Un escuadrón Cylon aborda la Galactica.

La tensión política crece en la Galactica, y la tripulación que ha descendido a Kobol también tiene problemas.

Tigh establece la ley marcial mientras pierde cada vez más el control de la situación, y Lee libera a la Presidente Roslin, organizando una resistencia.

Finalmente Adama se recupera, y vuelve a asumir el mando; mientras tanto Kara ha regresado a Caprica, y hace un terrible descubimiento sobre los planes a largo plazo de los Cylons.

Roslin decide confiar en la agente Cylon Sharon para encontrar el camino hacia la Tierra.

Adama prepara una misión a Kobol para localizar a Roslin y reunir la flota.

Durante este episodio, una reportera (la estrella invitada Lucy Lawless) realiza un polémico documental sobre la vida militar a bordo de la Galactica.

Sharon demuestra su lealtad a los humanos cuando un virus informático infecta los sistemas de la Galactica.

Aparece la Battlestar Pegasus pero la tensión entre Adama y la Almirante Cain debido a sus fuertes diferencias en cuanto a los métodos y prioridades en la guerra contra los Cylons y el trato a los prisioneros causa una nueva división.

Adama y Cain se enfrentan por el liderazgo.

La flota combinada de la Galactica y la Pegasus ataca la nave de resurrección de los Cylon, a la vez que ambos planean el asesinato del otro.

La Presidente Roslin ordena el aborto del híbrido humano-cylon que está gestando Sharon.

Episodio dedicado al florecimiento del mercado negro a lo largo de la flota debido a la escasez de bienes, y a la lucha contra éste.

Un Raider llamado Scar pone en peligro una explotación minera necesaria para reabastecer la flota.

Cuando la población civil se entera que hay Cylons a bordo de la Galactica, colaborando con su tripulación, un grupo toma prisionero a Lee y exigen la muerte de Sharon a cambio de la vida de Lee.

Adama cede el mando de la Pegasus a un ingeniero de la misma nave, que demuestra que no está preparado para el mando.

La copia de Número Seis y de Sharon presentes en Caprica empiezan a cuestionar su lealtad, a la vez que son consideradas como héroes por los suyos. En la Galactica, otra copia de Sharon da a luz al bebé híbrido.

Se descubre un nuevo planeta habitable, escondido tras una nube de polvo. Se plantea el colonizarlo y abandonar la búsqueda de la Tierra.

Se convocan a nuevas elecciones que dan como vencedor a Baltar. Inmediatamente ordena el asentamiento en Nueva Caprica. Antes del aterrizaje la copia de la Nº6 (llamada Gina Invere) a bordo de la Nave Nube 9 detona una cabeza nuclear. Un año después del desembarco arriba la Flota Cylon, las naves en órbita abandonan el planeta y los Cylon Ocupan Nueva Caprica. Baltar se rinde ante los invasores Cylon.