故事开始于拥有高度感知能力的昆虫基洛顿，它率领改造昆虫军团袭击人类，它们还把部分人类缩小改造成改造虫人。有三个改造虫人逃回人类世界，分别是蜻蜓、蝴蝶和小虫虫。可惜人类里只有少数人知道，蜻蜓、蝴蝶和小虫虫就在此情况下奋战。改编自手塚治虫原作的漫画《玲珑三勇士Z》，在赞助商的提议下将名称改为《玲珑三勇士S》。

This work focuses on environmental issues from the viewpoint of insects. In a refreshing twist, the central character miniaturizes, unlike the conventional hero who grows ever larger. From this perspective, the world looks different and unfamiliar. This work enables the reader to see that the world around is quickly moving towards destruction.

　　高度な知能を持つ昆虫が、発達した科学力と恐ろしい兵器を携え、人間社会の侵略を企んだ。その名は蟻族のギドロン。

　　彼らによって昆虫と同じサイズと、虫の特性を生かした戦闘力を与えられた縮小人間・ミクロイドにされた3人の少年少女が、ギドロンの魔の手から逃れ、人間社会にギドロンの存在を知らせることで警告を与えようとする。その名は、ヤンマ、アゲハ、マメゾウ。

　　だが、出会う人間のほとんどが彼らの話しを信じないばかりか、ミクロイドたちに対する好奇心と彼らを利用しようとすることしか頭にない。

　　数少ない理解者である美土路博士と、その息子・学少年の協力のもと、人間社会に迫るギドロンの恐るべき陰謀に立ち向かう。

　　手塚治虫のSF漫画をアニメ化。原作は「ミクロイドZ」であったが、番組スポンサーにセイコーが入ったため、「S」になったという逸話を持つ。我妻宏は本作が初メインキャラデザイナー。