Phoebe ha un nuovo potere, quello dell'empatia, che le permette di percepire i sentimenti delle altre persone. Piper ha aperto un asilo nido al P3 e, a causa dell'incantesimo di Leo, è stranamente sempre felice e non è minimamente preoccupata per la sua scomparsa. Nel frattempo Chris confessa a Phoebe e a Paige che Leo è stato catturato, ma dice di non sapere né da chi, né dove; in realtà è stato proprio lui a mandarlo nell'isola di Valhalla, dove viene tenuto prigioniero dalle Valchirie, che allenano spiriti di guerrieri per la battaglia finale tra bene e male. Le sorelle riescono a scoprire dove si trova Leo, e vanno nell'isola di Valhalla, dove riescono a liberarlo. Ma Piper, che a causa di un incantesimo andato male ha perso del tutto la memoria, si unisce alle Valchirie e rimane con loro nell'isola.

Phoebe grazie al suo nuovo potere salva Piper. La stessa Piper nel frattempo decide di stare lontana da Leo, per abituarsi alla sua nuova situazione di madre single. Leo non si fida di Chris, e cerca di scoprire chi è stato realmente a rapirlo.

Wyatt viene tolto alle tre sorelle e viene preso dai Pulitori, i quali per togliere tutte le tracce cancellano dalla memoria delle tre streghe sia il bambino sia l'intera giornata in cui avviene il tutto. A causa di questo incantesimo Paige e Phoebe non ricordano cose importanti successe al lavoro e l'istinto materno di Piper le fa sentire il pianto di un bambino. tutto ciò fa capire al Trio che sotto ci deve essere qualcosa di magico e il fatto di non riuscire a ricordare niente di ciò che è successo il giorno precedente, spinge loro a formulare un incantesimo per rivivere la giornata precedente.

Le tre sorelle questa volta rischiano grosso a causa di tre streghe (che nel Libro delle Ombre vengono definite di infimo livello): Mitzy, Mabel e Margo Stillman, che con un incantesimo rubano l'identità e i poteri delle Halliwell. Grazie a Chris che le fa litigare la "triscele" sul Libro delle Ombre si divide, come un tempo era successo a Phoebe e Piper con Prue, facendo perdere i poteri alle Stillman; così le tre Sorelle riprendono i loro poteri e le loro identità.

Paige durante uno dei suoi nuovi lavori viene coinvolta in una faida tra due famiglie, i Callaway e i Montana che si combattono da decenni, quindi Paige cerca di portare la pace tra di loro. Piper grazie a un incantesimo scopre che la colpa è di una terza persona. Mentre sono riunite le due famiglie viene rivelata che è Olivia Callaway, la fidanzata morta di Richard Montana uccisa da suo fratello Steve. Piper propone a Leo di chiudere il loro matrimonio in modo legale con il divorzio.

Chris è preoccupato, le Halliwell antepongono la vita privata ai doveri di streghe. Chiede così a un demone di dar loro una lezione, ma la situazione sfugge, e le sorelle si ritrovano in pericolo mortale. Così Phoebe finisce in un mondo dove il suo più grande desiderio è diventare una star televisiva, coccolata da Jason; Paige in un mondo in cui aiuta con la magia chiunque ne abbia bisogno; e Piper in un mondo senza magia. Alla fine si ritrovano in un unico mondo e riescono a sconfiggere il demone. Leo scopre che è stato Chris a spedirlo a Valhalla e decide di punirlo, ma alla fine rinuncia per accontentare Piper.

In cerca di un lavoro che la tenga lontana dalla magia, Paige viene assunta come segretaria da un giovane e abile affarista; Larry è tormentato da una consapevolezza: da un po' di tempo è soggetto a quello che si dice un "patto faustiano", un'alleanza con il male che, in cambio di anni di successo in carriera, lo costringe ora a morire per rendere l'anima. Viene infatti immediatamente attaccato da un demone, e muore per proteggere Paige da una sfera di energia; dopo il trapasso, però, finisce nelle mani di un diabolico banditore d'aste, che mette in vendita ai demoni anime così sottratte alla vita.

Le Halliwell si recano al Laghetto per incontrare la Signora del Lago. La donna consegna loro una spada, la leggendaria Excalibur, pregandole di custodirla, ma dei demoni la uccidono e la spada finisce in una roccia. Piper prende la spada e scopre che il vero erede è Wyatt.

Le Halliwell trovano il figlio di un demone Manticora e lo portano a casa con loro, nella speranza di poter instradare il bambino verso il bene. Chris cerca di convincerle a sbarazzarsene, ma un altro demone cerca di rapire il piccolo. Piper aiuta il padre del piccolo, che è un umano, a riavere suo figlio salvandolo dalle Manticore. Phoebe decide di rivelare a Jason i propri sentimenti.

Una donna misteriosa proveniente dal futuro di nome Bianca arriva nel presente per togliere i poteri a Chris e per portarlo nel futuro con la forza. Leo scopre che Bianca è in realtà una Fenice che fa parte di una famiglia d'élite assassina di streghe. In una serie di flashback si scopre che Chris e Bianca erano fidanzati nel futuro e che Chris fu mandato indietro nel tempo per impedire che il piccolo Wyatt diventasse cattivo. Incapaci di impedire che Chris ritorni nel futuro con Bianca, Piper, Phoebe e Paige lo aiutano con un incantesimo che gli ridà i suoi poteri e lo fa tornare nel presente. Intanto Piper convince Paige a trasferirsi a casa di Richard, il suo fidanzato, e Phoebe a raggiungere Jason a Hong Kong. Con il Trio diviso il Potere del Trio è in pericolo.

Paige prova un paio di stivali della nonna Penny e si ritrova nel 1967, nell'età dei figli dei fiori. Mentre cerca di tornare nel presente deve impedire a Nigel e Robin che sono due stregoni di cambiare il futuro. Piper e Phoebe la raggiungono e la aiutano. Intanto a casa Leo, Chris e Nonna Penny (chiamata dalle sorelle dopo la sparizione di Paige) si trovano a combattere contro un demone che verrà sconfitto dal Trio ritornato al presente.

Jason e Phoebe si lasciano quando lui scopre casualmente che lei e le sue sorelle sono streghe. Intanto Richard tenta di liberarsi dal karma familiare tramite un incantesimo, ma accidentalmente passa a Phoebe lo spirito di Mata Hari, spogliarellista ed agente doppiogiochista durante la prima guerra mondiale. Nel frattempo, Piper e Paige cercano di eliminare un gruppo di demoni Sciame che, secondo la lista di Chris, sono una minaccia per la vita di Wyatt.

Le tre streghe indagano sulla misteriosa comparsa di una fantasma/cavaliere senza testa che semina il panico tra i professori della scuola magica. Durante l'episodio verrà tagliata la testa di ciascuna sorella, ma poi grazie al potere del trio il demone verrà distrutto e tutto ritornerà come prima. Phoebe scopre che Chris è suo nipote.

Phoebe e Chris cercano di liberare un genio dal suo padrone-demone. Ma il genio è un demone, e Phoebe finisce nella bottiglia al posto suo. Chris, intanto, cerca in tutti i modi di far tornare insieme Piper e Leo e desidera di far dormire insieme i suoi genitori, ma il desiderio viene preso alla lettera e Piper e Leo si addormentano sul divano insieme. Paige a sua volta scopre che Chris è suo nipote.

Damien, un angelo nero, manda accidentalmente sia Leo che Piper al piano astrale, nella dimensione dei fantasmi, facendo credere a Phoebe e Paige che i due sono morti. Nessuno lo sa, ma Gideon ha fatto un patto con gli angeli neri per togliere di mezzo Leo. Nel frattempo, Chris comincia a scomparire e rivela che dovrà essere concepito entro mezzanotte, oppure svanirà per sempre. Un autista di autobus ha un incidente e vede Leo nella dimensione dei fantasmi, spingendo Phoebe e Paige a credere che la sorella e il cognato siano ancora vivi. Clarence rivela a Chris di essere l'Angelo della Morte, e di essere venuto per aiutarlo nel momento della cessazione della sua esistenza. Per fortuna Phoebe e Paige riescono a rintracciare Damien e ad eliminarlo, ritrovando Piper e Leo e facendo ricomparire Chris ma non riuscendo a scoprire chi ha mandato Damien.

Durante una riunione con i vecchi compagni di classe del liceo, Phoebe si trasforma ad un tratto in se stessa da giovane cioè Phoebe la Matta come la chiamavano, e pronuncia un incantesimo in modo che tutti i suoi ex-compagni di classe si comportino come se fossero ancora giovani. Nel frattempo Piper chiede a suo padre di scoprire come mai Chris la stia evitando e lo stesso Chris racconta al nonno che non vuole affezionarsi troppo a Piper perché ha paura di perderla di nuovo.

Piper viene rapita ed avvolta in un bozzolo dal Demone Ragno, una creatura che emerge ogni cento anni per nutrirsi di un potente essere magico. Durante l'attacco, Chris rimane infettato dal veleno del Demone, e ciò lo fa tramutare in ragno. Paige chiede aiuto ai suoi amici della foresta mentre lei, Leo e Phoebe cercano di salvare Piper e Chris. Nel frattempo Leo scopre finalmente perché Chris prova risentimento verso di lui e cioè che Leo nel futuro lo trascurava troppo. Piper si rifugia alla Scuola di Magia per cercare di scoprire chi è che vuole far diventare Wyatt malvagio.

Paige e Phoebe aiutano il tenente Darryl Morris a catturare un killer posseduto da un fantasma: nell'operazione il killer muore. A insaputa delle sorelle un'altra ispettrice (Sheridan) ha ripreso tutto. I Pulitori intervengono per evitare che la magia venga esposta e fanno accusare Darryl dell'omicidio. L'uomo viene condannato a morte e le sorelle, avvertite dalla moglie di Darryl, si rivolgono a Gideon. Questo convoca un Tribunale magico (composto da due Anziani, Adair e Aramis, e due demoni, Crill e Trask) per evitare l'esecuzione di Darryl e convincerli che l'uomo debba essere liberato.

Dopo che, per decisione del "Tribunale", sono stati tolti i poteri attivi a Phoebe e dal momento che Piper vive alla scuola di magia per proteggere Wyatt, tutti i problemi con i demoni gravano sulle spalle di Paige che non ha più un momento per se stessa. Ella invoca l'uomo perfetto per poter trascorrere quei momenti che vorrebbe facessero parte della sua quotidianità. Senza saperlo però, la sorella insieme al suo "uomo perfetto", invoca anche il suo gemello malvagio, Vincent, appartenente alla schiera dei demoni. Il piano di quest'ultimo è avvicinarsi a Paige facendo leva sul suo "lato oscuro" e sul fatto che lei, nel profondo del suo animo, vorrebbe poter esercitare la magia senza dover rinunciare alla sua stessa vita, per uccidere poi il Trio.

Mentre Phoebe si avvicina pian piano a scoprire la verità su chi vuole eliminare il piccolo Wyatt, Gideon (l'Anziano che persegue proprio questo obiettivo) prende accordi con i demoni organizzatori di un reality show demoniaco, il "Witch Wars" per fare in modo che le indagini delle Sorelle non portino a lui ma che si concentrino proprio su questi demoni. Così il Trio si ritrova, a propria insaputa, protagonista di questo reality nel quale demoni di livello superiore devono cercare di uccidere le Streghe impossessandosi così "delle loro vite, dei loro poteri e come ultimo, ma non meno importante, della loro progenie". Sarà anche grazie all'immancabile aiuto di Leo e Chris che Phoebe e Paige riusciranno a sconfiggere i Game Master (gli organizzatori del reality): vittoria che però farà credere loro di aver avuto la meglio su chi vuole il male di Wyatt mentre Gideon potrà ancora portare avanti il suo piano per eliminare il piccolo.

Manca ormai poco alla nascita del piccolo Chris e, credendo di aver salvato Wyatt dal male, per il Chris venuto dal futuro è venuto tempo di ritornare a casa sua. Per fare questo Paige, Phoebe e Leo preparano una porta spazio-temporale che permetta a Chris di tornare nel futuro. La pozione, però, non funziona perché è lo stesso Gideon ad annullarne segretamente il suo effetto, costringendo le Streghe ad usare la formula da lui scritta. E così accade: la porta spazio-temporale si apre e Chris (accompagnato da Leo che vuole essere certo che tutto vada bene) si ritrova in un mondo parallelo, un mondo speculare al nostro in cui tutto è l'esatto opposto: i buoni sono cattivi e i cattivi sono buoni ma ogni gesto, ogni azione ed ogni pensiero sono uguali per i due mondi. Così, come i Chris e Leo buoni si ritrovano nel mondo cattivo, quelli cattivi si ritrovano nel mondo buono.

Compiendo, infatti, un atto particolarmente buono nell'universo negativo, si è spezzato quel sottile equilibrio che intercorreva fra i due universi paralleli, rendendo il mondo normale buono e stucchevole al punto tale che ogni minimo errore è punito con una pena corporale se non addirittura con la morte. Leo, che comprende la situazione, arriva immediatamente sul posto e cura Phoebe salvandole la vita. Intanto Gideon, fallito il suo primo tentativo di eliminare Wyatt, si reca negli Inferi per cercare la complicità di Barbas, il demone della paura, al fine di ripristinare il bilancio di bene e male fra i due mondi e di sbarazzarsi del figlio di Piper.