在现世，虚渐渐消失，尸魂界技术开发局观测到了这一点，变得骚动不安。与此同时，在空座町，新任的担当死神行木竜之介和斑目志乃一到就遇到了虚。两人对突然袭击毫无办法，陷入困境。救助他们的是死神代行黑崎一护和他的伙伴们。第三天，恢复意识的竜之介与一护交流时，一个戴着面具的男子出现在他们面前。另一方面，在尸魂界也发生了异变。

通过龙之介的传令神机，一护他们听到了关于神秘入侵者袭击尸魂界事件和其巨大损失的消息。尽管场面解散了，但不安的一护在巡视镇内时，曾经一起行动过的破面，奈尔·图和佩奇·加蒂谢从虚圈来了。虚圈也被身份不明的敌人攻击，两人向一护求救。当一护他们向虚圈进发时，出现在他们面前的是浦原喜助。

在浦原喜助的指导下，一护他们到达虚圈，与敌人指挥官基尔格·奥皮对峙，并知道了他的真实身份是灭却师。同时，在尸魂界，護廷十三队的队长们接受了十二番队的调查报告，得出了相同的结论。总队长山本元柳斎重国在先前的袭击中被告知5天后开战，他命令所有队长为敌人再次到来做好准备。另一方面，率领“看不见的帝国”的尤哈巴赫在黑暗中露出不屑的笑容……

尸魂界灭绝战争由“看不见的帝国”发起。在瀞霊廷内，许多巨大的灵子火柱升起。護廷十三队允许敌对势力星十字骑士团入侵廷内，情况迅速恶化，造成了巨大的牺牲。队长级别的死神加入前线，但攻击无法击中敌人，战况并未好转。朽木白哉和其他队长们决定为了改变局面而使用卍解……

当死神们听到一护正在赶来救援的消息时，他们感到安心。但是，在黑腔中，一护被基尔格·奥皮的能力所困。与技术开发局的通信似乎也中断了，这时，死神们的声音传来。在充满愤怒、悲鸣和绝望的声音中，一护听到了……另一方面，朽木白哉面对夺走他卍解的埃斯·诺特，接受了先手，并命令阿散井恋次从战斗中判断敌人的能力。

经过千年的时间，山本元柳斎重国和尤哈巴赫相遇。纳纳纳·纳贾库普、埃斯·诺特、巴兹比也聚集在一起准备参战，但被元柳斎一击击飞。尽管部下在眼前被击退，但尤哈巴赫的态度不仅没有动摇，反而蔑视地认为他们愚蠢。元柳斎断言他和过去一样没有改变。尤哈巴赫满怀信心地拔出刀，面对元柳斎……然后，死神们察觉到了瀞霊廷发生的异变。

站在山本元柳斋重国面前的尤哈巴赫是假的。真正的尤哈巴赫出现后，一击就将元柳斋两断。京乐春水和浮竹十四郎察觉到了情况，感到无与伦比的战栗。尤哈巴赫讲述了護廷十三队和元柳斋如何改变。尸魂界被星十字骑士团彻底蹂躙。瀞霊廷被摧毁，崩塌。在绝望充满的情况下，在瀞霊廷上空，一股强大的灵压奔腾。

在瀞霊廷各处，星十字骑士团消失后，人们正在努力救治伤员。一护去看望接受治疗的恋次和露琪亚，被涅·玛丽莉召唤，接受了关于卍解被摧毁的解释。听到这个消息后，一护感到震惊，玛丽莉带着他去了一个地方。護廷十三队的队长们聚集在一起等待从上空的灵王宮来的“零番队”。

一护被零番队带到了灵王宮。在麒麟殿，他接受了麒麟寺天示郎以意想不到的方式进行的治疗。效果非常好，一护的身体伤口愈合了，他和恋次一起前往臥豚殿，曳舟桐生那里。那里又有意想不到的“招待”在等着他们两个……与此同时，在瀞霊廷，被任命为新总队长和第一队队长的京乐，在中央四十六室前提出了一个计划。

在尸魂界·真央地下大监狱最底层的“无间”，交剑的是摘下眼罩的更木剑八和初代“剣八”卯之花八千流，也就是卯之花烈。在激烈的斗剑中，两人回忆起在流魂街初次相遇并交锋的那一天。然后卯之花看到了剑八在战斗中感到快乐的力量所隐藏的某个真相。另一方面，灵王宫的一护和恋次正前往凤凰殿。那里等待着他们的二枚屋王悦是“创造斩魄刀的男人”……。

一护被王悦判定为「不合格」，被赶出灵王宫，醒来时发现自己在现世的家门口。一護因为没有脸面去见伙伴和父亲一心而逃走，依靠在鳗鱼店打工的地方。一心以死神的身份出现迎接这样的一護，告诉他如果不了解自己，就无法治愈折断的卍解，并开始讲述过去。揭示了一護父母相遇的经过和母亲真咲的真相。那天也下着雨。

护廷十三隊·十番隊隊长志波一心没有向总队长报告他在现世与灭却师·黑崎真咲的相遇。一心决定再次去见真咲。另一方面，真咲因为作为灭却师却帮助死神，被石田竜弦的母亲·依澄严厉责备。竜弦试图保护真咲，但突然，真咲的身体发生了异变。竜弦挣脱依澄的制止，抱着真咲飞出家门。这时一心出现了……。

流淌在他身体里的，是死神和灭却师的血液。一護知道了自己出生的真相，下定决心，决定回到尸魂界，再次前往凤凰殿。另一方面，在尸魂界，死神们正在为下一场战斗做准备。有人从基础开始重新锻炼，有人寻求新的力量。每个人都在向前看，努力做到现在能做到的事情。一護和浅打一起继续前进，但王悦告诉他，在这里他将与「斩月」告别。

一护试图从灵王宮返回瀞霊廷，但兵主部阻止了他，认为他现在无法击败尤哈巴赫。另一方面，在看不见的帝国，星十字骑士团站成一排，尤哈巴赫进行了“继承人”的指名。出现在讲台上的是这个世界上幸存下来的最后一个灭却师——雨龙。骑士团内部突然紧张起来，不满意的巴兹比无法掩饰地向哈希瓦尔特发难。雨龙本人也向尤哈巴赫提出了问题。

瀞霊廷消失了。由于尤哈巴赫的“世界末日9天”，星十字骑士团侵入了被影子领域吞没的瀞霊廷。出现在京乐面前的哈希瓦尔特说，他接到命令“立即消灭全军”，死神们被敌人蹂躙。在这种情况下，圣兵在巴兹比的带领下攻击，日番谷和乱菊挡在了他的面前。失去卍解的日番谷将如何对抗巴兹比的火焰呢？

仓都出现在巴兹比面前，试图用卍解·大红莲冰轮丸刺杀日番谷。其他队士也在各地被敌人的攻击所迫使处于劣势。这时，浦原的通信进入了技术开发局的马由理处。浦原根据与基尔格的战斗中获得的信息，在虚圈中寻找夺回卍解的方法。天挺空羅的呼唤，也传到了与BG9对峙的砕蜂·大前田希千代那里。

队长们取回了卍解，形势似乎逆转。但是，星十字骑士团释放了灭却师·完圣体的力量，进一步追击死神们。平子真子凭借逆撫的力量在优势地战斗，但被班比埃塔的爆炸击倒，这时身穿盔甲的狛村左阵回来了。另一方面，与京乐静静对峙的哈希瓦尔特开始行动，试图打破战况的僵局，但伊势七绪准确地阻止了他的攻击，并称赞了她的技术。

被敌人击败的死神。死亡和受伤人数不断增加，现在护廷十三隊的战力已经下降到不足30％。作为总队长，京乐的指示本向各地的队长，以重新建立阵势。另一方面，倒下的桧佐木修兵、斑目一角、绫濑川弓亲被六车拳西代替进入与马斯库林的战斗，但他对手感的缺乏感到失望。凤桥楼十郎也一起赶来，但没有出场机会，只能静观其变。然而，意识恢复的桧佐木拼命警告。

一护在灵王宮完成修行后，听说灭却师已经开始入侵，立刻飞出去。在降落到瀞灵廷的过程中，一护通过与浦原的通信告诉他自己一定会想办法解决问题。与此同时，带着雨龙来到银架城的处刑场的哈希瓦尔特毫不留情地处决了失败的仓都和BG9，并开始谈论友哈巴赫是什么样的存在。另一方面，面对“恐怖”的露琪亚毫不畏惧地挥舞着袖白雪。

拳西等人正在接受勇音和八千流的治疗，他们遭到了灭却师·格韦纳埃尔的袭击，他拥有自如消除对方关于自己的记忆的能力。八千流等人一次次“初次见面”，但八千流凭借本能和反射向看不见的敌人还以颜色，拔出斩魄刀开始解放并发动进一步攻击。她的解放能力让勇音感到惊讶，也逼迫格韦纳埃尔不断后退。但就在这时，另一个敌人悄无声息地出现在结界内。

剑八打倒格莱密后马上就被嘉蒂丝的雷击击中，敏妮娜、莉朵歌和姬茜也一起联手攻击特别标记战力的剑八。在四人猛烈的攻击下，四周被破坏，死神们也接连惨遭毒手。露琪亚和白哉察觉到剑八的灵压出现变化的同时，感觉到一股熟悉的灵压从天上逼近。彷彿等待著这股灵压的主人出现一般，友哈巴赫也开始採取行动…。

一护他们知道尤哈巴赫的目标在灵王宮，想要阻止他。雨龙站在了他们面前。一护虽然明白死神和灭却师的立场，但对这次意外的重逢感到动摇。一护与从虚圏赶来的井上织姬和茶渡交谈，回忆起与雨龙一起战斗的日子，做出了一个决定。与此同时，朽木露琪亚、恋次与巴兹比对峙，一角、弓亲与吉泽尔对峙。吉泽尔的呼喊声响起，飞出来的是…。

与被称为"破面"的敌人合作，一角和弓亲联手对抗由吉泽尔操控的僵尸。然而，作为下一个棋子，吉泽尔准备好的是十番队队长日番谷。在日番谷变成僵尸后，一角等人不得不面对毫不留情的攻击，最终倒下。日番谷还试图袭击真涂，但真涂毫不畏惧，并声称有一种他想测试的药物。与此同时，在与罗伯特等人的战斗中，白哉受到檜佐木的袭击，挥动刀剑。然而，檜佐木的刀剑前面的是...。

优哈巴哈带著赫修怀特和雨龙踏上灵王宫表参道望著大内里，前来迎接他们的是第零队的修多罗千手丸，千手丸命令灵王之刃展开攻击，从影子裡现身的尼佐让灵王之刃的攻击通通失效，修多罗依然面不改色…。另一边，在旧第十二队队舍的地下，一护和织姬等人打算利用设置在那裡的炮台前往灵王宫时，岩鹫突然现身…。

从被设在假的灵王宫的牢笼中逃出来的尤哈巴赫，与守护真正灵王宫的兵主部对峙。挥舞着像巨大毛笔一样的斩魄刀，兵主部说不要随便叫他的名字。接着，他发出了巨大的平手，将尤哈巴赫从参道上打飞。另一方面，在「产褥」中，纳克尔瓦尔的能力使王悦陷入苦境，麒麟寺则猛烈地斩向哈希瓦尔特。而雨龙则要面对修多罗…。

尤哈巴赫的圣洗赋予了力量，原本应该倒下的亲卫队变成了完全圣体并再次站起来。在与亲卫队的激烈战斗中，修多罗对阵杰拉尔德，曳舟对阵佩尔尼达，麒麟寺对阵纳克尔瓦尔，王悦对阵利杰。零番队决定采取新的策略。强大的灵压产生的冲击从尸魂界传到现世。尤哈巴赫和兵主部的死斗也达到了极致，然后……

围绕着灵王，第零队和优哈巴哈的亲卫队展开战斗，随着战况愈演愈烈，修多罗千手丸用麒麟寺、曳舟、二枚屋的命作为代价，解开血盟的封印，使出卍解「娑闼迦罗骸刺络辻」，将包含雨龙在内的亲卫队队员逼入绝境。另一边，对抗优哈巴哈的兵主部一兵卫，也使出了「白笔一文字」，将优哈巴哈变成脆弱又不堪一击的黑蚁。优哈巴哈和雨龙陷入困境，战斗的结果究竟会如何？

为了阻止友哈巴赫。接过兵主部一兵卫的使命后，黑崎一护等人迅速赶往灵王宫。悠然等待他们的是经过“力量夺取九年”后恢复了全知全能之力的友哈巴赫。一护握住变为双刀的斩魄刀，与“斩月”并肩作战。为了守护一切的锋刃此刻为阻断尤哈巴赫的野心挥下。

为了拯救灵王，黑崎一护拔出插在灵王身上的剑。然而，受体内灭却师之血的驱使下，那剑斩杀了灵王。失去灵王的三界陷入混乱。尽管浦原喜助等人深知局势的严重性，一时之间也没有应对之策。异变悄然开始，浮竹十四郎决心主动献身成为灵王的替代。与此同时，为了化解这场危机，京乐春水也赶往关押重大罪犯的真央地下大监狱，寻求破局之道。

"浮竹解放寄宿在体内的独眼大神力量，成为独眼大神的替身，代替被优哈巴哈杀死的灵王阻止世界崩坏。优哈巴哈打算把灵王连同独眼大神一起消灭，一护和同伴想阻止他，却遭到雨龙射箭妨碍。一护质问雨龙做出这些事的理由，只换来雨龙空洞的回答和强烈的敌意。"

"优哈巴哈吸收灵王后，从他的体内溢出的「力量洪流」，变成漆黑的浊流袭卷瀞灵廷，掩埋大地的洪流是一群长得像巨大眼珠的人型物体，它们向灭却师的敌人死神露出獠牙，护廷十三队的队士们奋力对抗，却被不断袭卷而来的力量一一吞没，出现在陷入困境的死神面前的人，是前第五队队长，率领破面对抗死神的反叛罪人，蓝染惣右介。京乐将蓝染带出监狱的目的究竟是什么？"

死神们想要重整体制，转而进行反击，但仿佛在嘲笑一般，笼罩着瀞灵廷的“看不见的帝国”的街道被剥落了。

另一方面，一护与内里尔和过去展开激烈战斗的格林乔·贾加杰克重逢。在那里，完现术者毒峰里尔卡和雪绪·汉斯·福拉尔贝尔纳也加入其中。为了突袭尤哈巴赫，一护他们再次前往灵王宫。

就像是粉刷灵王宫一样，尤哈巴赫重新组合了从瀞灵廷举起的街道，创造了“真世界城”。受到冲击的同时，一护他们开始向城堡移动，在那里阿斯金·纳克瓦尔出现了。

另一方面，京乐他们在用灵子搭建脚手架也很困难的情况下奔跑，等待的是里杰·巴罗的《万物贯通》的狙击。一个又一个战斗力被削减的同时，死神们也不停止前进。

更木剑八和涅茧利从第四枝街前往真世界城的途中，被佩尼达·帕卡贾阻挡，面对拥有神秘未知战斗力的佩尼达，剑八打算从正面强行进攻，但砍下去不但没有造成致命伤，还被佩尼达的能力直接影响，涅茧利冷静分析这场战斗，对一连串意想不到的情况感到“喜悦”。

涅茧利用「金色疋杀地藏．魔胎伏印症体」吞噬佩尼达，在第四枝街放声大笑，但疋杀地藏却出现异状。另一头，感觉到涅茧利灵压震动的浦原喜助和京乐春水，对此并不担心，反而更担心周围的死神数量已经减少到连远处的灵压都感觉得到这件事，因此京乐采取行动，亲自去当利捷·巴罗的对手。

利捷·巴罗变身为灭却师完圣体「神之审判」，攻击京乐春水。即使京乐的攻击无法伤及利捷，他依然决定使用卍解作为应对之策，展开与利捷的生死对决。与此同时，在第四枝街，佩尼达继续进化，即使疋杀地藏也无法打败他。涅音梦违背了涅茧利的命令，主动介入战斗。战斗的尽头是……

被京乐春水的卍解击败的利捷·巴罗，却变成了更强的形态，为了施加裁决，步步紧逼京乐，将他逼到绝境。京乐身负重伤，意识模糊，几乎停止了呼吸，已经到了极限。就在这时，赶来的伊势七绪出声唤醒了他。七绪要求京乐拿出她的斩魄刀。京乐一直与羽织一起背负的秘密，现在终于要揭晓了……

在死神与灭却师的战斗在各地愈演愈烈之际，身处真世界城的哈斯沃特面前现身的，竟是巴兹比。随着他们的对峙，战斗的序幕随之拉开。作为“巴兹”和“雨果”相识的两人，以成为“最强的灭却师”为目标，一直致力于磨练自己的力量。然而，他们的道路究竟是在何时、何地发生了偏离？交错的视线中，彼此的瞳孔里映照出的，又是什么呢——。

死神们相信京乐开辟的出路，急速向真世界城的本殿推进。然而，他们的前方被杰拉尔德·瓦尔基里阻挡。面对护廷十三队的队长们层层叠加的攻击，杰拉尔德处于不利的局面，但他的表情却透着几分余裕。他声称，正是在濒临危机之时，才会显现所谓的“奇迹”。另一方面，阻碍一护等人、让他们陷入灵子中毒的纳克尔瓦尔面前，四枫院夜一突然降临。

雨龙面前，哈什沃斯试图对他作出裁决。在白烟缭绕中，如同被某种力量引导般，一护赶到了现场。面对哈什沃斯的逼问，雨龙被要求证明自己不是叛徒，他拉弓对准了一护。雨龙作为“看不见的帝国”一员的真正意图究竟是什么？即使要排除好友，他也必须完成的目标又是什么？在这场诀别之后，雨龙将选择的话语即将揭晓。