Il secondo tempo supplementare inizia con la Muppett che sfiora il vantaggio con Lenders il quale evita l'uscita di Benji e tira nella porta sguarnita, ma Holly riesce a salvare sulla linea. Holly e Tom, rinfrancati dal riposo, attaccano decisi e Holly, su cross di Bruce, segna in rovesciata il gol del 3-2.

Lenders non si arrende ed attacca alla ricerca del pareggio. L'infortunio alla gamba di Benji si aggrava sempre di più e Benji crolla a terra per il dolore, Lenders ne approfitta con una conclusione al volo diretta nella rete sguarnita ma Benji riesce all'ultimo a reagire e a respingere il pallone nonostante il forte dolore. Sul pallone respinto si avventa però Warner, avanzato in attacco, che tira a porta vuota ma Tom si sacrifica per respingerla sulla linea andando a sbattere contro il palo. Holly, furente per quello che gli è successo, si fionda in attacco puntando alla porta avversaria. Supera di violenza perfino Lenders, e tra Holly e la porta vi è solo Warner.

Holly salta Warner in uscita e tira una conclusione violentissima che sfonda la rete sguarnita e vola in alto sancendo la vittoria per 4-2 della Newteam. La Newteam vince così il torneo e le squadre si complimentano tra di loro, ma Roberto decide di non poter mantenere la promessa fatta a Holly di portarlo in Brasile perché non vuole separare la famiglia di Holly portandolo in Brasile ed inoltre si reputa un perdente senza più nulla da insegnargli. Holly cerca di raggiungerlo in aeroporto ma è troppo tardi: l'aereo è già partito e Holly riesce solo a vederlo decollare.

Holly è afflitto dalla partenza di Roberto ma Bruce riesce a raggiungerlo in tempo per informarlo che Tom partirà tra pochi minuti con il pullman. Holly fa in tempo per salutare Tom, trasferitosi in un'altra città con il padre, calciando verso il pullman un pallone pieno di scritte di dedica che Tom riesce ad afferrare al volo. Anche Benji lascerà la squadra per seguire Freddy in Germania. L'istituto Toho vuole nella sua squadra Mark e Holly, che però non accetta l'offerta per iscriversi alla scuola media Newteam. Prima della partenza di Benji viene disputata una partita amichevole di addio tra Newppy e S. Francis.

La storia fa un salto narrativo di 3 anni nel corso dei quali la Newteam, rinnovata nei giocatori e trascinata da Holly, ha vinto 2 campionati nazionali delle medie e punta a vincere il terzo consecutivo. La Newteam, mentre è impegnata dagli allenamenti in vista del prossimo campionato nazionale, fa la conoscenza con un nuovo avversario: si tratta di Patrick, che afferma che a rappresentare Shizuoka al prossimo campionato nazionale sarà la Otomo e non la Newteam.

La Newteam, dopo aver superato il primo turno battendo la Iron per 6-0, vince agevolmente anche i turni successivi accedendo alla finale del torneo di Shizuoka da disputare contro l'Otomo, che può contare su Patrick nonché di 4 ex giocatori della Newteam campione delle elementari, ossia Jack, Charlie, Frenkie e Jil.

A sorpresa Holly decide di marcare a uomo Patrick Everett in modo da impedirgli di segnare con il tiro del falco riuscendo nell'intento. Un tiro dalla lunga distanza di Everett finisce fuori grazie ad una lieve deviazione di Hutton. Con Holly in difesa, però, la Newteam perde efficacia in attacco, considerata la solidità della difesa della Otomo. Il punteggio si mantiene così sullo 0-0 fino a un minuto dal termine del primo tempo quando abbandona la marcatura di Everett e segna al volo da 30 metri portando in vantaggio la Newteam.

Dato che la marcatura a uomo di Holly continua nel secondo tempo, Everett si rende conto che l'unico modo per segnare è tirare al volo come aveva fatto Holly stesso alla fine del primo tempo. Inizialmente, poiché prendere bene la mira quando si tira al volo è molto difficile, le conclusioni di Everett terminano fuori, ma quello che si nota è che all'aumentare dei tentativi la mira migliora sempre di più, finché Everett riesce a pareggiare con un tiro del falco al volo, dopo che un tiro di Holly era stato parato dal portiere avversario.

La risposta della Newteam arriva con Holly che riesce ad andare a segno al termine di un'azione corale alla quale avevano preso parte anche Diamond, Carter e Mason. La Newteam prende le giuste contromisure per neutralizzare le azioni offensive della Otomo, intercettando tutti i passaggi prevedibilmente diretti ad Everett, oppure applicando la trappola del fuorigioco. A pochi minuti dalla fine Carter, su assist di Holly, segna il gol del 3-1 mettendo al sicuro il risultato. La Otomo attacca fino alla fine ma il risultato non cambia ed è la Newteam a qualificarsi al campionato nazionale.

Al campionato nazionale si sono qualificate anche Flynet, Hot Dog ed Artic. La finale del torneo della prefettura di Tokyo si disputerà tra la Toho di Mark, Ed e Danny e la Mambo di Julian, tornato a giocare dopo quasi 3 anni di inattività per i suoi problemi di salute. Julian, tuttavia, non essendo ancora guarito dalla malattia cardiaca, può giocare solo un tempo a partita, per questo motivo viene tenuto in panchina nel primo tempo, con il proposito di farlo entrare in campo nella ripresa.

La Toho approfitta dell'assenza iniziale di Ross per portarsi rapidamente sul 3-0 con una tripletta di Lenders. Ross decide quindi di entrare in campo già nei minuti finali del primo tempo, e allo scadere della prima frazione di gioco riesce ad accorciare le distanze superando Warner in uscita ed insaccando nella rete vuota.

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In seguito al malore di Julian, Mark rimane attonito perdendo palla e la Mambo avvia un'azione offensiva molto pericolosa che se non si tramuta in gol è solo per merito dell'intervento decisivo di Ed, che salva la sua squadra dal pareggio. Al termine dell'azione, Julian, alzatosi a stento aiutato dai compagni, è costretto ad abbandonare il campo di gioco per la malattia cardiaca. La partita termina 3-2 per la Toho che così si qualifica al campionato nazionale. Al termine della partita Jeff rimprovera Mark per aver perso la grinta, come dimostra il fatto che, quando ha fatto cadere Julian, è rimasto paralizzato davanti a Julian invece di recuperare palla come avrebbe fatto se fosse ancora alla Muppett; conclude che potrà battere Holly solo se ritroverà la grinta di un tempo, e gli propone di raggiungerlo a Okinawa per sostenere un allenamento speciale. Lenders lascia il ritiro senza permesso per raggiungere l'ex mister e allenarsi sotto la sua guida.

Arriva una lettera da Benji in cui racconta di essere ora nelle giovanili dell'Amburgo nonché dell'incontro con Tom. Patty nel frattempo vorrebbe dichiarare a Holly il suo amore, ma non ci riesce ed è conscia che tra 6 mesi Holly potrebbe partire per il Brasile allontanandosi da Patty.

Mark Lenders, allenandosi sulla spiaggia durante un uragano, riesce a ritrovare la grinta perduta e a mettere a punto il tiro della tigre. Quando raggiunge la Toho il giorno dell'inizio del campionato, tuttavia, il mister gli comunica che l'ha escluso dai titolari per aver lasciato il ritiro senza permesso e che non gli permetterà di disputare nessuna partita di campionato e gli toglierà anche la borsa di studio. Nel frattempo la Newteam deve affrontare al primo turno l'Artic di Ralph Peterson.

L'Artic ha una difesa molto solida e inoltre il suo giocatore migliore, il difensore Ralph Peterson, marca stretto Holly impedendogli di segnare per tutto il primo tempo e riuscendo anche a infortunarlo alla gamba con ripetuti interventi al limite. L'Artic conclude il primo tempo in vantaggio per 1-0 grazie a un gol segnato dallo stesso Peterson con il tiro del rasoio.

Nell'intervallo Holly si fa medicare l'infortunio alla gamba da Patty senza dire niente ai compagni. Nella ripresa la Newteam attacca alla ricerca del pareggio che tarda ad arrivare. Un tiro a effetto di Holly termina di poco alto. Il pareggio arriva per merito del difensore Bob Denver che segna di testa quando mancano solo pochi minuti allo scadere.

Ralph Peterson tenta di riportare in vantaggio l'Artic usando una variante del suo tiro del rasoio, ma, grazie alle direttive di Holly, Alan Crocker riesce a parare la conclusione. Holly, libero dalla marcatura di Peterson, nell'azione successiva riesce a portare in vantaggio i suoi e la partita termina 2-1 per la Newteam che passa il turno. Nel frattempo, anche la Toho passa il turno pur non schierando in campo Lenders, in rotta con l'allenatore.

I compagni di squadra vengono a sapere che Holly è infortunato, e decidono di aiutarlo a recuperare facendo meno affidamento su di lui nel corso della partita contro la Nightfox. Grazie all'ex tridente della S. Francis (Diamond-Carter-Mason) la Newteam batte la Nightfox per 6-0, con Holly che segna dopo aver rubato pallone a un suo compagno perché si era stancato di rimanere inoperoso. Nel frattempo Lenders medita di lasciare la Toho, dato che è in rotta con l'allenatore.

Al terzo turno (ottavi di finale) la Newteam affronta la Hot Dog dei gemelli Derrick. In pochi minuti la Newteam si porta sul 2-0 (reti di Carter e Mason), mentre il tiro triangolare dei gemelli Derrick fallisce grazie a un espediente escogitato da Bruce per neutralizzarlo. I Derrick sono allora costretti a usare la loro nuova arma segreta, la "catapulta infernale" grazie alla quale riescono ad accorciare le distanze.

Nel secondo tempo Holly si infortuna alla spalla nel tentativo di attutire la caduta di uno dei gemelli Derrick. La Hot Dog riesce a pareggiare grazie a una nuova catapulta infernale.

Tuttavia i Derrick non possono più usare la catapulta infernale perché le loro gambe non hanno più la forza richiesta per eseguire la tecnica. Holly nel frattempo tenta di riportare in vantaggio i suoi con il tiro a effetto che tuttavia si infrange sul palo. I Derrick, non potendo usare più la catapulta infernale, decidono di impiegare il tiro combinato.

Il tiro combinato dei Derrick viene però respinto da Crocker con l'aiuto di Harper, e allo scadere Holly riesce a segnare il gol della vittoria. La Newteam batte la Hot Dog per 3-2 e accede ai quarti di finale.

Iniziano i quarti di finale con Muppett-Crystal 2-0 e Toho-Chupu 3-0. Il terzo incontro, Flynet-Majestic, inizia in salita per la squadra di Callaghan che subisce gol e sta perdendo per 1-0.