Unosząc się w kosmosie, gdy miasto traci tarcze ochronne, zespół musi zrobić wszystko, aby utrzymać Atlantis przy życiu. Radykalne obrażenia zagrażają życiu Dr. Weir

Pułkownik Sheppard i jego zespół podejmują ryzykowną misję kradzieży Z.P.M. od replikatorów - ale musi polegać na Dr. Weir, aby odnieść sukces.

Kiedy grupa ludzi Ronona pozyskuje pomoc zespołu w napadzie na obiekt z bronią Wraith, Ronon zastanawia się, czy jego przyszłość leży w Atlantydzie, czy w jego przyjaciołach.

Podczas misji poza światem pułkownik Sheppard nieświadomie staje się gospodarzem obcego bytu, który zaraża innych na Atlantydzie i nęka ich przerażającymi koszmarami.

Pułkownik Sheppard zostaje schwytany przez mieszkańców generacyjnego statku i ich pięknego przywódcę, który chce wykorzystać swoją umiejętność wykorzystania starożytnej technologii dla własnych celów.

Kiedy wirus wywołuje amnezję u wszystkich oprócz Teyli i Ronona, zespół Atlantis musi współpracować, aby znaleźć lekarstwo, zanim ich wspomnienia całkowicie znikną.

Podczas wizyty w Nowym Athos, Teyla i dr Keller uciekają od prymitywnego plemienia wojowników.

Zespół spotyka człowieka o niezwykłych zdolnościach prorockich, który daje mroczne prognozy dotyczące przyszłości Atlantydy. Wraith dążą do nowego sojuszu z Atlantis podczas wojny z Replikatorami.

Rodney McKay wyrusza na poszukiwanie swojej siostry na Ziemi po tym, jak zostanie porwana przez szefa potężnej korporacji.

Tajemniczy dron rozbił się na Atlantydzie, wskazując, że Replikatory mogli znaleźć miasto. Ale kiedy pojawia się Elizabeth Weir, zespół zdaje sobie sprawę, że sonda jest tylko częścią większej tajemnicy.

Mając plan potencjalnego wyeliminowania zagrożenia Replikatorów, zespół Atlantis musi szukać sojuszu z flotą statków Widm.

Zespół odnajduje swój dawny statek sojusznika Wraith dryfujący w przestrzeni kosmicznej, który prowadzi ich do tajnego projektu, który może odwrócić bieg wojny domowej.

Zautomatyzowane blokowanie zatrzymuje personel Atlantis w różnych częściach miasta, mając nadzieję, że inni przyjdą im z pomocą.

Pułkownik Sheppard i dr McKay muszą chronić dziecięcą księżniczkę podczas pielgrzymki, zanim ona może zostać królową i dowiedzieć się, że ma niebezpiecznych wrogów, zagrażających jej życiu.

Podczas osobistego urlopu na Ziemi Sheppard i Ronon dowiadują się, że naukowcy opracowali replikator postaci ludzkiej, który jest teraz na wolności.

McKay, Carter i Keller są uwięzieni w podziemnej komnacie podczas misji poza światem, bez widocznych dróg ucieczki.

Teal'c odwiedza Atlantis, aby poradzić sobie z upartym Rononem, który jest sprawdzany przez I.O.A. Obydwaj muszą działać razem, gdy Wraith najeżdżają na stację kosmiczną Midway, aby dotrzeć do Ziemi.

Gdy tajemnicza nowa choroba przechodzi przez galaktykę Pegaza, Teyla jest przekonana wizją, że ojciec jej dziecka próbuje się z nią komunikować.

Zespół jest zszokowany, gdy stary przyjaciel, którego uważano za zmarłego, w cudowny sposób do nich wraca. Teyla planuje ucieczkę z niewoli Michaela.

Sheppard wraca do Atlantydy po misji i znajduje opuszczone miasto, wszystkie systemy są martwe - i zamiast oceanu, wydmy piaszczyste aż okiem sięgają.