cualquiera de los detectives habían negociado.

El cuerpo desnudo de un stripper que actuó en una fiesta privada en una finca de Coconut Grove, se encuentra a la mañana siguiente en un jardín de rosas cerca, y el CSI tienen dificultades para determinar la causa de la muerte. Mientras tanto, Megan investiga el caso de un nadador que de repente cayó muerto después de subir a bordo de un barco de siete millas en el Atlántico.

Horatio y su equipo debe descubrir las pruebas en el brutal asesinato de una familia entera en su propia casa. Los únicos supervivientes son un niño ensangrentado, y el padre que está en el quirófano. La suposición inmediata es que la madre es responsable, la depresión posparto, pero las pruebas demuestran un resultado impactante, diferente.

Un francotirador se dirige el centro de Miami y Horatio y su equipo deben correr para detener al asesino antes de que vuelva.

Horatio, Calleigh y Speedle raíz a través de la evidencia en el homicidio de un profesor extraño, la universidad no ortodoxo, cuando lo encuentran torturado y atado a un árbol. Sus sospechas se dirigió de inmediato hacia sus trece, como culto a los estudiantes. Por otro lado, Delko y Megan investigan un coche encontrado en el agua con un cadáver en el maletero, e inmediatamente sospecha una estafa de seguros.

Un hombre casado y su compañero de trabajo en busca de una diversión extracurricular que su ardor se ahogó cuando encuentran una mujer, una prostituta muerta en su bungalow, lo que lleva a un hombre de familia que ha estado ocultando un oscuro pasado. El equipo se encarga de un coche gato en el que un turista alemán fue asesinado, pero las circunstancias se parecen más al asesinato como la esposa salió ileso después del tiroteo.

Cuando un hombre inocente fallece a causa de una intoxicación química después de haber entrado en una casa, Horatio y Speedle descubren que el inmueble es uno de los muchos laboratorios móviles de drogas utilizados por un una red ilegal. Los primeros indicios indican que las drogas que allí se fabrican pueden ser mortales, por lo que los investigadores deben encontrar nuevas pruebas que inculpen a los responsables antes de que muera otra persona. Por otro lado, Calleigh y Delko investigan el brutal asesinato de una anciana en un centro de mayores.

Un ladrón y violador ha sido asesinado tras ser atacado sexualmente, por lo que Horatio y Speedle se desplazan al escenario del crimen en busca de pruebas. Poco después, los forenses centran su atención en varios objetos robados encontrados en la casa del hombre. Mientras, Calleigh y Delko investigan la muerte del propietario de un crematorio. Los resultados de sus pesquisas indican que el caso está relacionado con la desaparición de una joven y con el descubrimiento de cientos de cadáveres.

La unidad del C.S.I. se cierra temporalmente cuando aparece el cuerpo en descomposición de un drogadicto expuesto a elevados niveles de radiación. Las diversas pruebas encontradas llevan a Horatio hasta una abogada que agoniza debido a un envenenamiento por radiación. Sin embargo, la mujer se niega a cooperar con la investigación para proteger la demanda que ha interpuesto a una compañía farmacéutica.

El equipo investiga a un inmigrante ruso apuñalado hasta la muerte. Y la única testigo del crimen es una stripper que actuaba para él.

Antes de que Horatio testifique en un caso de asesinato en el cual el demandado es el marido de una alcaldesa, le aportan nuevos hechos que podrían probar que el hombre es inocente.

La investigación de un tiroteo cuando se transportaba droga a una incineradora supondrá una gran tensión para los trabajadores del CSI, al sentirse sospechosos del crimen que están intentando solucionar. Asuntos Internos cree que alguien del equipo dio el chivatazo del transporte de la droga.

Horatio intenta destapar por qué asesinaron a una mujer en la piscina en un hotel. La investigación se complica cuando intervienen los Federales y los Agentes del Departamento de Justicia. Además, el arma del asesinato se liga a un antiguo caso cerrado investigado por la cuñada de Horatio.

Un ex-convicto enviado a la cárcel por Horatio le pide ayuda para encontrar a su hijo desaparecido. Al buscar en su habitación, el equipo encuentra marihuana y revistas de armamento. Por otro lado, Speedle investiga la muerte de un hombre por asfixia.

DEl equipo investiga dos muertes de estudiantes que se encontraban en Mimai durante las vacaciones de primavera. La primera es una adolescente encontrada muerta en la playa con el cuello roto y con marcas de mordiscos en sus piernas. El segundo cuerpo es el de un joven encontrado en el fondo de la piscina de un motel y que aparentemente murió antes de caer al agua.

El equipo investiga el incendio ocurrido en una sala de fiestas en la que han muerto 16 personas. Las pistas indican que el fuego fue provocado para ocultar un asesinato.

Una explosión en un viejo caserón casi mata a Horatio y al equipo justo después de haber encontrado un cadáver. El caso adopta un carácter personal para Horatio cuando descubre que el principal sospechoso conoció a su hermano asesinado.

El equipo busca a una niña de siete años que ha sido secuestrada por el compañero de prisión de su padre