Sydney kalandos akcióban vesz részt, melynek során egy nagy értékű számítástechnikai alkatrészt kell megszereznie. A művelet alatt folyamatosan egy lépéssel megelőzve Sark előtt jár. Ezalatt Jack kénytelen szembenézni Sydney anyjával, Will pedig találkozik Vaughnnal.

סידני ממשיכה להיעזר באמה, למורת רוחו של אביה שמנסה לעשות הכול על מנת לעצור אותה. סידני יוצאת לחפש תיבת נגינה שהסתיר מיילו רמבלדי 500 שנה קודם לכן.

Im Auftrag von Mr. Sark soll eine Terahertz-Kamera mit einem Satelliten in eine Umlaufbahn geschickt werden, um etwas Bestimmtes unter der Erdoberfläche zu suchen. Von ihrer Mutter erfährt Sydney, dass es sich um eine von Rambaldi entworfene Spieldose handelt, deren Melodie eine verschlüsselte Gleichung für Nullpunktenergie enthält. Als die Kamera ins All geschossen wird und erste Bilder auf die Erde sendet, wird klar, dass sich der gesuchte Gegenstand in Sibirien befindet …

Dopo 20 anni, Jack e Laura si rivedono per la prima volta. Will incontra Vaughn, il quale lo sottopone ad una seduta di ipnosi regressiva. In una nuova missione, Syd deve battere in astuzia Sark, il suo nemico giurato. L'obiettivo è un carillon, il cui suono è in realtà un codice numerico.

SD-6 dostala informaci, že Sark chce ze Srí Lanky vypustit satelit vybavený terahertzovou kamerou, která vidí až sto metrů pod povrch země. Sloane chce vědět, co Sark hledá a vidět to, co uvidí Sark, a proto vyšle na Srí Lanku Sydney s Dixonem, aby do počítačového systému satelitu nainstalovali zařízení, které by předávalo signál kamery i SD-6. CIA chce po Sydney totéž. Sydney úkol úspěšně splní. SD-6 i CIA mají záznam terahertzové kamery, který ukazuje nějaký kovový předmět v hlubinách ledových jeskyní na Sibiři. Ten předmět je Rambaldiova hrací skřínka, která hraje melodii, v níž je zakódováno Rambaldiovo tajemství. Ale skřínku je možno spustit taky jen kódem a ten má Sark...

켄달은 시드니가 이리나를 심문하길 원한다.

Sydney apprend que la caméra qu'elle a volée est seulement un prototype, la vraie caméra est sur le point d'être lancée dans l'espace à partir d'un site au Sri Lanka dans 72 heures. Cette caméra permet de voir sous la croûte terrestre ...

Sydney must outwit Sark in order to find a crucial piece of intel. Meanwhile, Jack faces Sydney's mother for the first time in almost 20 years. Will finally meets Vaughn and Sloane is haunted by his wife's death.

Sydney moet haar vijand Sark te slim af zijn om cruciale informatie te vinden. Jack staat voor het eerst in twintig jaar tijd oog in oog met Sydney's moeder. Will ontmoet Vaughn en Sloan wordt gekweld door de dood van zijn vrouw.

Syney continúa luchando contra la realidad y sus sentimientos debido a la cada vez más estrecha relación que tiene con su madre. La CIA quiere extraer toda la información posible de Irina y ésta deja claro que sólo hablará con su hija. Jack tampoco lo está pasando bien y reconoce ante Barnett que tiene miedo de perder a Sydney. Finalmente, Jack visita a Irina en su celda y de nuevo esta se hace con la ventaja de la conversación, sobre todo cuando pregunta a su todavía marido si ha sido totalmente sincero con Sydney respecto a lo que le hizo cuando ella desapareció.

Mientras todo eso sucede, Sydney ha de pinchar la cámara de Onda-T (vista en Confía en Mí) para el SD-6 ya que la que robó se trataba sólo de un prototipo y la verdadera, cuyo control caerá sobre el Sr. Sark (ahora jefe del grupo de Irina y Khasinau), va a ser lanzada al espacio.

Sark no sólo ha heredado el grupo de Irina sino también sus fines que no son otros que obtener los artefactos Rambaldi. Gracias a la cámara de onda T, Sark (y el SD-6) pueden rastrear el planeta entero en su búsqueda. Por ello, Sydney ha de viajar a una cueva siberiana donde se encuentra una caja de música cuya melodía lleva codificada la ecuación la energía de consumo 0.

Sloane confronta sus propios miedos cuando recibe una llamada anónima desde un lugar al que él y Emily tenían planeado viajar antes de que esta falleciera. Por otro lado, Will es sometido a una hipnosis regresiva con la intención de extraer toda la información posible que pueda recordar sobre el cautiverio al que Sark le sometió. No es una experiencia agradable pero Will es capaz de recordar con claridad varios alias de colaboradores. Con la ayuda de Irina, la CIA obtiene los nombres reales de estos alias. Ésta es la segunda colaboración importante de Irina y aprovechando la coyuntura, le dice a Sydney que desea una oportunidad para explicarse.

Sydney viaja a Siberia para obtener la caja de música. Con un dispositivo graba la melodía y tras eso arroja un líquido corrosivo que destruye la caja evitando así que pueda caer en manos de Sark o del SD-6. Cuando Dixon y ella se disponen a huir con las manos vacías, son atacados por un comando de Sark. Matan a dos de los ayudantes de SD6. Dixon alerta a Sidney y cuando ella decide salir de la caerna de hielo, Sark le apunta con una pistola. Ella le da la caja y luego le tira un picahielos en el pie. Sidney empieza a correr hacia la salida. Sark dispara en el piso y se abre. Sidney cae en el agua helada. Cuando intenta salir, el piso se cierra sobre ella.