In una precedente missione una collega russa di MacGyver, di cui si era innamorato, rimane ferita e lui deve abbandonarla credendola morta. Ma ricompare tempo dopo, mentre qualcuno sta cercando di rubare un inestimabile scultura cinese, il drago di giada.

Per salvare la sua antica compagna, MacGyver, aiutato dal suo amico Jack Dalton, è costretto a rubare il drago che doveva invece custodire.

Un ex-killer della mafia pentito è nel programma di protezione testimoni (2x02). Per farlo venire allo scoperto i suoi vecchi compagni rapiscono la figlia e il nipotino.

Un investigatore privato, amico di MacGyver, viene ucciso durante un'indagine. La sorella, Nikki Carpenter, lo convince ad aiutarla a trovare e incastrare i responsabili.

MacGyver e la sua nuova collega Nikki si fingono una coppia sposata per ritrovare i resti di un aereo sperimentale disperso nella Germania dell'est. Ma lo stanno cercando anche i russi, aiutati da un sensitivo.

In uno stato del sud Jack Dalton viene arrestato da uno sceriffo corrotto. MacGyver corre in suo aiuto e viene arrestato a sua volta e mandato in un penitenziario, dove ritrova jack. Insieme si mettono al lavoro per fuggire...e ritrovare il bottino di una rapina da 4 milioni di dollari.

MacGyver e una sua amica stanno scalando un monte, detto "Il Fabbrica Vedove" quando hanno un incidente e lei precipita. Lui cade in catalessi ma quando, giorni dopo, si sta riprendendo aiutato dalla amica-collega Nikki, trova una sua vecchia conoscenza, che decide di arrostirlo..

MacGyver è chiamato dal suo vecchio professore a presiedere nella giuria di una gara di fisica. Ma il figlio del professore, abbattuto dal difficile rapporto col padre e dalla sconfitta nella gara, si barrica nel laboratorio, costruendo un ordigno che pare impossibile disinnescare.

Un terrorista vuole vedere morta Nikki Carpenter. MacGyver vuole scoprire il perché e salvarla.

Un satellite precipita in una zona boscosa. MacGyver deve recuperarne il contenuto, che sembra provocare una morte strana a qualunque essere vivente nelle vicinanze.

Al laboratorio Phoenix c'è un'esplosione. Peter, capo e amico di MacGyver, si ritiene responsabile e rassegna le dimissioni.

MacGyver sostituisce il suo vecchio allenatore sulla panchina di una squadra di hockey.

Jack Dalton chiede aiuto a MacGyver: gli serve un secondo pilota per portare in Francia una ricca ereditiera che ha appena acquistato dei preziosi gioielli. Ma appena atterrati, vengono arrestati.

MacGyver deve condurre uno studio ambientale per verificare la fattibilità di un porticciolo.

Per incastrare una ditta che scarica abusivamente rifiuti tossici, MacGyver e Peter hanno bisogno della testimonianza di Terremoto, un montanaro che ha assistito al reato.

MacGyver e Jack vogliono aiutare un vecchio capo indiano a ritrovare la sacra maschera del lupo.

Un neonato viene lasciato nella aviorimessa di Jack. Tra un cambio di pannolini e l'altro devono scoprire dov'è la madre e chi è a volerla morta.

MacGyver incontra una sua vecchia fiamma, ora guardia forestale di una riserva. Entrambi saranno costretti a difendere le vite degli animali, e le proprie, contro dei bracconieri senza scrupoli.

Un ricco imprenditore marittimo cinese ha un unico erede, un ragazzo che vive in un monastero, la cui vita è in pericolo dopo la morte del nonno.