Michael trafia do panamskiego więzienia Sona. Do zakładu trafiają również T-Bag, Mahone i Bellick. Lincoln szuka sposobu na wyciągnięcie brata. T-Bag od początku próbuje zyskać przychylność Lechero, nieformalnego przywódcy Sony.

Michael i Mahone, każdy na własną rękę, szukają Jamesa Whistlera. Lincoln poszukuje wskazówek, które pomogą mu w wydostaniu brata z więzienia. T-Bag zyskuje przychylność Lechero. Sonie grozi bunt, ponieważ kończą się zapasy wody.

Michael potrzebuje pomocy T-Baga, by skontaktować się z Sarą. Mahone usiłuje zdobyć lekarstwo. Bellick znajduje się w trudnej sytuacji. Lincoln postanawia spróbować samemu odbić LJ-a i Sarę.

Po nieudanej próbie odbicia LJ-a i Sary, Lincoln otrzymuje od Susan B. Anthony przerażający pakunek. Michael ma już pewne plany, odnośnie ucieczki. Mahone ma halucynacje, w których prześladuje go Świrus. T-Bag zostaje członkiem świty Lechero.

Do Sony trafia nowy więzień. Michael zaczyna mieć pewne podejrzenia względem Whistlera. Lincoln przygotowuje szczegóły ucieczki poza murami więzienia. Sucre zgadza się na dostarczanie pakunków do Sony na prośbę kuzyna Lechero - Augusto.

Michael grozi Lincolnowi, że nie ucieknie, dopóki nie zobaczy zdjęć LJ-a i Sary. Whistler zostaje oskarżony o popełnienie morderstwa. Michael musi udowodnić jego niewinność. Mahone nabywa szansę na szybkie opuszczenie Sony.

Gdy Michael dowiaduje się o śmierci Sary oskarża Whistlera, że to przez niego zginęła i wyzywa go na pojedynek. Lincoln i Sofia Lugo są w trudnej sytuacji, gdyż Susan grozi, że zabije LJ-a. Lechero traci wpływy w Sonie.

Susan bierze plan ucieczki we własne ręce, tym samym zostawiając Michaela zdanego na samego siebie. Lechero wyjawia Michaelowi i Whistlerowi tajemnicę Sony. Sofia odkrywa przeszłość Whistlera. Lincoln i Sucre są na celowniku agentów Firmy.

Michael trafia do izolatki. Wkrótce, zaczyna współpracować z generałem Zavalą. Susan znajduje sposób na motywację Lincolna. Sucre dostarcza kolejny pakunek do Sony. Zaczyna się konflikt na linii Lechero - Sammy.

Lechero traci władzę w Sonie. Lincoln i Sucre planują "niespodziankę" dla Susan. T-Bag zmusza Bellicka do wzięcia udziału w jeszcze jednej walce. Plan Michaela zostaje odkryty przez Sammiego i jego podwładnych.

Ekipa jest zmuszona do szybkiej ucieczki z powodu silnych opadów deszczu. Do uciekających dołącza nowa osoba. T-Bag i Lechero zawierają porozumienie. Whistler podejmuje zaskakującą decyzję. Linc pozbawia Sonę oświetlenia.

Rozpoczyna się ucieczka z Sony. Jednakże, nie dla wszystkich przebiega ona zgodnie z planem. T-Bag i Bellick zostają złapani, a Lechero postrzelony. Sucre ma poważne problemy. Lincoln jest gotowy pomścić śmierć swojego ojca.

Michael i Lincoln wymieniają Whistlera na LJ-a i Sofię. W Sonie zostaje zamordowany Lechero. Władzę w więzieniu przejmuje T-Bag. Mahone otrzymuje zaskakującą propozycję. Do panamskiego zakładu trafia Sucre.