U Vaughna se objevily první příznaky nemoci, kterou mu způsobila voda z Rambaldiho přístroje. Pokud nedostane protilék, do tří dnů zemře. Irina prozrazuje, že protilék, který při svých pokusech vyvinul Kasinov, je na bývalé estonské námořní základně, kam se pro něj vypravuje Sydney. Na základně se setkává se Sarkem, který ji zajme. Protilék jí vydá pod podmínkou, že mu předá Sloanea, kterého chce zabít. Sydney souhlasí a odlétá i se Sarkem do Tokia, kde má Sloane schůzku aliance. V převlečení za gejšu Sloanea omámí a předá Sarkovi, který ho nechá odvézt sanitkou.

Sydney získá protilék a zachrání Vaughna. Je však velice překvapená, když přijde do sídla SD-6 a uvidí tam Sarka i Sloanea...

Sydney probeert snel een behandeling voor Vaughn te vinden, wiens leven na z'n waterige avontuur in Taipei aan een zijden draadje hangt. Maar om een tegengif te vinden moet Sydney het op een akkoordje gooien met Sark, wat Sloane's leven in gevaar kan brengen. Will gaat door met z'n onderzoek voor Vaughn en ontdekt een aantal zorgwekkende onregelmatigheden bij standaard-IQ-tests van 20 jaar oud.

Sydney races to find a cure for Vaughn, but in order to find the antidote, Sydney must make a deal with Sark that could endanger Sloane's life. Meanwhile, Will continues his research for Vaughn and discovers some disturbing inconsistencies involving 20-year-old standardized IQ tests.

Vaughn enveloppe ses ongles en sang et se dirige vers la cellule d'Irina. Elle le remercie d'avoir prouvé l'engagement de Jack à Madagascar. Vaughn admets qu'il est malade et demande à Irina ce que Khasinau a appris de son expérience sur les gens exposés à la «balle rouge» ...

Vaughn hat sich mit einem tödlichen Virus infiziert und benötigt dringend ein Gegenmittel. Nachdem Sydney davon erfährt, begibt sie sich nach Estland, denn nur hier kann das Serum erzeugt werden. Als sie sich Zutritt zum Labor verschafft, löst sie den Alarm aus – und gerät in die Hände von Sark. Er will Sydney nur dann mit dem Gegenmittel freilassen, wenn sie ihm Sloane ausliefert. Für Sydney beginnt ein Rennen gegen die Zeit, denn Vaughn hat nur noch ganze drei Tage zu leben …

ווהן נדבק בווירוס מסתורי. בתמורה לתרופה שתציל אותו, סידני מסגירה את סלואן, ראש ה-אס-די-6 לידי סארק, המנהל את הארגון של דרבקו. בשובה לארה"ב, היא מגלה שסארק וסלואן הפכו לבני ברית.

Kiderül, hogy egy korábbi bevetésen Vaughn végzetes, gyorsan ölő kórral fertőződött meg. Irina elárulja Sydneynek, honnan tudja beszerezni az ellenszert. Sydneynek sikerül bejutnia a laborba, de nagy ellensége, Sark csapdájába esik. Sark üzletet ajánl neki: életben hagyja, és az ellenszérumot is megkaphatja, ha megöli a főnökét, Sloane-t.

Sydney deve trovare una cura per Vaughn, il quale è stato infettato mentre si trovavano a Taipei. Ma per trovare un antidoto, Syd è costretta a venire a patti con Sark; intanto Will continua la sua ricerca per Vaughn e scopre alcune evidenti discordanze riguardanti alcuni test di intelligenza.

시드니는 이리나에게서 본의 해독제를 찾으려 한다.

Vaughn acude desesperado a la única persona que le puede ayudar: Irina. Ésta le dice que le ayudará a cambio de que le confiese sus verdaderos sentimientos respecto a Sydney. Sydney es la encargada de viajar a Estonia para buscar el antídoto, al enterarse de la enfermedad de Vaughn.

Por otro lado, Sydney le habla a Will del Proyecto Navidad después de que éste le comente que las pruebas psicotécnicas de 1982 son imposibles de localizar, lo cual hace sospechar que el proyecto siga en pie de algún modo. Cuando Will se hace con un test de 1982 se da cuenta de que faltan ciertos tipos de preguntas, aunque más tarde descubre que las pruebas fechadas en 1982 son en realidad de 1983. Cuando localiza a un secretario del Ministerio de Educación para obtener una prueba de 1982, se da cuenta de que hasta las copias oficiales carecen de las preguntas clave que Will está buscando.

Sydney se expone ante sus enemigos cuando hace saltar una alarma conscientemente para obtener el vial de antitoxina necesaria para Vaughn. Es apresada por Sark y éste decide perdonarle la vida si colabora con él para apresar a Sloane. Sydney acepta.

Sloane se encuentra en una reunión de la Alianza en Tokyo, tal y como le informa su padre, de modo que Sydney se dirige hacia allá para asesinar a su jefe en el SD-6. Cuando Syd completa su misión Sark facilita el antídoto a Jack. Pero Sloane no está muerto! sino que se encuentra sano y salvo en el SD-6 cuando Sydney regresa y no sólo eso sino que Sark ha sido reclutado por Sloane para colaborar con ellos. Todo ha sido una trampa de Sark para colarse en el SD-6.

Sydney, destrozada, acude a la CIA y habla con Vaughn, que acaba de confesar sus verdaderos sentimientos a Irina. Cuando Syd se marcha, Vaughn está a punto de comentarle algo, pero se lo piensa mejor y deja que la agente se marche.