Dopo aver salvato un giornalista americano da narcotrafficanti colombiani, fuggendo con un ultraleggero fatto in casa, MacGyver vienie contattato in modo un po' "irruente" da una vecchia amica archeologa, che lo convince ad aiutarla nella ricerca di un antico tempio costruito da Ambrosius, alchimista del XII secolo.

Continua la ricerca del tempio di Ambrogius. MacGyver si libera dalla trappola, ritrova la sua amica e parte per la Francia alla volta del tempio.

Una ragazza bulgara che è sotto la protezione della Phoenix è testimone casuale di un omicidio, e viene in possesso di una mappa per recuperare una collana preziosissima.

MacGyver è a Ginevra insieme a Peter Thornton per fare da mediatori ad un trattato di pace. Ma non tutti vogliono la pace e Mac dovrà discolparsi da un'accusa di tentato omicidio e smascherare chi vuole incastrarlo.

MacGyver si trova a Bangkok con il suo amico Jesse Colton per conto della Fondazione Phoenix, il suo compito è ottenere dei visti per dei bambini molto malati e portarli in America per curarli. Dovrà vedersela con un ricettatore senza scrupoli.

Murdoc si rifà vivo e riesce a catturare MacGyver, ma incredibilmente non lo uccide, anzi, gli chiede aiuto per liberare sua sorella, rapita dall'associazione criminale per cui lavorava. Riluttante, MacGyver accetta a patto che Murdoc gli consegni le prove che incastrino i componenti dell'associazione e che Murdoc stesso si costituisca.

MacGyver ospita Mei Chen, una giovane ragazza cinese. Non sa però che quest'ultima fa parte del gruppo studentesco che manifestò in Piazza Tiananmen e che è arrivata negli Stati Uniti per portare le prove del massacro. Ricercata da uomini del governo cinese, MacGyver cercherà di proteggerla.

MacGyver insegue il più giovane dei fratelli Colton in Africa e dopo aver assistito alla mutilazione di un rinoceronte, si unisce agli attivisti per catturare i bracconieri.

La Phoenix Foundation si occupa anche di comprare alle aste capolavori artistici affinché non finiscano in collezioni private e che siano visibili a tutti. A questo scopo Peter Thornton, insieme a MacGyver, si reca ad un'asta per acquistare un capolavoro di Rubens. Appena acquistato il quadro però, un uomo entra nella sala e reclamando il quadro come proprio, lo danneggia nel tentativo di sottrarlo.

Una cantante rock, amica di MacGyver, dopo alcuni incidenti, crede che sua sorella sia invidiosa di lei e la voglia uccidere; chiederà aiuto proprio a MacGyver.

Da una chiesa scompare una statua della Madonna, mentre MacGyver aiuta la direttrice del Challengers Club nei preparativi per la raccolta fondi di Natale.

MacGyver si addormenta sul divano dopo un'intensa settimana di lavoro e un acceso litigio con Pete. Durante il sonno MacGyver si ritrova a vivere un'avventura nel Far West dove egli è un padrone di un piccolo ranch, Jack Dalton un giocatore d'azzardo, Peter un proprietario terriero e Murdoc (tanto per cambiare) un crudele assassino.

Un liceale nei guai lascia la scuola per lavorare in un cantiere. Ma il responsabile della sicurezza è corrotto.

MacGyver si fa assumere come tagliaboschi per smascherare un disonesto imprenditore nell'Oregon.

Trasferta in Perù per MacGyver, alla ricerca di un tesoro perduto.

Dei trafficanti di droga vogliono impossessarsi di un congegno ancora in sperimentazione che permette ai sottomarini di non essere intercettati dai radar della Guardia Costiera, così da poter commerciare una grandissima quantità di stupefacenti. La Phoenix Foundation partecipa alla realizzazione del congegno e scoperto il piano dei trafficanti, MacGyver cercherà di catturarli.

MacGyver deve aiutare una sua amica a cui due ladri hanno rapito il padre e come riscatto vogliono un antico e prezioso violino appartenuto a Mozart.

Una ragazza viene rapita dagli operai che suo padre aveva licenziato dalla fonderia in cui lavoravano.

MacGyver è chiamato a fare il giurato ad un processo per giudicare una persona di colore accusata di omicidio. Intuendo che c'è qualcosa sotto, si mette ad indagare, scoprendo un oscuro retroscena.

Harry, il nonno di MacGyver, ha un malore, MacGyver però si trova dall'altra parte del paese e non trova alcun biglietto aereo per andarlo a trovare, inoltre deve accompagnare Peter Thornton a restituire ad un emissario egiziano un antico reperto archeologico che rappresenta "la barca del sole", che secondo la religione degli antichi egizi trasportava i morti nell'oltretomba.