Es ist sieben Jahre her, dass Michael als tot vermutet wurde, aber als Hinweise darauf hindeuten, dass er noch am Leben sein könnte, trifft sich Lincoln wieder mit Sara, um die Wahrheit aufzuspüren.

Als Lincoln und C-Note nach dem "Scheich des Lichts" suchen, versuchen Michael und sein Zellengenosse Whip eine Flucht aus Ogygia. In der Zwischenzeit führt Saras Untersuchung von Michaels Wiederauftauchen sie zum Außenministerium und zu einem unbehaglichen Wiedersehen mit Paul Kellerman.

Als T-Bag Sara überfällt, warnt er sie, dass zwei von Poseidons Handlangern, Van Gogh und A&W, ihr folgen könnten. In der Zwischenzeit versucht Lincoln, seinen beschlagnahmten Pass zurückzuholen, um dem Jemen zu entkommen, und Michael plant seinen nächsten Zug.

Michael, Whip und Ja machen ihren letzten Versuch, sich von Ogygia zu lösen, müssen aber dazu einen Deal mit dem Teufel abschließen. Lincoln rast gegen die Uhr, um bei der Flucht zu helfen, als T-Bag sich mit Kellerman trifft, um mehr Informationen über Michaels Auferstehung zu sammeln.

Lincoln wird frustriert, als er versucht zu verstehen, was wirklich mit Michael passiert ist. C-Note hat einen neuen Fluchtplan, befürchtet aber, dass er nicht schnell genug ausgeführt wird, da Zyklopen dicht hinterherlaufen. In der Zwischenzeit kämpft Sara mit der Idee, dass Michael am Leben sein könnte.

Als Michael, Lincoln und die verbliebene Ogygia-Bande versuchen, dem Jemen zu entkommen, finden sie sich von einem rachsüchtigen Zyklopen durch die Wüste getrieben. In der Zwischenzeit hinterfragen A&W und Van Gogh ihre Rolle, da ihre Verfolgung der Flüchtlinge sie nach Graceland führt.

Sara fürchtet sich um die Sicherheit ihrer Familie, als sie den wahren Grund entdeckt, warum Michael seinen eigenen Tod vorgetäuscht hat. In der Zwischenzeit versuchen Michael und Lincoln weiterhin, mit Hilfe von Sucre einen Weg nach Hause zu finden, und die wahre Identität von Poseidon wird offenbart.

Als die Sicherheit von Sara und ihrem Sohn bedroht ist, rekrutieren Michael und Lincoln die Hilfe von Sheba und C-Note, um zu versuchen, Poseidon zu fangen. In der Zwischenzeit geht Whip auf eine separate Mission und T-Bag verrät ein Geheimnis.

Gefährliche Bedrohungen lassen Michael und Lincoln kämpfen, um Sara und Mike zu schützen. In der Zwischenzeit versucht Poseidon weiterhin, Michael und den Rest der Bande zu überlisten, was sie zum ultimativen Showdown führt, und nicht jeder schafft es lebend raus.