Sfrustrowany Seeley marzy wyłącznie o tym, by dopaść i zabić psychopatę. W dodatku ciężko mu zachować w tajemnicy umowę, jaką z nim zawarł. W końcu agent odwiedza byłego kapelana i starego przyjaciela Aldo Clemensa. Postanawia wyznać mu, dlaczego okłamał ukochaną kobietę. Tymczasem pracownicy laboratorium oraz Federalnego Biura Śledczego starają się określić tożsamość człowieka, którego szczątki znaleziono w klimatyzatorze hotelowym. Wszystko wskazuje na to, że ofiarę wyrzucono z okna sąsiedniego budynku. Wstępne badania przeprowadzone przez Temperance potwierdzają tę hipotezę. Po szeregu badań okazuje się, że zmarły to Jason Siedel, pracownik Departamentu Stanu. Booth i Sweets odwiedzają biuro i dom denata. Mieszkanie ofiary wygląda na starannie wyczyszczone, jednak przebywa w nim intruz, który na widok niespodziewanych gości rzuca się do ucieczki. Seeley rusza za nim w pościg.

Hycle łapią przy śmietnikach rysia żerującego na ludzkich szczątkach. Okazuje się, że to koreański biznesmen, który spędzał czas z kochanką w ośrodku dla par małżeńskich. Bones i Seeley pracują nad sprawą pod przykryciem jako Tony i Roxie Scalion. Podejrzanym w sprawie jest oszust – właściciel ośrodka oraz żona ofiary. Angela nie rozumie jak Brennan mogła wybaczyć Boothowi odmowę. Ktoś dokonuje oszustw finansowych korzystając z tożsamości Cam. Policja i prokuratura zamrażają Cam konta i karty kredytowe. Dr Saroyann nie chce korzystać z pomocy przyjaciół, w końcu kontaktuje się z adwokatem, którego polecił jej Hodgins oraz przyjmuje pomoc w księgowaniu od Angeli. Booth i Brennan są ze sobą bardzo szczęśliwi.

W spalonym samochodzie znaleziono ciało latynoskiego gangstera. Użyta do zabójstwa broń jest wypożyczana przez jeden z gangów swoim członkom. Booth prosi o pomoc Sweetsa, który jest na urlopie i nadal czuje się winny w sprawi Pelanta. Booth i Sweets podejrzewają o morderstwo konkurencyjny gang. Sweets pracuje w Centrum Kultury, gdzie przychodzi syn latynoski z gangu Estrellas. Okazuje się, że to on brał udział w morderstwie. Matka odrzuca go, Sweets znajduje mu rodzinę zastępczą i wraca na urlop.

Wykorzystując narcystyczną słabość Pelanta zespół zamienia ciało oddane przez denata do celów naukowych Instytutu w makabryczne dzieło seryjnego mordercy, by media zainteresowały się nim, co powinno wywołać zazdrość Christophera i doprowadzić do błędu w jego „grze”, jednak gdy otrzymują wezwanie do morderstwa odkrywają, że mimo podobieństw nie jest to ciało, które spreparowali. Okazuje się, że to ciało agenta Flynna, który pomagał im w tej tajnej akcji. Z powodu braku dowodów, zespół dopuszcza możliwość zdrady Flynna. Booth wierzy w uczciwość przyjaciela. Obok ofiary biegli odnajdują też kwiat tojadu zostawiony przez Pelanta, który ma oznaczać „wróg jest blisko”. Pelant pojawia się w Instytucie i rozmawia z Brennan opowiadając jej o tajemniczej morderczyni. Kości rzekomych ofiar nałożone na mapę nieba wskazują miejsce pobytu Pelanta. Sweets podejrzewa, że Christopher pragnie zdobyć Brennan.

Znaleziono zwłoki wiszące na linie na ścianie skalnej. Ofiarą okazuje się być mężczyzna chory na raka w stadium terminalnym, ciężko więc powiedzieć kto mógł chcieć przyspieszyć jego śmierć. Okazuje się, że mężczyzna realizował zadania z listy „co warto zrobić przed śmiercią”. Poza tym w internecie zamieszczał filmiki o życiowych prawdach. Podejrzaną staje się żona ofiary, która skorzysta po jego śmierci z tantiemów. FBI kupiło program VAL, który miał zastąpić Sweetsa w profilowaniu przestępców. Sweets czuje się niedoceniany. VAL źle typuje mordercę. Booth i Brennan planują ślub.

Booth i Brennan są w podróży poślubnej. Booth chce się wylegiwać w słońcu i pić piwo, ale Bones zaprasza go na wycieczkę do prosektorium. Odkrywa przy tej okazji, że jedne z kości wykopanych z mogiły zbiorowej pełnej ofiar dawnego reżimu są świeże. Po zbadaniu szczątków okazuje się, że zawierają Cyklon B, gaz używany do zabijania ludzi w obozach koncentracyjnych. Ofiara to bogaty były nazista, któremu udało się uciec przed sądem. Podejrzaną staje się młoda żona. Okazuje się, że miejscowa antropolog sądowa jest jego wnuczką. Booth jako agent Andy – postać z książek Brennan jest niemal noszony na rękach przez „tubylców”.

Para nastolatków znajduje ciało wmontowane w tamę bobrów. Okazuje się, że to model, który dorabiał sobie sprzedażą spermy. Skłamał jednak na temat swojego wykształcenia, co przysporzyło mu wrogów. Hodgins wykluwa w swojej szyi jajo muchówki oczekując na „poród”. Angela jest na niego zła. Większość pracowników instytutu uważa to za odrażające, jedynie dr Brennan podziwia go za poświęcenie. Larwa rośnie, a guz na szyi Hodginsa się powiększa i zaczyna sprawiać ból. Ostatecznie owad się wykluwa i otrzymuje imię Jefferson.

Brennan jest ławnikiem w głośnej w mediach sprawie o morderstwo. Oskarżonym jest znany sportowiec, a ofiarą jego żona. Piłkarz jest pewny siebie i ma dobrego adwokata. Podczas posiedzenia ławników, za sprawą dr Brennan, zapada decyzja o uniewinnieniu. Okazuje się, że szczątki na stole w Jeffersonian to niedoszły świadek oskarżenia. Bones czuje się winna wypuszczenia sportowca. Cała ekipa stara się udowodnić winę piłkarza. Cam nadal nie może się uporać z problemem z kradzieżą jej tożsamości. Angela stara się pomóc. W koncu odnajduje złodziejkę tożsamości Cam. Okazuje się nią być dawna współlokatorka Cam, która we wszystkim ją naśladuje.

W szkolnej stołówce dzieci znajdują w gulaszu wołowym kawałki człowieka. Trop prowadzi do firmy produkującej ten puszkowany gulasz. Okazało się, że ofiarą był pracownik firmy, chemik, biolog, fizyk, który zajmował się żywnością. W ostatnim okresie przekonał się do zdrowej żywności i odkrył, że w fabryce używa się niedozwolonych składników. Brennan uważa, że jej życie nie zmieniło się po ślubie. Angela organizuje jej wieczór panieński. Temperance, Angela, Cam, Daisy i Caroline przebrane za kowbojki jadą na imprezę. Bawią się świetnie, ale zabawa kończy się bójką w barze. Na drugi dzień wszystkie kiepsko się czują. Booth w końcu godzi się z Angelą.

W deszczową noc, w publicznym parku pewna para znajduje ludzkie zwłoki. Dokumentuje znalezisko i ustawia nad nim parasol, w który po chwili uderza piorun. Dochodzi do eksplozji. Ciało rozpada się na fragmenty. Mimo to zespół waszyngtońskiego laboratorium ustala, że ofiara to nastolatka, której kości noszą ślady wielu urazów. Laboranci podejrzewają, że trafili na maltretowane dziecko. Wkrótce okazuje się jednak, że denatka to 16-letnia Amanda Watters, utalentowana gimnastyczka. Booth i Brennan odwiedzają ojca dziewczyny, prof. Leona Wattersa. Wybitny matematyk wiadomość o śmierci jedynego dziecka przyjmuje ze stoickim spokojem, co kompletnie dezorientuje Bootha. Bones przypuszcza, że intelektualista oddając się pracy i dystansując się od świata, próbuje poradzić sobie z rozpaczą. Następnie Booth i Brennan składają wizytę trenerowi Amandy. Mężczyzna przyznaje, że jego podopieczna jakiś czas temu uległa groźnemu wypadkowi, jednak to nie on doprowadził do jej śmierci.

Brennan prześladują koszmary, których bohaterem jest Pelant. Psychopata przekonuje ją, że pozwalając go zabić, zaprzepaściła szanse na odnalezienie kogoś groźniejszego niż on. Tego samego ranka Booth znajduje przed domem przesyłkę z ludzkimi szczątkami i list do Bones. Autor tekstu zachęca ją, by spróbowała odkryć, co przytrafiło się ofierze. Brennan, nie mogąc pogodzić się z myślą, że na wolności przebywa jeszcze jeden zabójca, rzuca się w wir pracy. Pomaga jej zespół laborantów. Wspólnie ustalają, że denatka to zmarła 18 lat wcześniej Lana Brewster. Dziewczyna była utytułowaną żeglarką, która samotnie, przy bardzo złej pogodzie, opłynęła kulę ziemską. Zginęła w słoneczny dzień, niedaleko brzegu, w niewielkiej łodzi. Dr Saroyan jako pierwsza zauważa paradoks sytuacji. FBI szuka sprawcy. Brat Leny mówi, że nie lubił siostry, zazdrościł jej popularności, ale jej nie zabił. Twierdzi, że przed śmiercią dziewczyna spotykała się z Trentem McNamarą.

Pierwsza Dama prosi FBI o przeprowadzenie śledztwa w sprawie zwłok, które znaleziono w założonym przez nią miejskim ogrodzie. Szczątki są w stanie zaawansowanego rozkładu, więc Booth potrzebuje pomocy żony i jej kolegów. Ofiarą okazuje się skromny i biedny muzyk country, Colin Haynes, który często grywał w pobliskim barze. Przy jego zwłokach znaleziono podarty czek na 1000 dolarów. Booth i Sweets w mieszkaniu ofiary zastają intruza. Imigrant z Filipin przyznaje, że chciał ukraść gitarę Haynesa. Okazuje się, że muzyk cieszył się olbrzymią popularnością w tym kraju. Dalsze śledztwo wykazuje, że przez wiele lat był on okradany i oszukiwany przez swoją menadżerkę, Harriet White. W Instytucie Jeffersona Angela analizuje piosenki Colina i dochodzi do wniosku, że ostatnio stały się bardziej optymistyczne. Wendell zjawia się w laboratorium z lewą ręką w gipsie.

Doktor Douglas Filmore, kanadyjski ekspert w dziedzinie antropologii sądowej, przyjeżdża do waszyngtońskiego Instytutu Jeffersona, by przygotować raport na temat międzynarodowej współpracy. Nieoczekiwanie zostaje stażystą dr Temperance Brennan przy kolejnej sprawie. W Wirginii w świńskim korycie znaleziono zwłoki mężczyzny. Hodginsonowi udaje się oddzielić ludzkie szczątki od innych materiałów organicznych. Śledczy ustalają na podstawie badań porównawczych DNA, że ostatnią osobą, która miała kontakt ze zmarłym, był przestępca Jarrick Henry. Gangster z Jamajki potwierdza, że podrzucił ciało na farmę, ale nie zabił tego człowieka. Angela dokonuje komputerowej rekonstrukcji wyglądu twarzy denata. Ofiarą okazuje się mistrz gry w szachy Albert Mognuson. Wśród podejrzanych znajduje się była żona zawodnika, która niedawno podpaliła apartament zmarłego, a teraz znikła, oraz narzeczona Magnusona, która była również jego partnerką w interesach.

Dr Brennan i jej współpracownicy badają sprawę zabójstwa młodej kobiety. Jej ciało zostało pogrzebane w parku. Sprawcy wyraźnie zależało na uniemożliwieniu identyfikacji zwłok. Kości potraktowano jak podczas gangsterskiej egzekucji – ługiem. W końcu pracownikom Instytutu Jeffersona udaje się ustalić tożsamość ofiary – to Lauren Frank, córka milionera z branży komputerowej. Rodzice młodej kobiety nie zgłosili zaginięcia córki, ponieważ poprzedniego dnia skontaktował się z nimi porywacz z żądaniem okupu. Dostali również paczkę z palcem Lauren. Booth jedzie do rezydencji Franków. Nieoczekiwanie porywacze wysyłają kolejną wiadomość. Najwyraźniej nie wiedzą, że dziewczyna nie żyje. Wkrótce śledczy odkrywają kilka faktów z życia ofiary. Okazuje się, że w nocy, kiedy została uprowadzona, Lauren planowała podróż do Chile ze swoim nauczycielem hiszpańskiego.

Dwóch rybaków znajduje w plastikowej torbie nad jeziorem rozkładające się ciało. Pracownicy Instytutu Jeffersona ustalają tożsamość ofiary – to 28-letnia Sari Nazeri, imigrantka z Afganistanu, która zginęła przed czterema dniami. Jej i jej bratu przyznano azyl w USA w podziękowaniu za pomoc w walce z afgańskimi terrorystami. Aziz, brat zmarłej, źle się czuje w obcym kraju i nie zaakceptował zmiany w zachowaniu siostry, jej emancypacji. Śledczy zastanawiają się czy mógł zabić krewną. Okazuje się, że Sari była informatorką CIA, dlatego w śledztwo włącza się agent Danny Beck (Freddie Prinze Jr.), który ją zwerbował. Booth podejrzewa, że mężczyzna coś ukrywa. Z kolei inny trop prowadzi do Al-Kaidy. Ibrahim, terrorysta, którego Sari pomogła namierzyć, uciekł z więzienia. Angela sprawdza czy przestępca mógł przedostać się do USA i zabić dziewczynę.

Dr Camille Saroyan zatrudnia stażystę – czarującego Kubańczyka Rodolfa Fuentesa (Ignacio Serricchio). Nowy pracownik jest bardzo pewny siebie. W swojej ojczyźnie był szefem antropologów sądowych. Brennan docenia jego wiedzę i doświadczenie zawodowe, lecz szybko daje mu odczuć, gdzie jest jego miejsce w hierarchii laboratorium. Pracownicy Instytutu Jeffersona próbują poznać tożsamość człowieka, którego zwłoki znaleziono w szambie. Więzienny tatuaż pozwala dr Hodginsonowi poznać dane ofiary – to 24-letni Benny Jerguson, skazany za kradzież samochodów. Niedawno więzień wyszedł na wolność i znalazł legalną pracę – odbierał auta ludziom zalegającym ze spłatą kredytu. W kręgu podejrzanych znajdują się: była szefowa Jergusona, mężczyzna, któremu Benny zarekwirował ciężarówkę oraz były kumpel z kryminalną przeszłością.

Booth i Brennan dyskutują na temat prezentu urodzinowego dla ich córki. Seeley jest zdumiony, gdy słyszy, że żona nie planuje przyjęcia z tej okazji. Ich rozmowę przerywa wiadomość o kolejnym śledztwie. Pracownicy instytutu badają sprawę zwłok znalezionych na grządce. Naukowcy muszą ostrożnie usunąć korzenie rośliny, tak by nie uszkodzić ciała. Udaje im się zidentyfikować ofiarę – to Joe Starkel, znany jako Marchewka Bill. Zmarły był gwiazdą programu telewizyjnego dla dzieci, popularyzującego zdrową żywność. Wśród podejrzanych znajdują się: brat zamordowanego, ponieważ Joe miał romans z jego żoną; producent programu, któremu nie podobało się, że zmarły planował swoje własne show; oraz kobieta, która miała obsesję na punkcie Starkela. Tymczasem okazuje się, że Clark Edison napisał swoją pierwszą powieść kryminalną. Prosi dr Camille „Cam” Saroyan, Angelę i dr Jacka Hodginsa o ich opinie. Żadne z nich nie ma jednak czasu na lekturę.

Booth i Brennan idą na pogrzeb jednego z fundatorów badań Bones. Nagle pojawia się nieboszczyk o własnych siłach schodząc po schodach. Bones zaczyna badać zawartość urny i odnajduje szczątki przynajmniej trzech różnych osób. Jedną z nich był konsjerż miliardera. Booth nie lubi bogatych snobów i pokazuje to podczas przesłuchań. Ekipa z Jeffersonian odkrywa w prochu z urny cząsteczki klejnotów i kła narwala. To kieruje ich podejrzenia na kobietę handlującą dziełami sztuki. Bones przy pomocy Finna odkrywa, że morderstwa dokonano uderzając Kielichem Rzeźnika, zaginionym 300 lat temu antykiem. Hodgins znajduje w szczątkach pył diamentowy pochodzący z lakieru do paznokci. Na aukcji sprzedano tylko trzy takie buteleczki. Michelle wyznaje Finnowi, że zmieniła się na uczelni i stwierdza, że jest za młoda na poważny związek. Para rozstaje się. Finn cierpi, ale jest wspaniałomyślny i nie wini za nic Michelle.

Uciekający zbieg wczołguje się do wydrążonego pnia. W środku natrafia na zwłoki, co oznajmia ścigającym go policjantom głośnym krzykiem i błaganiami o powrót do więzienia. Ofiarą okazuje się młoda dziewczyna, która zaangażowała się w pomoc osobom chorym. Pracowała w aptece, gdzie sprzedawał legalnie marihuanę jako lekarstwo. Była lubiana i doceniana przez wszystkich. Wendell przychodzi w trakcie chemioterapii pomóc w sprawie. Dochodzi do spięcia w kwestii stosowania przez niego marihuany na nudności. Cam zmuszona jest go zwolnić, gdyż stosowanie konopi prawnie jest niedozwolone i sąd może odrzucić dowody. Na podstawie cząsteczek Hodgins odkrywa, gdzie zamordowano dziewczynę. Podejrzanym jest lekarz – właściciel centrum. Ofiarę uderzono przedmiotem o dziwnym kształcie, było to trofeum dla najlepszego pisarza szkoły w Fulton. Booth niepokoi się swoimi testami okresowymi w FBI. Ostatecznie zdaje jej na 97%, a Wendell zostaje zatrudniony jako konsultant.

Znaleziono ciało w bagnie. Okazuje się, że ciężko określić datę zgonu, bo fragmenty ciała i rodzaje robaków wskazują na różny czas. Podczas szczegółowych badań okazuje się, że ofiara została zamrożona kriogenicznie. Kobieta miała córkę, która była chora na mukowiscydozę i również została zamrożona. Podejrzanym w sprawie jest ojciec dziewczynki, który nie zgadzał się na przechowywanie ciała i chciał ją pochować. Klinikę prowadzi małżeństwo, które musi ograniczać miejsce w pojemnikach i często przechowuje tylko części ciał. Ofiara miała ślady cięć chirurgicznych. Rodzice Arastoo przyjeżdżają do miasta. Cam boi się ich poznać. Dochodzi do spotkania, Arastoo szybko się denerwuje i wychodzi z Cam z kolacji. Państwo Vaziri przychodzą do mieszkania Cam, chcą się pogodzić. Boothowi szef daje nadmiar dodatkowej papierkowej roboty. Dodatkowo sprawdzane są jego umiejętności i analizowana służba w wojsku. Booth podejrzewa, że chcą go znów wysłać w rejony konfliktów jako snajpera.

Rodzina na biwaku opowiada sobie straszne historie, gdy spada na nich ciało, okazuje się, że to zwłoki Stephanie McNamarra siostry Trenta, ostatniej ofiary Zabójcy Widmo. Podczas autopsji ekipa z Jeffersonian odkrywa, że Stephanie została bardzo brutalnie pobita, brakowało jej też naturalnych paznokci. Ktoś przykleił jej po jednym paznokciu każdej z ofiar. W stajni rodziny McNamarra Booth odnajduje pomieszczenie, gdzie Stephanie była przetrzymywana wiele lat temu. Angela odkrywa, że to Stephanie była na miejscu każdej ze zbrodni. To ona okazuje się Widmowym Zabójcą i sama zrywała paznokcie swoim ofiarom. Zespół stara się znaleźć tego, kto ją zabił. Jeden z paznokci prowadzi do zamordowanej wiele lat temu koleżanki Stephanie ze szkoły. Po ekshumacji jasnym jest, że wtedy też patolog został skorumpowany. Niewinną osobą skazaną za zabójstwo był nauczyciel Stephanie, pan Kessler.

Znaleziono ciało w studni. Przy sprawie pomaga nowa stażystka Warren. Booth uczy się przed odbyciem przesłuchania przed kongresem, które jest konieczne do awansu. Sprawę prowadzi Sweets i wpada w oko nowej stażystce. Ofiarą okazuje się trener pływania. Brennan jest zaskoczona halluksami, które odkrywa u ofiary, to nietypowe dla mężczyzny. Szukając miejsca, gdzie trener płacił kartą kredytową, Booth i Temperence odnajdują klub dla Drag Queen. Podejrzanym jest mężczyzna z baru, który pobił się z ofiarą dwa tygodnie temu. Kiedy stażystka Warren odkrywa, że strzał padł spod wody, Sweets już domyśla się, kto jest mordercą. Nowa pracownica Jeffersonian jest bystra i pewna siebie, podrywa też Sweetsa. Stażystka i psycholog FBI lądują w łóżku.

Odcinek zaczyna się od przywiezienia rannego Bootha do szpitala. Po chwili pojawia się Brennan, po czym dowiadujemy się jak doszło do postrzelenia Bootha. Jest to związane z wykrytym wcześniej spiskiem w FBI. Seeley coraz bardziej zbliża się do tajemnic McNamarra. Dzwoni do niego mężczyzna, który chce przekazać agentowi informacje, niestety, szybko zostaje zamordowany. Zabójcami byli żołnierze z Delta Force. Ekipa w laboratorium odkrywa u ofiary minichip w kolczyku na sutku. Są tam dane wielu osób, niewygodne zdjęcia i kilka zniszczonych plików. Na przesłuchaniu w Kongresie, dotychczas sprzyjający Boothowi sędzia pogrąża go przypominając tajne wojenne operacje. Zaczyna się nagonka na Bootha. Brennan zabiera Christine i jedzie do Maxa. Booth uzbraja dom. Zaczyna się strzelanina, Seeley pokonuje przeciwników, ale zostaje ciężko ranny. W szpitalu wszyscy czekają na wynik operacji.