Το έτος 1999, ένα εγκαταλελειμμένο εξωγήινο πολεμικό οχυρό προσγειώνεται στον πλανήτη Γη. Οι πιο λαμπροί επιστήμονες και μηχανικοί περνούν τα επόμενα δέκα χρόνια ανακατασκευάζοντας το κατεστραμμένο σκάφος και μελετώντας την εξαιρετικά προηγμένη τεχνολογία του, γνωστή ως Ρομποτέκ! Μια φυλή πολεμιστών από το μακρινό διάστημα, εισέρχονται στο προσκήνιο, αποφασισμένοι να ανακτήσουν το χαμένο σκάφος και να καταστρέψουν τον πολιτισμό της Γης. Μια μάχη για την επιβίωση του πλανήτη είναι σε εξέλιξη και ο νεαρός Ρικ Χάντερ βρίσκεται μπλεγμένος στον πόλεμο, πιλοτάροντας ένα άγνωστο μαχητικό αεροπλάνο, με εξελιγμένη μηχανική που δεν μπορεί να διαχειριστεί!

Οι εξωγήινοι χτυπούν με όλη τους τη δύναμη και η απελπισμένη μάχη για τον πλανήτη Γη φτάνει στους δρόμους της πόλης του Μακρός. Το ανθρώπινο θάρρος και οι ικανότητες δοκιμάζονται στα όρια, ενάντια στα ανώτερα όπλα των Ζεντραέντι. Μια ηρωική προσπάθεια διάσωσης (από τον Ρικ Χάντερ, για να σώσει τη Λιν Μινμέι) μετατρέπεται σε μια εφιαλτική εμπειρία.

Οι εισβολείς Ζεντραέντι συνεχίζουν να πλησιάζουν και η μάχη για τον πλανήτη Γη γίνεται ακόμα πιο έντονη. Προσπαθώντας να ξεφύγουν από τις ανώτερες εξωγήινες δυνάμεις, ο Ρικ και η Μινμέι εγκλωβίζονται στο διάστημα, ενώ προσπαθούν να επανενωθούν με τους υπόλοιπους. Ο Κυβερνήτης παίρνει μια απελπισμένη απόφαση να εκτελέσει ένα άλμα στο υπερδιάστημα, το οποίο είτε μπορεί να οδηγήσει το σκάφος του σε ασφάλεια, είτε μπορεί να σημάνει το τέλος για όλους!

Ο Ρικ και η Μινμέι μαθαίνουν ότι έχουν προσγειωθεί σε ένα κλειστό και ξεχασμένο τμήμα του SDF-1. Όσο κι αν προσπαθούν, δεν μπορούν να βρουν διέξοδο και κανείς στο σκάφος δεν έχει ιδέα πού βρίσκονται! Ο χρόνος περνάει αργά και σκληρά για το φυλακισμένο ζευγάρι, καθώς αυτό που ξεκίνησε να είναι μια διασκεδαστική περιπέτεια, μετατρέπεται σε έναν θανάσιμο εφιάλτη πείνας και εξάντλησης, οδηγώντας τους στα όρια της παραφροσύνης.

Οι κάτοικοι του νησιού Μακρός προσπαθούν να οργανώσουν τη ζωή τους στο γιγάντιο πολεμικό φρούριο. Το ανθρώπινο δράμα εξελίσσεται με φόντο τον διαπλανητικό πόλεμο, καθώς οι δυνάμεις των Ζεντραέντι ακολουθούν το SDF-1 και συνεχίζουν τον πόλεμο που ξεκίνησε στη Γη. Ο κυβερνήτης πρέπει να πάρει μια απόφαση ζωής ή θανάτου, η οποία θα καθορίσει τη μοίρα σχεδόν 70.000 προσφύγων!

Οι Ζεντραέντι εξακολουθούν να προβληματίζονται από τις ενέργειες του SDF-1. Ωστόσο, ο διοικητής τους, αρχίζει να απολαμβάνει την πρόκληση. Ο Κυβερνήτης σχεδιάζει μια παγίδα για τους επιδρομείς εξωγήινους, όμως αυτή θα αποτύχει ανάμεσα στους φοβερούς δακτυλίους του Κρόνου, ενώ ο Ρικ παγιδεύεται μέσα σε ένα πολεμικό πλοίο των Ζεντραέντι!

Ο πλανήτης Άρης είναι το σκηνικό, καθώς ο Διοικητής καλεί ενισχύσεις για να καταλάβει το SDF-1. Ο Κυβερνήτης οδηγεί την ανάπτυξή του στα όρια της εξάντλησης, καθώς προσπαθεί να κρατήσει τις συντριπτικές δυνάμεις των Ζεντραέντι σε απόσταση.

Καθώς πλησιάζουν τα 16α γενέθλια της Μινμέι, ο Ρικ βρίσκεται διαρκώς σε υπηρεσία, υπερασπιζόμενος το σκληρά δοκιμαζόμενο οχυρό από τις επιθέσεις της αδυσώπητης αρμάδας των Ζεντράντι. Οι σκέψεις του Ρικ είναι διχασμένες ανάμεσα στο καθήκον του απέναντι στο SDF-1 και στη αγάπη του για τη Μινμέι.

Η γοητευτική Μινμέι ετοιμάζεται για μια διαφορετική μάχη, μια μάχη για να αναδειχθεί το πιο όμορφο κορίτσι της πόλης Μακρός! Ενώ ο διαγωνισμός ομορφιάς μαίνεται, ο Ρικ Χάντερ καλείται σε δράση από τους ανωτέρους του, για να υπερασπιστεί το γιγάντιο διαστημικό οχυρό μάχης.

Το πλήρωμα του SDF-1 βρίσκεται σε συνεχή επαγρύπνηση απέναντι στην απειλή της επίθεσης από την πανταχού παρούσα αρμάδα των Ζεντράντι. Μια μη εξουσιοδοτημένη επίθεση από τον πονηρό Κίρον καταστρέφει τον κύριο πύργο ραντάρ του διαστημικού οχυρού.

Ο Ρικ Χάντερ, η Λίζα Χέιζ και ο Μπεν Ντίξον συλλαμβάνονται και οδηγούνται ενώπιον του Ανώτατου Ηγέτη του πολιτισμού των Ζεντραέντι. Αβοήθητοι αιχμάλωτοι, γίνονται μάρτυρες της φοβερής δύναμης και της καταστροφικής ικανότητας των εξωγήινων αντιπάλων τους.

Αιχμάλωτοι σε ένα κελί φυλακής των Ζεντράντι, ο Ρικ, η Λίζα και ο Μπεν προσπαθούν να βρουν έναν τρόπο διαφυγής από το τεράστιο εξωγήινο σκάφος και να αναφέρουν τα ευρήματά τους στον κυβερνήτη και το πλήρωμα του SDF-1. Οι Μπριτάι & Ντόλζα αρχίζουν επίσης να καταστρώνουν σχέδια για να ανακαταλάβουν το χαμένο τους οχυρό.

Ο Κυβερνήτης παίζει ένα επικίνδυνο παιχνίδι γάτας και ποντικιού, καθώς οδηγεί το SDF-1 σε μάχη, η οποία θα καθορίσει την τύχη αυτού και του πληθυσμού του, που αποτελείται από 70.000 πρόσφυγες. Αν πετύχει, θα επιστρέψει στη Γη νικητής. Αν αποτύχει, τότε η αναζήτησή του θα έχει τελειώσει.

Τώρα που το γιγάντιο διαστημικό οχυρό έχει επιστρέψει με ασφάλεια στη Γη, ο Κυβερνήτης κάνει μια αναδρομή στα δύο προηγούμενα χρόνια. Χρόνια γεμάτα αναμνήσεις μάχης και στρατηγικής, ενώ προσπαθούσε να εμποδίσει τις δυνάμεις μιας εξωγήινης αρμάδας να αιχμαλωτίσουν τον υπερασπιστή της Γης, το SDF-1.

Ο Ρικ διατάσσεται κρυφά να πετάξει τη Μινμέι στην Ιαπωνία για να επισκεφθεί την οικογένειά της. Η επανένωση διακόπτεται, όταν η Μινμέι λέει ότι δεν θα φύγει από το SDF-1! Εν τω μεταξύ, ο Κυβερνήτης και η Λίζα Χέιζ προσπαθούν να πείσουν την κυβέρνηση της Ενωμένης Γης ότι η συνέχιση των αγώνων με τους Ζεντραέντι θα οδηγήσει στην ολοκληρωτική καταστροφή της Γης.

Η Λίζα συναντά τον ξάδελφο της Μινμέι, τον Λιν Κάιλ, ο οποίος της θυμίζει, τον χαμένο αρραβωνιαστικό της. Αλλά αυτές οι μελαγχολικές σκέψεις σύντομα ξεθωριάζουν, καθώς μια ομάδα επιδρομών των Ζεντράντι, με επικεφαλής τον Κίρον, σχεδιάζει μια αιφνιδιαστική επίθεση στο ανυποψίαστο SDF-1.

Ο Ρικ Χάντερ βρίσκεται σε κρίσιμη κατάσταση στο κρεβάτι ενός νοσοκομείου, αφού μετά βίας επέζησε από μια επίθεση των Ζεντράντι. Ενώ παλεύει για τη ζωή του, το μυαλό του κάνει ένα συναισθηματικό ταξίδι, στο οποίο προσπαθεί να βγάλει νόημα από τη σχέση του με τη Μινμέι και την αυξανόμενη έλξη που νιώθει για τη Λίζα Χέιζ.

Καθώς ο Ρικ αναρρώνει, ο Ρόι προσπαθεί να πείσει τη Μινμέι να ξεφύγει από το πολυάσχολο πρόγραμμά της και να επισκεφτεί τον τραυματισμένο φίλο της. Αλλά η απειλή των Ζεντράντι ξεπροβάλλει στον ουρανό πάνω από τη Γη και ο Ρόι ετοιμάζεται να μπει στη μάχη... ίσως για τελευταία φορά.

Ο Κυβερνήτης ξεκινάει ένα ταξίδι, το οποίο πιστεύει ότι θα τελειώσει με την επανεγκατάσταση των σχεδόν 70.000 προσφύγων που βρίσκονται εγκλωβισμένοι στο SDF-1. Εν τω μεταξύ, ο στολίσκος του Κίρον απαντά στις εξελίξεις με μια επίθεση στο οχυρό μάχης. Ο Διοικητής διχάζεται μεταξύ της σωτηρίας των πολιτών της πόλης του Μακρός και του όρκου του να προστατεύσει τη Γη.

Οι Ζεντράντι παρακολουθούν τη δραστηριότητα του SDF-1, καθώς ο Κυβερνήτης ετοιμάζεται να μετεγκαταστήσει τους πρόσφυγες της πόλης Μακρός. Αλλά οι ελπίδες όλων για επιστροφή σε μια φυσιολογική ζωή στη Γη διαψεύδονται για πάντα, καθώς οι Ζεντράντι επιτίθενται απροειδοποίητα!

Η εκστρατεία των Ζεντράντι για την αιχμαλωσία του SDF-1 κλιμακώνεται ανεξέλεγκτα, καθώς ο Κίρον ηγείται της επίθεσης εναντίον του διαστημικού οχυρού. Ωστόσο, μέσα σε όλες τις μάχες και τη σύγχυση, η Μινμέι καταφέρνει να τραγουδάει για τους μπερδεμένους πολίτες της πόλης του Μακρός, δίνοντάς τους μια μικρή αχτίδα ελπίδας στην πιο σκοτεινή τους ώρα.

Μπερδεμένοι από τις ενέργειες του SDF-1 που βρίσκεται σε τροχιά, οι Ζεντράντι εξαπολύουν ολομέτωπη επίθεση! Ο στρατός του Κυβερνήτη αποκρούει την επίθεση, καθώς το σκηνικό είναι έτοιμο για την τελική αναμέτρηση μεταξύ των εκτοπισμένων ηρώων της Γης και των παραπλανημένων Ζεντράντι με επικεφαλής τον Κίρον.

Η Λίζα Χέιζ παίρνει μια βιαστική απόφαση να επιστρέψει στη Γη, για να προσπαθήσει για τελευταία φορά να πείσει τους επικεφαλής της Ενωμένης Κυβέρνησης της Γης να διαπραγματευτούν με την αρμάδα των Ζεντράντι. Το ταξίδι της επιστροφής στη Γη δεν είναι χωρίς απρόοπτα, καθώς ο Ρικ και ο Μαξ διασχίζουν τις εχθρικές γραμμές.

Το ανερχόμενο ειδύλλιο του Μαξ με τη Μίριγια παίρνει δραματική τροπή, καθώς ο άλλοτε περήφανος πολεμιστής των Ζεντραέντι σκέφτεται το αδιανόητο: να παντρευτεί μια Μικρονιανή! Ακόμα λιγότερο αρέσει η ιδέα στον Ζεντραέντι που σχεδιάζει να κάνει κάτι γι' αυτό.

Μια δύσκολη ανακωχή επιχειρείται, καθώς οι Ζεντράντι στέλνουν έναν απεσταλμένο για να συζητήσουν ένα προσωρινό σχέδιο ειρήνης. Αυτή η κίνηση όχι μόνο αναστατώνει τους πολίτες του SDF-1, αλλά και τροφοδοτεί την ήδη άσβεστη φλόγα της φιλοδοξίας του Κίρον.

Η Γη είναι περικυκλωμένη από την αρμάδα του Ντόλζα που αποτελείται από πάνω από τέσσερα εκατομμύρια σκάφη, τα οποία έχουν σταλεί για να καταστρέψουν τη Γη και το SDF-1. Είναι η ώρα των τελευταίων σκέψεων και μια τελευταία προσπάθεια να νικήσουν τις κατά πολύ ανώτερες δυνάμεις των Ζεντράντι οι υπερασπιστές του Ρομποτέκ της Γης!

Το πλήρωμα του SDF-1 αποτιμά τη ζημιά που έχει προκληθεί στη Γη. Είναι καιρός για προβληματισμό και επανεκτίμηση, μετά την σχεδόν ολοκληρωτική καταστροφή ενός εξωγήινου πολιτισμού και τα καταστροφικά απομεινάρια του άλλοτε όμορφου πλανήτη τους.

Ο πόλεμος αρχίζει να επανέρχεται στις ζωές όσων πολέμησαν για τη διατήρηση της Πρωτοκαλλιέργειας. Μερικοί από τους Ζεντράντι έχουν επιστρέψει στους βίαιους τρόπους τους. Εναπόκειται στον Διοικητή και τον εξωγήινο Έξεντορ να βρουν μια λύση στο υπάρχον πρόβλημα.

Δημιουργείται ένας σύνδεσμος μεταξύ του Μπριτάι και των επιζώντων του SDF-1, για να πείσει τους εναπομείναντες πολεμιστές Ζεντράντι, που βρίσκονται σε ένα εργοστάσιο Ρομποτέκ, να συμμετάσχουν σε μια συμμαχία για την ειρήνη.

Ο Ρικ Χάντερ περιπολεί στους ουρανούς του νέου πολιτισμού της Γης, αγρυπνώντας διαρκώς ενάντια σε εξωγήινες επιθέσεις. Οι προσωπικές τραγωδίες των επιζώντων ωχριούν μπροστά στα σχέδια του Κίρον, ο οποίος επιχειρεί να επιστρέψει καταστρέφοντας τη νέα κοινωνία πριν προλάβει να εξελιχθεί.

Ο Κίρον καταφέρνει να αιχμαλωτίσει τη Μινμέι και τον Κάιλ! Τους χρησιμοποιεί σε μια συνωμοσία για να αποκτήσει τον έλεγχο του SDF-1. Η αποστολή διάσωσης των πιο σεβαστών προσωπικοτήτων της Γης αποτελεί έναν κυριολεκτικό γολγοθά.

Η Κλόντια δίνει στη Λίζα Χέιζ ένα μάθημα επιμονής, καθώς θυμάται την πρώτη φορά που συνάντησε τον χαρισματικό πιλότο μαχητικών αεροσκαφών Ρόι Φόκερ.

Μια εξέγερση των Ζεντράντι αποτελεί το δραματικό σκηνικό, καθώς ο Ρικ προσπαθεί να ξεκαθαρίσει τα συναισθήματά του για τη Μινμέι και τη Λίζα.

Ο αινιγματικός Κίρον σχεδιάζει ένα ασυνήθιστο χριστουγεννιάτικο δώρο για τους κατοίκους της πόλης του Μακρός.

Ο Κίρον σχεδιάζει την απόλυτη εκδίκησή του, με στόχο το SDF-1 και το υπό κατασκευή SDF-2.