刑事の氷川誠は、人間業とは思えない不可解な連続殺人事件を追っていた。一方、一連の事件に呼応するかのように、二人の青年の身体に異変が起きる。水泳選手の葦原涼。記憶喪失の津上翔一。そして、捜査をすすめる誠は異形の生物に出会った。

息子に続き、その両親も奇怪な手口で殺された事件の手がかりは一枚の写真。誠たちは、そこに不思議な現象が写っているのを発見する。G3が戦った相手はアンノウン（正体不明）としかいいようがない存在だった。また、それを倒した「アギト」と呼ばれる存在の正体も謎のまま。そして、またしても同じ手口の事件が起きる。

縄文時代の地層から死体が発見された。掘り起こして埋めた形跡はなく、警察は正体不明の相手（アンノウン）の仕業と推察する。一方、翔一は自分の内なる未知の力におびえていた。理由はわからない。戦わなくてはいけない相手がいる。だが、自分の力を制御できなかった。人々を襲い続けるアンノウンを前に、悩める翔一。

変身を真魚に見られた翔一は置き手紙を残し、美杉家を出る。心配する真魚に美杉が語る翔一の過去。一方、誠は「超自然的現象」が事件の鍵ではないかと注目し、その道の権威である美杉教授を訪ねた。そこで誠は翔一と出会う。彼がアギトとも知らずに……。

涼の身体に起きる異変は、ますます悪化の一途をたどっていた。信頼していたコーチにも裏切られ、孤独な涼は、かつて自分の身勝手で別れた恋人・真由美のことを想う。そのころ、真魚の家庭教師として美杉家に呼ばれた真由美は、翔一とめぐり逢い……。

アンノウンの最初の犠牲者は真由美の父親だった。「おれがついてる、おれが守る」と誓う涼だが、真由美を執拗に狙うアンノウンから彼女をかばったとき、その目の前で異形の化け物に変貌を遂げてしまう。一方、氷川誠がG3の装着員に選ばれたことを激しく妬む北條透は、誠の過去を突き止め……。

変身後の後遺症に苦しむ涼の元に、あの謎の少年が現われる。一方、翔一は真魚の部屋で、新聞記事を見つける。真魚の父は、2年前何者かに殺害されていたのだ。その記事を見て、フラッシュバックに襲われ、気を失ってしまう翔一。助け起こそうと真魚が触れた瞬間、真魚の意識に翔一の記憶が流れ込んでくる！

空飛ぶアンノウンに敗れ、かろうじて美杉家に戻った翔一に、真魚の憎しみの視線が突き刺さる。また、不思議な少年に介護されていた涼は驚くべき現象を目にし、恐怖のあまりギルスに変貌を遂げる。一方、氷川誠は同僚にまで見放され、焦りを隠せない。そして、G3システムの装着員には改めて北條透が任命された。

翔一の過去を知るらしい女性・三浦智子。気が気ではない真魚。なぜか浮かない顔の翔一。しかし、智子は惨殺死体となって公園で発見される。殺人事件として捜査を開始した氷川誠は、彼女が「津上翔一」と会う約束をしていたことを知る。一方、水のないところで人を溺死させるアンノウンが現れ、北條透にG3出動命令が下る！

三浦智子殺害容疑で逮捕されてしまった翔一。翔一の無実を信じる真魚は警察に氷川誠を訪ねるが、「釈放はできない」と冷たい答え。彼の無実を証明するしかないと思い知った真魚は、誠の前で力を使おうとする。一方、圧倒的強さでアンノウンを撃破した北條透だが、倒したはずのアンノウンが人知れずひそかに再生を始め……。

翔一の過去を知る三浦智子は殺されてしまった。真魚は彼女の交友関係をたぐり、翔一の過去につながる手がかりを得ようとする。一方、北條透が罷免され、G3装着員の座は宙に浮いた。新たなるアンノウン事件が勃発する中、氷川誠と北條透は、それぞれのやり方で事件解決をめざしながら、対抗意識をむき出しにしていく。

誠はアンノウン出現を予測した功績が認められ、再びG3の装着員に任命される。一方、ようやく篠原佐恵子と対面する翔一。そして、父の死の真相を追求する涼もまた、佐恵子のもとへ。互いの正体を知らぬまま出会った、二人の青年。そんな二人に佐恵子が語る、太古の昔、人々を守るため闘った聖なる戦士とは……。

もうすぐ真魚の17歳の誕生日。優しかった父を思い出した真魚は、今は空き家となっている生家を訪ね、偶然河野と氷川誠に会う。当時、父の事件を担当していたのは河野刑事だった。二人はもう一度事件を洗っていたのだという。そして、アンノウンの手はついに真魚の間近へと迫り、翔一は……。

アンノウンに刺された翔一。他の被害者に従えば、翔一の余命はあと24時間。そのころ、北條透は裏で上層部を巻き込み「アギト捕獲作戦」を進めていた。一方、真魚の父の殺人事件を洗い直す河野と氷川誠。アンノウンの関与を疑う氷川に対し、河野には犯人は人間だという確信があった。その証拠とは……。

美杉家を訪ねる謎の女・榊亜紀。学会で家をあけている美杉に派遣された家政婦だというのだが……。一方、風谷伸幸殺害事件に新たな光が照らされる中、始動する北條透の「アギト捕獲作戦」。翔一。氷川誠。真魚。そして涼。運命の歯車は、新たな時を刻みはじめる。

家政婦として美杉家に入り込んできた謎の女、榊亜紀。涼が、氷川誠が、まるで引き寄せられるかのように彼女に近づいてくる。「あかつき号」「アギトへの変身」……彼女は何を知るのか。「本当のこと」を誰に話すのか……。

美杉家に家政婦として来た榊亜紀は、翔一の恋人だったと告白。一方、亜紀を守って戦い、変身の後遺症に倒れる涼。運命に翻弄される涼の瞳に本当の自分と同じものを見た亜紀は、涼にだけ秘密を語ろうとする。一方、警視庁は亜紀がアンノウンに再び襲われると予測。アギトも現われるに違いないと、アギト捕獲作戦が始動する。

アギト捕獲作戦。北條透が率いる機動隊員の前に現れたのはアギトではなく、ギルスだった。猛攻撃の中、ギルスは半死半生で逃げてしまう。作戦失敗の矛先はG3ユニットへと向かい、監査官が警察庁より呼ばれた。監査官の司は、アンノウンに対する氷川誠たちの見解を否定。G3ユニットの存続自体にも疑問を投げかける。

アンノウンの事件を追う氷川誠たちと共に行動する警察庁の監査官・司龍二。彼の小沢澄子や氷川誠に対する評価は手厳しく、解体にまで追いこまれていくG3ユニット。一方、翔一のバイト先の店主・花村の死を捜査する誠が見たのは、花村の遺志を継ぎ、ピクルスサンドを作り続ける翔一の姿だった。

アギト捕獲作戦から逃れた瀕死の涼は、やっとの思いで亜紀のアパートにたどり着いた。だが、そこで待っていたのは、以前亜紀といた男、津上翔一だった。一方、涼＝ギルスはもはや殺されたと思い込んでいる亜紀は、あかつき号の生き残りメンバーと合流していた。そんな亜紀に、沢木哲也が近づき……。

沢木哲也に「力」を解放された亜紀は、涼の仇討ちを始めた。機動隊員が殺され、北條透も負傷する。その行動に反応してアンノウンが現れた。アンノウンを追った翔一は亜紀と再会し喜ぶが、亜紀の態度は冷たい。一方、翔一の介抱で回復した涼も亜紀と会う。それぞれの思惑がからみ合い、アギトとギルスもついに……。

亜紀をアギトに殺されたと思い込んだ涼は、ギルスとなって襲いかかる。駆けつけたG3はアギトに加勢しようとするも、あまりのギルスの攻撃の激しさ大破してしまう。その穴を埋めるべく、警視庁は、北條透が提案していた「V-1システム」の開発を開始。それを追うように小沢澄子は「G3-X」を計画する。

G3-Xシミュレーション中に意識を失ってしまった氷川誠。一方、アギトに触角を切られたアンノウンの暴走が続き、従来にない被害が続出する中、出動したV-1システムが応分の戦果をあげる。一歩リードされた形の小沢澄子は、G3-Xの装着員として氷川誠はふさわしくないと判断し、新しい人物に交渉を始める。

G3-Xを装着した氷川誠は北條透のV-1システムを破壊し、そのまま出動。アンノウンを撃破した。だが、戦闘中の誠にその行動の自覚はない。はたしてG3- Xに欠陥があるのか、装着員の誠に問題があるのか。一方、毎日のように同じ夢を見る翔一。海辺で手をふり微笑む女性。彼女はいったい何者なのか？

誠に懇願され、G3-Xを装着した翔一は、見事にアンノウンを倒す。G3-Xの優秀性は証明されたが、独断で民間人を出動させた誠はその責任を問われ、G3-Xは試験的に北條透が装着員となる。その透は、戦果を上げた津上翔一なる人物に興味をもち、美杉家を訪ね……。

復讐に燃えるギルスの攻撃のショックで、過去の記憶を取り戻した翔一。だが、あまりにもいつもと変わらない素振りに、美杉家の面々はそのことに気がつかない。ようやく真魚が気づいたときには、翔一は家を出た後。美杉家を出た翔一が手にするのは、かつて自分が発見された時に唯一持っていた封筒だった。

涼の脳裏に走馬灯のように流れるこれまでの記憶。親しかった人々にも次々裏切られ、異形の怪物に変わってしまう自分の身体を呪うしかなかった。

アンノウンに殺された男がいた。その正体は、数年前に二人組の怪盗として世間を騒がせていた伝説の金庫破りだった。二人組の片割れ、弟を捜し出せばアンノウンから保護できるばかりか、指名手配中の犯罪者を検挙でき、まさに一石二鳥。はりきる氷川誠だが、なかなか手がかりはつかめない。

真魚の父・風谷伸幸は2年前の3月、何者かに殺された。その現象は、超能力者・榊亜紀に襲われた機動隊員と似たものだった。その類似に着目した北條透は、2年前の風谷伸幸殺害事件にこそ事件の謎を解くカギがあるとにらみ、捜査を開始。一方、死んでしまった涼を蘇らせようと、行動に出る沢木哲也だったが……。

自分が超能力で父・伸幸を殺したのではないか。北條透の言葉がきっかけで、真魚の中に芽生えた疑惑は、どんどん大きくなる。暴走を始めた「力」の矛先はついに翔一にまで向き、耐え切れなくなった真魚は飛び出す。その前に現れたのは、あかつき号の乗客だった相良克彦だった……。

自分の周りの蘇った花々に驚く真魚。それこそ彼女自身の覚醒した力によるものだった。沢木哲也は真魚を涼の元へ連れて行き、蘇らせるよう依頼する。しかし、真魚の力をもってしても変化は現れない。一方、マンションを出た真澄の身に、恐るべき変化が……。

涼＝ギルスは、真魚の治癒能力でよみがえった。そして、涼がギルスから戻る姿を目撃し、驚くG3-X＝氷川誠たち。あの存在の正体が人間だったとは……。一方、真澄の身体から立ち上った怪物のような幻影に、翔一は言われのない恐怖をおぼえる。フラッシュバックする過去の記憶。一体「船の上」で何があったのか？

アギトが翔一だと知った涼。涼がギルスだと知った翔一。自分と近い境遇の人間に会えたことを嬉しく思う翔一。だが、まだ「あの存在」への恐怖は消えない。そんな翔一が心配でたまらない真魚は、涼に翔一を守ってくれるよう頼む。初めて向き合うことになった2人。しかし涼もまた、今回の敵がただならぬ相手なのを思い知る。

決死の覚悟の変身で、翔一はまた一つ別の姿を得た。ふっきれた翔一は美杉家に戻る。することはやっぱり大掃除！　そのころ、涼はアンノウンが女性を襲うのに遭遇する。そこに駆けつけ、被害者を助ける謎の男、木野薫。彼こそ涼、翔一、氷川誠たちの運命の行方を大きく揺さぶる人物だった。

天才外科医・木野薫は、アンノウンに襲われる涼と真島浩二を守るため、新たなるアギトに変身した。木野のキックがアンノウンに炸裂する。そして、生きる目標を探していた涼は、彼とともに戦っていこうと決意する。現われた別種のアンノウンに、力を合わせて立ち向かう涼と翔一だが……。

戦うアナザーアギトとギルス。その戦いに駆け付けた氷川誠と北條透は、アギトが木野に戻るところを目撃。氷川誠は、木野が医者としても人の命を救っていることを知り、心酔する。そして木野と、あかつき号で会ったことがあると気づいた氷川誠は、謎の解明へと一歩近づく。一方、北條透は、再び「アギト捕獲作戦」を進める。

木野のもとに運ばれた涼は、迫るメスからかろうじて逃れる。また、ついに北條透に連行された翔一は、アギトである疑いで様々な取り調べを受ける。一方、氷川誠と小沢澄子は、アギトである木野の存在をめぐり、意見を対立させていた。澄子は、アギトが複数いるのではないかと気がつき……。

小沢澄子の目の前で、アギトに変身した翔一。戦うアナザーアギトとアギト。そして、木野に裏切られたと落ち込み、本当のアギトに対する幻想をますます募らせる氷川誠に、澄子は真実を告げるべきか悩む。一方、瀕死の涼を何とかして助けたい願う真島浩二に、沢木哲也はひとつだけ方法があると告げる……。

涼は絶望の淵から立ち上がり、新たなるギルス・エクシードギルスに変身を遂げた。その圧倒的な猛攻に押されるアナザーアギト。そして必殺のエクシードクロウが木野を襲う。一方、アギトの正体が翔一と知って、衝撃を受ける氷川誠。しかし、そんな彼の苦悩を、北條透は一蹴する。

翔一がアギトだと知った氷川誠は、まだ立ち直れずにいた。誠は、自分たちに襲いかかった木野にも、また自分を殴ったことのある涼にも、好印象を持てない。アギトたちの世界に入りこめないものを感じる誠。一方、木野に会ってみたいと望む翔一。涼は、そんな翔一の大らかさが、木野の救いになるかもしれないと期待する。

水のエルとの決戦のさなか、翔一は記憶を取り戻した。あの時、翔一が飛び乗った船の名は、あかつき号。翔一に、そして船上で出会った人たちに、嵐の中でいったい何が起こったのか。すべてが明らかになる！

過去のすべてを思い出した翔一は、G3-X、ギルス、アナザーアギトの力を借り、水のエルに最後の決戦を挑む。家に戻った翔一は、美杉家の人々の質問責めにあう。真魚は、かつて翔一の記憶の中に見た、父の死の瞬間のビジョンが気になってならない。

真魚の父・風谷伸幸と、姉・雪菜が近しい間柄であったことに驚く翔一。恐ろしい仮説が頭に浮かび、いてもたってもいられず、北條透、そして沢木こと本当の津上翔一を訪ねる。そして、禁断の真相に導かれていく翔一は……。一方、木野からアギトの力を奪った「青年」は、涼、続いて翔一に狙いをさだめ……。

木野にひき続き、涼もアギトの力（変身能力）を謎の青年に奪われてしまった。続いて狙いを定められた翔一だが、彼の頭は別のことで占められていた。姉・雪菜と真魚の父の死との関係。混乱し、一人さまよう翔一。一方、退院して任務に復帰した氷川誠の身体に突如、変調が……。

自らアギトの力を捨ててしまった翔一。もう自分たちはただの人間として、それぞれ勝手に生きていけばいい、と言い残して立ち去る翔一に、涼たちは言うべき言葉もない。一方、氷川誠の目の異常に気がついた北條透だが、絶対に誰にも言わないでくれ、と頼み込まれる。そのころ、新たなアンノウンは真魚に狙いを定めていた。

木野薫が倒れ、ひと月の時が流れた。その最後の戦い以降、アンノウンによる事件は途絶えていた。アンノウン絶滅の可能性も考えた警察上層部はG3ユニットの見直しをはかり、氷川誠は捜査一課に転属となる。翔一と涼にも、それぞれ人生の転機が訪れ、新しい生活をスタートさせていたのだが……。

風のエルと戦うギルスだが、その圧倒的な力の前に苦戦。だが、風のエルはとどめを刺さず、風のように去ってしまう。アギトはバーニングアギトとなって立ち向かうが……。そして、謎の青年と、自殺者激増事件の関係は？

バーニングアギトも風のエルの前に勝ち目はなかった。一方、北條透はアギトはアンノウン以上の脅威になりうると主張し始める。アンノウンを賛美するようなその発言の真意は……。

G3ユニットはアンノウン保護を目的として活動することになり、氷川誠と小沢澄子に異動の命が下る。そして涼が迎えた誕生日。祝ってくれるリサはサソリ座。天空の星座に異変が起こり、蠍座の自殺者が急増していることを二人は知らない。そして翔一と働く可奈の身体にも異変が……。

誠が去り、涼は絶望とともに波間に沈んだ。翔一が挑む最終決戦。アギトは、人間の未来をその手に奪い返すことができるのか!?