Japan har kollapset etter Den store katastrofen. Kiruko skal hjelpe en gutt som heter Maru å komme til et sted som heter Himmel. I mellomtiden bor barn bak murene i en barnehage i frodige grønne omgivelser. Etter å ha mottatt en mystisk melding, begynner Tokio å tvile på verden omkring seg.

På et merkelig gjestgiveri synker Maru og Kiruko ned i en døsig søvn. De våkner til at et monster er på ferde i det svake lyset fra månen. I barnehagen blir Tokio mer mistenksom overfor verden omkring seg. I mellomtiden mottar Shiro en uventet melding.

For fem år siden tilbrakte Robin, Haruki og racersøsteren hans Kiriko dagene lykkelige på et barnehjem i Asakusa. Når en yrende folkemengde samles for å se et elektrokartløp, prøver noe grusomt å forstyrre arrangementet, og Haruki står overfor en farlig situasjon.

Maru og Kiruko vender tilbake til Tokyo og finner et nabolag overfylt med telt. Mens Maru drar til en spillehall, blir Kiruko igjen for å samle informasjon, og hører et skummelt rykte. I barnehagen forverres Taraos tilstand og Dr. Sawatari oppdager et uforklarlig fotavtrykk.

Maru og Kiruko er på jakt etter Den udødelige orden. Underveis bor de på et hotell som drives av en jente som heter Totori. De setter fra seg sekkene sine og leter etter trygt drikkevann, og snubler over en hardt skadet mann. I mellomtiden dukker noen uventet opp foran Tokio.

Maru og Kiruko finner det de tror er legen og Den udødelige ordenen. I stedet er det en fiendtlig organisasjon som er sterkt imot behandlingen som Den udødelige ordenen gir. Kiruko og Maru aksepterer et jobbtilbud, men Kiruko begynner å miste tålmodigheten.

Etter å ha drept menneskeeterne, møter Maru og Kiruko endelig dr. Usami. Han ber dem om å ta en vanskelig avgjørelse, og tar dem med til et rom der de blir vitner til en grufull scene.

Maru og Kiruko oppdager at dr. Usami hadde en knapp med samme mønster som logoen de fant på Kiru-Strålen. De bestemmer seg for å følge sporet, og møter en mystisk informant underveis. I mellomtiden avholdes det et krisemøte i barnehagen.

Maru og Kiruko bestemmer seg for å dra til Ibaraki-anlegget, som tilhører Takahara-akademiet. Siden det er på veien, blir de enige om å hjelpe Juichi for å bekrefte om babyen hans fortsatt er i live. Når de kommer til Den befestede byen er situasjonen veldig annerledes enn forventet.

Maru og Kiruko drar til Ibaraki-anlegget etter at Juichi gir dem bilen sin. En ny gruppe 5. klassinger starter på akademiet. Mimihime legger merke til at en av dem, Ohma, virker veldig ensom, og prøver å bli venner med henne. Men Ohma har spesielle grunner til å holde seg unna de andre barna.

Maru og Kiruko kommer til en velstående markedsplass. Det er byen der det beryktede gjenoppbyggingsdepartementet regjerer. I mellomtiden blir akademiet plutselig utsatt for et angrep. I det de prøver å søke ly, finner barna et hull i veggen.

Mimihime, Shiro, Anzu og Taka går alle sammen gjennom et hull i veggen, mens de leter etter svar på lærerens oppgave. I mellomtiden bryter Kiruko ut i gråt etter at Robin gjør noe forferdelig.