Die Besatzung der Voyager hat eine Lösung für das Problem der Borg gefunden und ist bereit, sie mit ihnen zu teilen, wenn sie dem Schiff und seiner Besatzung eine sichere Passage gewähren. Um bei den Verhandlungen zu helfen, schicken die Borg eine Drohne mit dem Namen Seven of Nine als Vertreter des Kollektivs. (Sternzeit: 51003,7)

Kes telekinetische Kräfte werden so groß, dass sie sie nicht mehr kontrollieren kann. Um zu verhindern, dass Voyager zerstört wird, muss sie das Schiff verlassen.

Für B'Elanna ist es der Tag der Ehre, ein klingonischer Feiertag. Allerdings gerät die Voyager während eines Triebwerkstests in Gefahr, und sie müssen den Warpkern abstossen. Auf einer Shuttlemission zur Wiederbeschaffung des Kerns mit B'Elanna und Tom Paris geht alles schief, und die beiden stranden in Raumanzügen mitten im Weltraum.

Chakotay ist auf einem Planeten gestrandet, auf dem zwei Rassen versuchen, sich in einem Krieg gegenseitig auszulöschen. Er schließt sich dem scheinbar gerechten Kampf einer der beiden Kontrahenten an. (Sternzeit: 51082,4)

Der Doktor und B'Elanna gehen auf eine Aussenmission, um auf einen Notruf eines fremden Hologramms (ein Isomorph) zu reagieren. Auf der Voyager interpretiert Seven Kims Haltung gegenüber ihr als romantische Einladung, und Seven ist daran interessiert, ihre neuen Gefühle zu erkunden. (Sternzeit: 51186,2)

Als Seven of Nine Visionen von ihrer Assimilation als Kind hat, verlässt sie die Voyager, indem sie gewaltsam ein Shuttle entwendet. Sie versucht dem Signal zu folgen, das diese Visionen zu verursachen scheint. Die Voyager versucht ihr unter Schwierigkeiten in einem fremden Raum zu folgen.

Als die Besatzung plötzlich an fremden Krankheiten leidet, ist Seven of Nine die einzige, die die Bedrohung für die Besatzung aufdecken kann. (Sternzeit: 51244,3)

Die Voyager wird von einem Krenim Schiff angegriffen, das den Lauf der Geschichte verändert, indem es gesamte Spezies aus der Zeitlinie entfernt. (Sternzeit: 51268,4)

Nachdem die meisten Besatzungsmitglieder die Voyager verlassen haben und nur noch eine Rumpfbesatzung übrig ist, erkennte die Besatzung, dass sie Verbündete brauchen, um das Krenim-Schiff davon abzuhalten, die Geschichte weiter zu verändern. Sie merken schnell, dass der Preis der Geschichte höher ist, als sich jeder von ihnen hätte vorstellen können. (Sternzeit 51425,4)

Die Crew nimmt Landurlaub auf einem Planeten, der von einer telepathischen Spezies bewohnt wird, die alle gewalttätigen Gedanken und Handlungen verboten hat. B'Elanna wird verhaftet, als sie an Vergeltungsmaßnahmen für einen Vorfall denkt, der kaum der Rede wert ist. Es wird eine überraschende Entdeckung wird gemacht, als Tuvok mit den Ermittlungen beginnt. (Sternzeit: 51367,2)

Als Piraten einige der Voyager-Technologien stehlen, durchsuchen Janeway und Tuvok ihre Heimatwelt und entdecken ihren holographischen Leonardo Da Vinci, der ihnen bei der Suche hilft. (Sternzeit 51386,4)

Neelix wird während einer Aussenmission getötet, kann aber gerettet werden, indem Seven of Nine die Borg-Technologie modifiziert, um ihn wiederzubeleben. Bald beginnt er, alles, was er über das Leben nach dem Tod gelernt hat, in Frage zu stellen. (Sternzeit: 51449,2)

Die Crew wird von einer im menschlichen Traumzustand lebenden Außerirdischen "angegriffen". Es liegt an Chakotay, mit umfassenden Kenntnissen über den Traumzustand, das Schiff und seine Crew zu retten. (Sternzeit: 51471,3)

Die Crew entdeckt ein uraltes Kommunikationsnetzwerk, das sich bis zum Alpha-Quadranten erstreckt. Sie sind in der Lage, den Doktor zu einem Föderationsschiff am anderen Ende zu schicken, dem experimentellen Schiff Prometheus, nur um festzustellen, dass Romulaner es übernommen haben.

Die Voyager empfängt Nachrichten von der Sternenflotte über das neu entdeckte Kommunikationsnetz. Jetzt weiss die Sternenflotte, dass die Crew im Delta-Quadranten verschollen ist. Nach kurzer Zeit werden die Nachrichten in einem der Module gespeichert und die Besatzung kann sie nach und nach abrufen. In Kürze werden sie einen neuen Feind treffen: die Hirogen. Die Hirogen leben als Jäger und töten Ihre Opfer für den Nervenkitzel auf der Jagd. Die Voyager ist ihr nächstes Ziel. (Sternzeit: 51501,4)

Als die Voyager ein beschädigtes Hirogen-Schiff mit einem verwundeten Hirogen an Bord trifft, beamt Captain Janeway ihn an Bord. Bald tritt die Beute dieses Hirogen auf den Plan: ein Mitglied der Spezies 8472. Die einzige Lösung scheint zu sein, den Hirogen auf dem Schiff frei zu lassen, um ihn 8472 jagen zu lassen. (Sternzeit: 51652,3)

Während die Crew die Systeme der Voyager mit neu erworbenen Waffen ausrüsten will, behauptet Seven of Nine, dass sie von Kovin, dem Waffenhändler, angegriffen worden ist. Der Doktor macht bald eine überraschende Entdeckung über die Situation. (Sternzeit: 51658,2)

Als Hirogen die Voyager übernehmen, stellen sie fest, dass das Holodeck zur Verbesserung der Jagd verwendet werden kann, indem sie neue aufregende Beute und Szenarien erzeugen. In dieser Situation sind Captain Janeway, Torres, Tuvok und Seven of Nine Mitglieder des französischen Widerstandes im besetzten Frankreich, während die Hirogen als SS-Offiziere fungieren. Da die Crew mit subdermalen Sendern implantiert wurde, haben sie keine Ahnung, dass sich dies auf dem Holodeck befindet, und sie glauben, dass es real ist, und dass sie wirklich Widerstandskämpfer sind. Es liegt am Doktor auf der Krankenstation, der die Verletzten heilen muss, diese Geräte zu deaktivieren und der Crew zu helfen, zu entkommen.

Die Crew muss einen Weg finden, die Hirogen zu besiegen und die Voyager zurückzuerobern. (Sternzeit: 51715,2)

Ein außerirdischer Testpilot, der in der Lage ist, die Körper zu wechseln, schafft es, Toms Platz an Bord der Voyager einzunehmen, um dem Gesetz zu entgehen. (Sternzeit: 51762,4)

Die Voyager fällt unter Warp, weil ein gefährliches und mächtiges Teilchen namens "Omega" entdeckt wird, das an Bord des Schiffes nur Janeway und Seven of Nine kennen. Aufgrund der Beschaffenheit des Partikels werden nur die Sternenflotten-Captains über diese Bedrohung informiert. Sie haben den Befehl Omega um jeden Preis vernichten, da es den Subraum zerstört und Warpreisen damit unmöglich macht. (Sternzeit: 51781,2)

Eine außerirdische Frau, die an Bord der Voyager Asyl beantragt, behauptet, dass sie sich vor einem Monat an Bord des Schiffes befunden und in Chakotay verliebt hat.

700 Jahre in der Zukunft muss der Doktor die Crew der Voyager verteidigen und die Geschichte korrigieren, als eine außerirdische Rasse behauptet, dass das 'Kriegsschiff Voyager' für Kriegsverbrechen verantwortlich ist, die angeblich gegen diese Rasse begangen wurden.

Auf der Suche nach Deuterium, das für die Energieversorgung der Voyager unerlässlich ist, entdecken sie einen lebensfeindlichen 'Dämonen'-Planeten mit Reserven, die groß genug sind, um das Schiff aufzufüllen. Fähnrich Kim und Tom Paris fliegen in einen Shuttle und in Umweltanzügen auf die Oberfläche des Planeten, jedoch bricht der Kontakt ab. Bald darauf werden sie auf dem Planeten ohne Anzüge gefunden, und die Atmosphäre der Voyager wird für sie plötzlich giftig.

Als die Voyager auf einen tödlichen Nebel stößt, entscheidet sich Captain Janeway dafür, Zeit zu sparen, indem der Nebel durchflogen wird. Dazu muss die Besatzung in schützende Stasis gebracht werden, wobei nur Seven of Nine und der Doktor das Schiff steuern müssen. Seven erlebt bald Halluzinationen, als ein Fremder lebenswichtige Vorräte tauschen möchte. (Sternzeit 51929,3)