Sam et Dean sont laissés à ramasser les morceaux après la perte de leur mère, la disparition de Crowley et la mort déchirante de Castiel. La naissance de Jack laisse les frères Winchester avec des opinions divergentes sur la manière de gérer un Nephilim. Après avoir été entraînée dans la brèche, Mary doit apprendre à survivre à Lucifer et à un monde apocalyptique.

Sur le chemin du bunker, Sam, Dean et Jack rencontrent un ancien allié, Donatello Redfield (le prophète qui les a aidé lors de la bataille contre Amara).

Sam reçoit un appel d’une ancienne amie que lui et Dean n’ont pas vu depuis longtemps, Missouri Moseley. Elle leur demande de l’aide car sa protégée vient de mourir. Sam appelle Jody pour s’en occuper car il veut rester au bunker pour aider Jack à maîtriser ses pouvoirs. Dean, qui ne partage pas son opinion, part aider Missouri.

Dean et Sam pensent être présence d’un fantôme mais le DEM ne présente aucun résultat, ils se demandent donc si ce ne serait pas un revenant et donc décidé de déterrer le tombeau pour voir mais le corps est là. Ils repartent donc sur la thèse d’un fantôme et donc brûlent le corps.

Sam et Dean partent entre frère chasser sur une affaire qui parle de disparition et de monstre. Exceptionnellement, Jack reste au bunker. Sam est au petit soin pour Dean durant leur mission car il est toujours sous le choc du fait que Dean ne croit plus en rien ni en leur mission ni même en l’humanité.

Castiel est de retour dans l’equipe, quand ils reviennent au bunker’ on est témoin d’une scène de retrouvaille entre Jack et Castiel. Quelque temps après Jack prévient les garçons qu’il y a une affaire qui les attend à Dodge City au Kansas quartier rapport à une tombe vide. Jack pense à un zombie.

Dans cet épisode, toute l’équipe essaye de retrouver Jack qui s’en est allé, malheureusement sans succès. Castiel pense que ce sont peut-être les anges qui ont Jack et donc va poser des questions à un de ses contacts du paradis. Dean et Sam quant à eux reçoivent un appel d’un gérant d’un motel, celui-ci les prévient qu’un homme est venu poser des questions sur eux et Jack.

Sam et Dean ne savent plus comment faire pour retrouver Jack. Ils reçoivent un appel d’une personne possédant le moyen de retrouver le nephilim, ils fixent un rendez vous et se retrouvent dans un café.

Jack rencontre un marcheur de rêve nommé Derek Swan dans lequel Mary Winchester et Lucifer ont été pris au piège. Peu de temps après, les Winchester apprennent par le shérif Jody Mills que Derek est mort et que Jack est apparemment responsable. Les Winchester traquent Jack peu de temps après qu'il a aidé Kaia Nieves à sortir d'un centre de désintoxication.

Suite à l'ouverture d'une brèche par Jack et Kaia, les frères Winchester se retrouvent dans un monde parallèle peuplé par des dinosaures ainsi qu'une personne hostile. Jack est envoyé dans le même monde que celui où se trouve Mary. Quand à Kaia, elle n'est pas partie dans un autre monde, elle se retrouve au bord d'une route non loin du bateau dans lequel ils ont fait apparaître la brèche.

Wendy, la nièce de Donna a disparu et cette dernière appelle les Winchester pour l'aider à enquêter. Clegg, l'agent du FBI chargé officiellement de l'affaire pense que la jeune femme a été kidnappée par un tueur en série qu'il traque depuis 12 ans, "Le Papillon". L'enquête se poursuit et le caissier du café où Wendy a été vue pour la dernière fois se fait appréhender.

Dean est victime de deux sorcières, ses sœurs Jamie et Jennie Plum , qui réussissent à voler un puissant livre de sortilèges des frères Winchester.

Sam , Dean et Castiel recherchent Lucifer qui, quant à lui, conclut un contrat improbable avec un guérisseur religieux local nommé Sister Jo . Asmodeus se rapproche de Jack.

Jack et Mary parviennent à échapper aux griffes de Michael et finissent par trouver un allié dans le « monde apocalyptique » Bobby Singer.

Sam et Dean sont sur le point de rassembler tout ce dont ils ont besoin pour ouvrir une brèche dans le monde apocalyptique et peut -être sauver Mary et Jack.

Sam , Dean et Castiel sont transportés dans le monde animé de Scooby Doo où ils se joignent à la bande de Scooby pour résoudre un mystère fantomatique.

Sam et Dean continuent à rassembler les ingrédients nécessaires pour ouvrir une faille spatio - temporel afin de sauver leur famille. Leur dernière quête les amène à un bunker " Men of Letters " des années 1920 et à un dieu affamé d'une autre dimension.

Lucifer règne sur le ciel , exaspérant sa première dame, Jo . Sam et Castiel sont perplexes devant le retour de Gabriel . Et entre temps , Asmodeus veut absolument retrouver l'archange ce qui met en danger Sam et Castiel ...

Sam est Dean doivent arrêter Rowena , qui est sur une mission mortelle.

L'archange Gabriel est de retour et entraîne Sam et Dean dans son complot pour se venger des demi-dieux qui l'ont vendu à Asmodeus.

Sam, Dean, Castiel et Gabriel doivent travailler ensemble s'ils ont l'espoir de ramener Mary et Jack à la maison.

Sam et Dean élaborent un plan qui sauvera des vies innocentes.

Sam et Dean Winchester continuent d'être testés dans la bataille entre le bien et le mal, mais une décision impulsive pourrait changer la vie de l'un des frères pour toujours.