Los nuevos poderes fantasmales de Danny se ponen a prueba cuando el menú vegetariano de la cafetería de la escuela despierta la ira de la fantasmagórica Dama del Almuerzo, una pila de carne misteriosa de 15 metros que busca venganza y el regreso a las dietas de alto colesterol. Depende de Danny empujarla de vuelta a la nevera, donde debe estar.

Danny utiliza su poder para controlar a su padre durante una reunión de padres y profesores, pero el plan resulta contraproducente cuando Jack Fenton es invitado a acompañar el baile de la escuela. Al mismo tiempo, un amuleto fantasmal convierte a la chica de la que Danny está enamorado en un dragón, y éste debe controlar a su padre y luchar contra el dragón fantasma.

Skulker, una leyenda de la caza de fantasmas depredadora que se cree coleccionista de todas las cosas raras y únicas, ha puesto sus ojos en Danny Phantom, el único híbrido mitad fantasma y mitad humano del mundo. Los juegos comienzan, ya que los fantasmas buenos y malos se enfrentan.

Cuando Danny vende algunos de los trastos de sus padres para cazar fantasmas con el fin de conseguir dinero para comprarse un nuevo traje, los objetos cobran vida propia y se lanzan al ataque. Ahora debe derrotar a Technus, el Maestro Espectral de todas las cosas tecnológicas, sin arruinar su nueva vestimenta.

Cuando Danny aprovecha sus poderes para vengarse de Dash, el buscapleitos escolar que siempre le esta torturando, él mismo es tomado por un buscapleitos por el fantasma de Poindexter, un nerd que murió encerrado por un buscapleitos en un casillero de su escuela hace más de 50 años y ahora con el cuerpo de Danny hará lo que el nunca hizo, convivir con los populares y Danny sufrirá de los buscapleitos en la época de Poindexter el doble de dolor para que aprenda la lección y darse cuenta de la persona en la que se estaba convirtiendo.

Cuando Desiree, la fantasma que concede deseos, otorga a Tucker poderes de fantasma, Danny se encuentra lidiando con los celos de su amigo de la peor manera posible: teniendo que luchar contra él.

Danny encuentra su opuesto malvado en Vlad Plasmius, un rival de la infancia de su padre cazador de fantasmas, Jack. Desgraciadamente, Vlad adquirió poderes fantasmales hace 20 años, lo que significa que es más fuerte y experimentado que Danny, y está empeñado en arrebatarle todo a Jack Fenton, incluida su vida.

Danny teme que va a provocar la ruptura de sus padres cuando tira el regalo de aniversario de Jack a la Zona Fantasma. Desesperado por recuperarlo, se sumerge en una dimensión fantasmal en la que se topa con Walker, el director fantasma de una cárcel de fantasmas, y es encarcelado con todos los fantasmas que ha atrapado.

Al notar un cambio en su hermanito Danny desde el accidente en el laboratorio, Jazz confunde su caza de fantasmas con una depresión y lo inscribe en una terapia con Penélope Spectra, sin saber que ésta es un fantasma que se alimenta de la miseria de los adolescentes.

Cuando los fantasmas arruinan la vida social de una estudiante popular, ella se dedica a cazarlos, lo que obliga a Danny a enfrentarse a una amenaza que se encuentra a unos pocos casilleros del pasillo. Peor aún, Tucker está enamorado de la chica.

Las probabilidades de aprobar el examen general de Casper High se echan a un lado para aclamar a Ember McLain, la nueva estrella de pop del momento que apareció de la nada. Pero Danny descubre que ella es una fantasma que se vuelve más poderosa mientras más la aclamen y digan su nombre, pero en su intento de detenerla Ember hechiza a Danny haciendo que solo pueda mostrarle su amor a su mejor amiga Sam (de la que está enamorado) para que no arruine su plan. Sabiendo esto, Sam tendrá que hacer lo posible para que Danny regrese a la normalidad, aun si tiene que romperle el corazón.

Vivir una doble vida como estudiante de primer año de secundaria y como superhéroe es un acto de equilibrio para Danny que acaba de volverse aún más difícil, ya que tanto Lancer como sus padres lo presionan para que apruebe un examen. Al mismo tiempo, el fantasma Technus, maestro de la tecnología, se ha colado en el juego online de Danny y amenaza con huir a Internet y apoderarse de todos los ordenadores del mundo.

En un intento por vencer a Dash en un concurso de decoración de casas encantadas, Danny "toma prestada" la espada encantada del Espíritu de Halloween, el Caballero del Terror. Cuando el malvado y fantasmal caballero viene a recuperar su espada, decide quedarse el tiempo suficiente para convertir el mundo real en su propio reino del terror.

Cuando Jazz se enamora del guapo chico fantasma, Johnny 13, que puede proyectar su sombra y crear mala suerte para todos los que se cruzan con él, especialmente las chicas con las que sale, Danny se ve obligado a comportarse como un padre sobreprotector, para consternación de Jazz.

Amity Park sufre la primera invasión masiva de fantasmas debido a que Walker quiere capturar a Danny Phantom. Para ello, hace que sus fantasmas causen caos y tomen control de personas que logren mostrar a Danny Phantom como el Enemigo Público N.º 1 desde Dash hasta el alcalde de Amity Park. Además libera a Lobo, un fantasma capaz de crear un portal al mundo real para que atrape a Danny.

Cuando Paulina es testigo de la transformación en fantasma de Danny, éste teme ser descubierto. Imagina su sorpresa cuando Paulina jura guardar su secreto y se convierte en su novia. La vida es estupenda para Danny, hasta que descubre que Paulina ha sido en realidad poseída por la novia de Johnny 13, Kitty, en su complot para dar celos a Johnny.

Maddie disfruta de la oportunidad de estrechar lazos con el emocionalmente distante Danny en un seminario científico madre-hijo de fin de semana. Sin embargo, el seminario es una artimaña orquestada por Vlad Masters, alias Vlad Plasmius, el archienemigo de Danny.

Danny y Valerie Gray se ven obligados a convertirse en "padres" de un saco de harina para una tarea escolar de una semana. Al mismo tiempo, Skulker, un extraordinario cazador de fantasmas, decide enfrentar a Valerie y Danny Phantom en un concurso, en el que el ganador tendrá el privilegio de convertirse en su presa.

Cuando el portal fantasma de Vlad Masters explota, éste planea sustituirlo robando el portal de Jack Fenton. Como distracción, Vlad ofrece anónimamente una recompensa de un millón de dólares para eliminar a Danny Phantom.

Sam se rebela cuando sus sobreprotectores padres le prohíben asistir al extraño circo gótico que ha llegado a la ciudad. Lo que no sabe es que los artistas del circo son fantasmas, bajo el control místico del espeluznante maestro de ceremonias llamado Freakshow, que también utiliza a los fantasmas para saquear la ciudad.