Bei dem Bruch des Bündnisses werden Ronon Dex und Rodney McKay von dem Wraith Michael und seinen Verbündeten entführt.

Im Orbit über der Stadt Atlantis taucht ein Wraith-Basisschiff aus dem Hyperraum auf. Atlantis gelingt es, sich zu tarnen und die Waffenplattform zu aktivieren.

Auf der Suche nach nicht benötigten Stargates für die Stargatebrücke von Atlantis zur Erde trifft das Team um John Sheppard auf einem Planeten einen Mann namens Lucius, der behauptet, sehr weitreichende Kenntnisse in dem Bereich Medizin zu haben.

Bei einem Besuch auf einem zuvor unbekannten Planeten erkennen einige Dorfbewohner Ronon Dex als einen "Läufer" und rufen ihm bei den Namen "Wraithbringer".

Bei der Erforschung des Stargate-Netzes trifft das Atlantis-Team auf eine fortschrittliche Zivilisation, die den Antikern ähnelt. Doch bei einem diplomatischen Gespräch kommen dem Atlantis-Team erste Zweifel, ob dies wirklich Antiker sind.

Dr. Weir liegt im Koma. Naniten, die von Nian auf sie übertragen wurden haben die Kontrolle über ihren Körper übernommen.

Bei der Erkundung eines Planeten wird das Team von John Sheppard von Abtrünnigen Genii angegriffen. Dem Team gelingt die Flucht doch Sheppard wird von den Genii gefangengenommen.

Rodney Mckay und Samantha Carter brauchen die Hilfe von McKays Schwester, um eine verbesserte Form eines Zero Point Modules (ZPM) zu bauen, was auch gelingt. Doch bei dem Probelauf passiert etwas Unerwartetes.

Major Lennarts Team ist seit mehreren Stunden überfällig. Sheppard und sein Team machen sich auf die Suche nach ihnen und entdecken auf dem Planeten einige tote Genii.

Das Atlantis-Team testet die fertiggestellte Stargatebrücke zwischen der Pegasus-Galaxie und der Milchstraße. Der Test ist erfolgreich, doch McKay erhält seltsame Daten.

Das Team um John Sheppard schafft es, in den Stargateraum von Atlantis einzudringen und diesen schwer zu beschädigen.

In Atlantis mehren sich die Fälle von Visionen von einem Ereignis, welches dem Atlantis-Team aber völlig unbekannt ist. Bei einem Wasserscan stellt man fest, dass sich sehr viele Meeressäuger Atlantis nähern.

Auf einem Planeten, auf dem sich ein angeblicher Superheld befinden soll, trifft das Atlantis-Team um Sheppard auf Lucius. Dieser ist mit Hilfe eines Antiker-Kraftfeldes unbesiegbar.

Nachdem die Antiker in Atlantis von den Replikatoren-Modellen hingerichtet wurden, hat das Team der Atlantis-Expedition nun wieder die Kontrolle über die Stadt.

Im Mond eines Planeten entdeckt Sheppards Team eine Raumstation. Als McKay die Lebenserhaltungssysteme aktiviert, erwacht ein Bewohner des Planeten auf der Raumstation.

Zwei Wissenschaftler finden in Atlantis ein Labor mit einem speziellen Gerät. Ihnen gelingt es das Gerät einzuschalten, aber als sie feststellen, das von dem Gerät Strahlung ausgeht, schalten sie es wieder ab.

Das Atlantis Team entdeckt in der Datenbank von Atlantis den Standort einer Energie Bohrplattform.

Das Atlantis-Team besucht den Planeten der Taraner, da sie sich seit längerer Zeit nicht gemeldet haben.

Bei einem Routineflug über den Replikatoren-Planeten Asura macht die Apollo Fotos von Schiffswerften der Replikatoren.