Dixon se snaží vyrovnat se smrtí své ženy, ale do práce se vrací už za čtyři dny, odhodlaný vystopovat Arvina Sloana. Vaughn pochybuje o jeho schopnosti poradit si v terénu, ale Dixon na této práci trvá, což přiměje Vaughna zvážit možné ohrožení Sydneyho. CIA rozluští stránku v Rambaldiho knize, která obsahuje proroctví o soudném dni, který má přijít za tři dny. Začíná tak zoufalý boj o nalezení Rambaldiho přístroje dříve, než stihne naplnit svou předpověď.

Een artefact van Rambaldi voorspelt dat er binnenkort een apocalyptische gebeurtenis plaats zal vinden. Dixons verdriet leidt Vaughn en CIA-psycholoog dr. Barnett ertoe om te gaan twijfelen aan zijn bedoelingen, nu z'n wraakzucht tegenover Sloane steeds groter wordt. Sloane krijgt van een mysterieuze monnik uit Nepal een openbaring die zijn leven zal veranderen. Sydney en Dixon zitten achter de moordenaar aan die het hart van z'n slachtoffer heeft gesloten en Marshall heeft een nieuwe collega nodig.

A Rambaldi artifact prophesizes that an apocalyptic event will soon take place, and Dixon's grief leads Vaughn and agency psychologist Dr. Barnett to question his intentions, as his thirst for revenge on Sloane intensifies. Meanwhile Sloane receives a life-changing revelation from a mysterious monk in Nepal, Sydney and Dixon hunt for the killer who stole the heart from his victim.

Aux funérailles de Diane, Vaughn observe un Dixon affligé avalant secrètement des pilules. Plus tard, il dit à Sydney que Dixon est sous calmants et devrait prendre un peu de repos avant de retourner travailler. Sark suggère que Sloane se rende à Panama City. Bouleversé, Sloane refuse et lui donne un numéro à appeler pour obtenir ce dont il a besoin pendant l'absence d'Irina. Sloane réalise que tuer Diane ne le console pas pour autant de la mort de son épouse. Il continue de baisser les bras et passe les rênes à Sark ...

Nachdem sich Dixon schon seit Tagen sehr merkwürdig verhält, beobachtet ihn Vaughn zufällig dabei, wie er Tabletten schluckt. Daraufhin bittet er heimlich Dr. Barnett, ihn einem Drogentest zu unterziehen. Als Sydney davon erfährt, stellt sie Vaughn zur Rede. Die Situation spitzt sich zu, als Vaughn während eines Einsatzes plötzlich den Befehl erhält, Dixon zu töten.

מרשל חושף פרופיל של די-אן-איי אנושי בכתבי רמבלדי, ושולח את סידני ודיקסון בעקבות האדם לו שייך הפרופיל. סלואן מבקר במנזר בנפאל ומקבל מנזיר מסמך שאמור לשנות את מהלך ההיסטוריה.

Diane halála megviseli Dixont. Vaughn észreveszi, hogy valamilyen gyógyszert szed, ezért alkalmassági vizsgálatra küldi. Dixon meghamisítja az eredményt, hogy ne függesszék fel. Sloane egy nepáli kolostorban felkeresi Conradot. A CIA-nak sikerül kiderítenie, hogy az elrabolt szívet a kolumbiai Cartagena városába szállítják. Dixon egy robbanószertkezetet tart az egyik zsoldos orra elé, hogy elárulja, hol van a szív. Rajta kívül senki sem tudja, hogy a szerkezet nem működőképes, de a fenyegetés megteszi a hatását...

Una profezia di Rambaldi preannuncia una nuova ed imminente catastrofe. Ci sono solo 48 ore per prevenire il nuovo disastro. Syd e Dixon si recano a Panama City. A causa del suo stato mentale, Vaughn agisce per allontanare Dixon dalla missione. Sloane si reca in Himalaya alla ricerca di risposte da un monaco.

본은 슬픔에 잠긴 딕슨이 몰래 약을 상습 복용하는 것을 알게 된다.

Sydney y Dixon han de viajar a Panamá para localizar a DiRegno, una persona que aparece ligada a una profecía apocalíptica de Rambaldi. Sin embargo, cuando llegan allí, Di Regno ha sido asesinado y su corazón extirpado y robado. La CIA descubre que el nombre de su asesino es Vargas de modo que tratan de capturarle para resolver este nuevo rompecabezas relacionado con Rambaldi y que en este caso plantea la NSA a través de su experta en Rambaldi, la agente Carrie Bowman, que cautiva inmediatamente a Marshall (y la atracción es mutua).

Pero Vaughn está preocupado por Dixon, al cual ha visto tomar pastillas desde el funeral de Diane. Como Jack no está dispuesto a creerle, Vaughn llama a la Barnett para que valore a Dixon. Ésta cita a Marcus para una sesión y un test de drogas. Dixon le confiesa a Sydney que está tomando vicodín por su cuenta y ahora tiene miedo. Sydney le asegura que todo saldrá bien y tiene una buena pelea con Vaughn por haber delatado a su amigo. Dixon, por su parte, falsifica los resultados del test de drogas para que salgan negativos y se lo confiesa a Sydney, la cual tapa su mentira.

Mientras, Sloane se reúne en el Himalaya con Conrad, un misterioso monje al que conoció hace muchos años y que le inició en su cruzada Rambaldi. Sloane le culpa del rumbo que ha tomado su vida, especialmente su obsesión por el profeta italiano. Conrad le dice a Sloane que todo lo sucedido hasta ahora fue profetizado y le indica que en este momento se encuentra en la posición ideal para comenzar su misión, la misión que Rambaldi tenía para él. Le muestra un papel y Sloane parece maravillado al verlo.

La CIA llega hasta un puerto donde se encuentra el corazón de Di Regno pero al llegar no encuentra nada. Dixon se altera mucho y amenaza a uno de los mozos del puerto con hacer explotar una bomba si no le dice lo que sabe. El equipo de la CIA no sabe como reaccionar, creyendo que Dixon es capaz de hacer lo que dice. Cuando se acerca peligrosamente a cero, el mozo confiesa que el corazón está en uno de los barcos, y Dixon, complacido, muestra el temporizador de la bomba, que estaba desconectado, de modo que no hubiese explotado. Muy aliviados, el equipo va al barco a recuperar el órgano, pero cuando abren la caja se encuentran con un raro corazón artificial. Más misterios apocalípticos...