Seis meses después del final de la temporada 10, Brennan (Emily Deschanel) y Booth (David Boreanaz) se han trasladado a una nueva ciudad y tienen nuevos puestos de trabajo, después de haber renunciado a su antigua vida e instalarse en una vida dichosa y libre de la presencia de la muerte. Pero un asesinato como ningún otro los atrae de nuevo a investigar con sus antiguos colegas en el Jeffersonian y el FBI.

Mientras Aubrey y Miller investigan más a fondo el paradero de Booth y sus intenciones, nueva evidencia sale a la luz que sugiere un trabajo desde dentro.

Booth y Brennan regresan a sus vidas antiguas mientras que Cam se hace al hecho de que Vaziri se ha ido.

Brennan pide ayuda para investigar la muerte de un agente financiero.

Un macabro descubrimiento de restos humanos conduce a Brennan y a Booth a una cacería en busca de pistas, durante los cuales se cruzan con Ichabod Crane y Abbie Mills, que están buscando respuestas propias. (El crossover continúa en Sleepy Hollow 3x5)

El equipo corre a contrarreloj para descubrir quien mató al senador de Virginia antes de una importante rueda de prensa.

El cadáver de un escapista es encontrado en el bosque; Booth y Brennan intentan decidir si el ratoncito perez debiera visitar a christine; Ángela trabaja con Sebastian Kohl en su fotografía.

El equipo investiga el asesinato de un periodista político que fue encontrado muerto después de publicar un artículo en el que hablaba sobre corrupción en la NSA. Debido a la naturaleza de la investigación, la paranoia de Hodgins crece, mientras el equipo se da cuenta de que todos sus movimientos está siendo observados.

Para resolver un asesinato, Brennan y Booth se infiltran en una competición de tiro al estilo viejo oeste, mientras que Angela y Hodgins discuten el futuro de su familia y Cam se acerca al fotógrafo Sebastián Kohl.

Aubrey y Hodgins son heridos en una explosión. El equipo hace todo lo posible para encontrar un asesino de policías. Aristoo pide a Cam que lo lleve de vuelta. Hodgins tiene complicaciones en su lesión.

Hodgins lleva ocho semanas en rehabilitación por su parálisis y obligado a usar una silla de ruedas, con dificultades para adaptarse a su nueva vida en el hogar y el laboratorio. Mientras tanto, Brennan y Booth investigan la muerte de un defensor público.

El equipo investiga un cuerpo encontrado en un accidente automovilístico, y los restos pertenecen a uno de los fundadores de la organización de derechos de los hombres, quién pudo haber sido víctima de abuso doméstico. 

Christine está teniendo pesadillas sobre un monstruo en el armario. Mientras tanto, el equipo está investigando la muerte de una mujer. El asesinato parece estar conectado a una víctima anterior que aún no ha sido identificada.

Un sospechoso del asesinato de un delincuente condenado tiene vínculos con Booth; mientras, Brennan atestigua ante el FBI sobre un sospechoso no identificado de su asalto en un caso anterior.

El equipo investiga el asesinato de un 'fijador' de alto rango. Hodgins está tratando de arreglar las cosas con Angela mientras Aubrey ha encontrado una verdad impactante sobre el paradero de su padre.

Cuando el cantante de un grupo a capella de la universidad muere, el equipo debe interrogar a los miembros del grupo y a algunos competidores femeninos; La experiencia en la universidad de Aubrey se revela mientras que Booth trata de planificar un viaje con Parker; un nuevo interno es llevado al laboratorio.

Un estudiante universitario borracho descubre el cadáver de un agente del servicio secreto justo antes de una visita presidencial a la zona. Booth está listo para comenzar a investigar y se dirige al Agente del servicio secreto y ex colega Brandt Walker para obtener información, pero se sorprende al saber que el Servicio Secreto tiene reservas en cuanto a la participación de Booth en el caso.

Un equipo de televisión sigue al equipo del laboratorio médico legal durante varios días para documentar la relación entre el Instituto Jeffersonian y el FBI. El equipo forense sigue el caso de un repartidor de pizza asesinado y enterrado en un vertedero diez años antes.

Bones y Booth investigan la muerte de un jugador de hockey profesional cuyo cadáver decapitado fue arrojado a un río. Booth se reencuentra con un rival de hockey de su pasado, llevándolo de vuelta al hielo. Mientras tanto, Hodgins y Oliver tienen su propia competición cuando Hodgins construye dos drones y compiten para recuperar la cabeza de la víctima.

Los restos de un explorador multimillonario son encontrados diez años después de su desaparición y el Dr. Clark Edison se convierte en un sospechoso ya que formaba parte de la expedición. Mientras tanto, Cam discute con su hermana cuando ella trata de ayudar con sus planes de boda.

El equipo investiga sobre un cuerpo encontrado en una planta de reciclaje de vidrio con un diamante encajado en la mandíbula. El Inspector francés Rousseau se presenta ante el equipo con una acusación contra el Marqués de Chaussin, quie resulta ser el marido de la víctima y vive en Virginia. Mientras tanto, Booth descubre que sufre una enfermedad temporal en los ojos, y Hodgins cree que le está persiguiendo un fantasma.

El equipo se sumerge de nuevo en la investigación del asesino en serie, tratando de encontrar al que ahora llaman "El Titiritero", que vive con los cuerpos de sus víctimas antes de deshacerse de ellos. Mientras tanto, Brennan se sigue sintiendo culpable sobre su retiro del año pasado, culpándose por no haber detenido al  asesino antes. Sin embargo, lo que no sabe es que ella podría tener sus propios problemas.