Unas semanas después de la última pelea contra Vilgax, se filtra un video recopilatorio que revela a nivel mundial la identidad secreta de Ben. Esto ocasiona que se cree una enorme polémica respecto si es un héroe o una amenaza para la ciudad. Por otro lado, Ben y su equipo, La Fuerza Alienígena, deberán enfrentar a Aggregor, un osmosiano que ha secuestrado a cinco miembros de las especies más poderosas de la galaxia de Andrómeda para absorber sus poderes y volverse invencible. Armado con el Ultimatrix (en Latinoamérica conocido como Súper Omnitrix), Ben deberá superar los constantes ataques de la gente que lo odia, la presión de la fama y la aparentemente victoria de Aggregor.

หลังจากซีรีส์ชุดที่สองคือ เบ็นเท็น: พลังเอเลี่ยน จบลง ซีรีส์ชุดใหม่ “เบ็นเท็น อัลติเมทเอเลี่ยน” ไม่กี่เดือนหลังจบศึกกับวิวแกกต์ เบ็น เท็นนีย์สันซึ่งตอนนี้เติบโตเป็นเด็กหนุ่มวัย 16 ปี และชีวิตของเขามีการเปลี่ยนแปลงมากมาย ตอนนี้ออมนิทริกซ์ถูกทำลายไปแล้ว แต่เป็นอัลติเมทริกซ์ อุปกรณ์พิเศษที่ดูเหมือนนาฬิกาข้อมือที่ช่วยให้เบ็นกลายร่างไปเป็นซูเปอร์ฮีโร่จากต่างดาวได้หลากหลายรูปแบบ และยังทำให้เขาสามารถสร้างวิวัฒนาการ (อัลติเมท) ของเอเลียนทรงพลังต่อไปได้อีก และเบ็นต้องเผชิญหน้าในสิ่ง 3 อย่าง คือ