Ve Vídni byl zavražděn Niels Heider, příslušník Triády, který prodával informace SD-6. Ve své poslední zprávě SD-6 uvedl, že Triáda vyvíjí a zkouší v Budapešti 16 zbraní nové generace. Sloane posílá do Budapešti Sydney a Dixona, aby zjistili o jaký druh zbraní se jedná, vyfotografovali je a okopírovali jejich plány.

Sydney v Budapešti zjišťuje, že 16 zbraní nové generace je 16 dětí ve věku šesti až sedmi let, které jsou tajně vycvičovány ke špionážní práci. Po skončení výcviku jim lektoři vymažou paměť a nic netušící děti mají být kontaktovány a nasazeny teprve až dospějí. Výcvik dětí vede bývalý psycholog z KGB Valerij Cholokov, který má s touto prací zkušenosti z dřívějška. Manolo, který na Jackův případ nastražil v minulé epizodě v domě na Madagaskaru výbušniny, je deportován do USA. V transferu ho navštíví Vaughn a dozví se od něj, že dostal úkol od Jacka...

Sydney ontdekt een gruwelijk geheim als ze op missie moet om een nieuwe generatie wapens op te sporen. Vaughn verdenkt Jack ervan dat hij Sydney's moeder erin heeft geluisd. Sloane vertelt Jack de waarheid over Emily's dood. Will helpt Francie bij de officiële opening van haar restaurant.

Sydney discovers a terrifying secret when she's sent on a case to track down a new generation of weapons. Meanwhile, Vaughn suspects Jack of setting up Sydney's mother to take a fall. Sloane tells Jack the truth about Emily's death.

Sydney informe les membres de la CIA que Jack l'a sauvée du piège tendu par sa mère Irina. Le SD6 est à présent sur les traces d'une nouvelle arme ...

Sydney und Dixon sollen in Budapest die 16 neuen Waffen der Triade ausspionieren. Sydney traut ihren Augen kaum, als sie feststellt, dass es sich dabei um Kinder handelt. Diese werden in einem einmonatigen Programm als Sleeper ausgebildet werden und können sich danach an nichts mehr erinnern. Zurück in L.A. findet die Agentin durch Hypnose heraus, dass auch sie als Kind zum Sleeper programmiert wurde: von ihrem eigenen Vater.

סידני מגלה סוד מחריד כשהיא נשלחת למשימה לאיתור דור חדש של כלי-נשק. בינתיים, ווהן חושד שג'ק מנסה להפליל את אירינה כדי להרחיק אותה מסידני. סלואן מגלה לג'ק את האמת על מותה של אמילי.

A Triád nevű bűnszervezet állítólag új generációs fegyvereket fejlesztett ki, melyeket a budapesti levéltár alagsorában tesztelnek. Sydney azt a feladatot kapja, hogy fényképezze le az új fegyvereket. Sikeresen eljut a megadott helyre, ám legnagyobb döbbenetére az új generációs fegyverek helyett valójában gyerekeket talál, akiket arra képeznek ki, hogy ha felnőnek, szuperkémekként dolgozzanak. Sydney egy speciális kirakós játékot látva rájön, hogy gyerekkorában őt is alávetették ennek a képzésnek.

Sydney scopre un terrificante segreto quando viene mandata in missione per neutralizzare una nuova generazione di armi. Sloane racconta a Jack la verità sulla morte di Emily. Will dà una mano a Francie che sta per inaugurare il suo ristorante.

본은 잭이 이리나를 함정에 빠뜨린 것 같다고 말한다.

Sydney testifica ante un tribunal de la CIA para confirmar que su padre le salvó la vida frente a la trampa de Irina. Tras el juicio, hija y padre se reconcilian respecto a la cuestión de Irina.

Mientras en Viena, el contacto austríaco del SD-6 es asesinado después de informar al SD-6 del desarrollo de varias armas de nueva generación por parte de un grupo de élite. Sydney ha de viajar a Budapest para fotografiar las armas y obtener sus características. Jack es ahora el nuevo superior de Sydney y no Vaughn, y le encarga su contramisión. Jack informa a su hija de que Irina se enfrenta a la pena de muerte. Vaughn sugiere a Sydney la posibilidad de que fuera Jack quien orquestara toda la cuestión de los explosivos, comentario que pone furiosa a Sydney. Sin embargo, Vaughn confirma sus sospechas cuando localiza a Souza, la persona a la que Jack encargó el tema de los explosivos.

Sydney descubre con horror que las armas de nueva generación no son otra cosa que niños a los cuales se les programa mediante sofisticadas técnicas y se les entrena como agentes mortales, según Sloane, y que son localizados mediante pruebas de inteligencia por toda Europa.

Jack y Sloane discuten sobre el problema de Emily. Sloane está convencido de que la firma de Emily es una falsa dado que él fue el encargado de envenenarla, como le confiesa a Jack. Cuando más tarde Sloane sale de la ducha descubre una copa de vino sobre el lavabo del baño. Un análisis de la copa indica la existencia de un antídoto al veneno que Sloane administró a Emily y que, además, también es capaz de simular la muerte de una persona.

El profesor de los niños arma es identificado como un antiguo psicólogo del KGB que ahora reside en Buenos Aires por lo que Sydney ha de viajar a Argentina para interrogarle, a pesar de la reticencia de Jack. Una vez allí, Sydney es atacada por el psicólogo y éste muere en la pelea. Sobre la mesa encuentra unas pruebas de razonamiento espacial que consigue descifrar en pocos segundos. Preocupada por este hecho, Sydney decide someterse a hipnosis regresiva, obteniendo una horrible visión de su pasado...