L'astronave della Federazione USS Voyager NCC-74656, sotto il comando dal capitano Kathryn Janeway, viene inviata in missione nelle Badlands, una zona di spazio investita da una forma sconosciuta di energia, alla ricerca e cattura di un gruppo di Maquis, ribelli di confine che lottano contro i Cardassiani e non riconoscono i trattati di pace stipulati tra questi e la Federazione. Durante la missione, la Voyager e l'astronave Maquis vengono trascinate nel Quadrante Delta della Galassia, a più di 70 000 anni luce dalla Terra dal Custode, un'entità aliena che muore prima di poter rimandare indietro le due navi. I due equipaggi, quello dei Maquis e quello della Flotta Stellare, che hanno subito gravi perdite, devono unirsi per affrontare il viaggio per far ritorno nel Quadrante Alpha unendosi in un unico equipaggio a bordo della Voyager, dove i Maquis vengono integrati vestendo l'uniforme della Flotta ma mantenendo il proprio grado Maquis.