Durante una corsa automobilistica, Ben, Gwen e Kevin vedono cadere dal cielo una nave spaziale. La nave si apre ed al suo interno vi è una ragazza semicosciente. La ragazza non sa niente del suo passato a parte il suo nome, Eunice. Ben, che sembra essersi scordato di Julie, si infatua velocemente di lei. Eunice può comunicare con gli animali (durante l'episodio ammansirà un Grizzly) ed è in grado di assorbire le loro abilità. La ragazza è ricercata da Sunder, il quale rivela che Eunice è un Unitrix, un prototipo dell'Omnitrix. L'Unitrix è in grado di creare una copia genetica di una razza, ma può contenere il DNA di una sola specie. In quel momento arriva Azmuth, che spiega che l'Unitrix ha assorbito il DNA di Gwen quando ha toccato la capsula di Eunice, e che ha ingaggiato Sunder per recuperarlo. Azmuth, convinto da Ben a non disattivare Eunice la porterà via con sé.

Nave viene a conoscenza, tramite la connessione che li lega, che Baz-L si trova in pericolo e corre subito da lui. Julie chiede aiuto a Ben, ma l'eroe le augura soltanto buona fortuna. Gwen e Kevin, invece, decidono di aiutare Nave e Baz-L. Ben ha una breve conversazione con Jimmy, quindi decide di andare a salvare Baz-L. Si trasforma in Pinnajet e attraversa la galassia dove dovrebbe trovarsi il Mechamorph Galvanico, raggiungendo il resto della squadra. La squadra trova Baz-L, che è stato catturato da alcuni alieni, ma si fa scoprire. Mentre Ben libera Baz-L, Julie cerca di sconfiggere i nemici grazie all'aiuto di Nave (trasformato nell'armatura dell'episodio "Non temere i fratelli Vreedle"). Alla fine Julie rende agli alieni un occhio che Baz-L aveva sottratto ad una loro statua.

I soldati di Zarcovia rinvengono il corpo congelato di Dottor Vicktor ed il principe Gyula e re Xarion vogliono vedere questa strana arma. Gyula vuole prendere il controllo di Dottor Vicktor per usarlo contro i ribelli nella guerra civile nella quale si trova Zarcovia, ma Xarion gli dice di non farlo.

Mentre Jimmy è alla ricerca di un video utile per tornare in azione insieme a Ben presso una caverna, un meteorite precipita là vicino. Jimmy accorre e vi trova una strana pianta, che lo aggredisce, ma il ragazzo riesce a scappare. Jimmy corre da Ben e racconta tutto quello che è successo, ma una volta tornati alla caverna la pianta è scomparsa. Jimmy torna a controllare da solo, ma incontra Ben che sembra essere un po' agitato. Il ragazzo fa una foto a Ben e la porta a Gwen e Kevin che lo rassicurano, dicendo che non è nulla.

Sunny, cugina di Ben e Gwen è venuta a fare loro visita per l'estate. La ragazza però non è quel che sembra, infatti si rivela essere un'anodite in forma completa (al contrario di Gwen che per sua scelta è rimasta parzialmente umana): Ben, Gwen e Kevin si ritrovano a fare i conti con lei e con il suo focoso fidanzato alieno, Antonio, che per divertimento cominciano a sfasciare robot ed armi su cui il trio sta indagando, con grande disappunto in specie di Gwen e con molte prese in giro da Sunny a questa. Ben cerca di fermare in particolare Antonio con Omosauro e successivamente con Ultra-Omosauro, sarà però un lampione a fulminarlo, mandandolo KO. Gwen nel frattempo si occupa di sua cugina, che però riesce facilmente ad aver la meglio grazie ai suoi poteri di anodite completa. Sarà la nonna Verdona (già apparsa nell'episodio 9 di Ben 10: Forza Aliena) a fermare sia Sunny che Antonio.

I cavalieri immortali liberano erroneamente Lucubra, una temibile creatura proveniente da un'altra dimensione. Il mostro ha la capacità di controllare la mente delle persone quando entra in contatto con esse, compresa Gwen. Toccherà a Ben e Kevin sbarazzarsi del mostro e proteggere la ragazza.

Mentre Ben, Gwen e Kevin sono impegnati in combattimento contro Trombipular, un alieno simile ad un elefante, vengono convocati dall'Accademia dei Risolutori: i loro distintivi sono stati guadagnati per "meriti sul campo", ma l'organizzazione dei Risolutori ha deciso che dovranno seguire un corso d'addestramento di base. Durante il corso i tre diventano amici di un alieno chiamato Tack e si scontrano più volte con i modi bruschi del loro istruttore, Magister Hulca. Durante la loro permanenza un Tetramand chiamato Kolar, evaso dal Vuoto Totale, cercherà vendetta tentando di eliminare l'istruttore; Ben salva la vita sia a Tack che a Magister Hulca, guadagnando il rispetto di quest'ultimo.

Questo episodio filler mostra la giornata tipo di Gwen e i numerosi impegni (amici, scuola, famiglia e le continue minacce aliene) tra i quali la ragazza deve districarsi.

20 anni dopo Ultimate Alien. Al quartier generale dei Risolutori Ben (del futuro quindi Ben 10.000) combatte Eon e i suoi scangnozzi e li sconfigge, ma poi con Paradox scopre che la Mano di Armaghedon c'è ancora così i due tornano nel passato, nelle vicende di Ultimate Alien. Lì i due Ben dovranno collaborare per distruggere la Mano di Armaghedon.

Mentre Ben, Gwen e Kevin stanno aiutando nonno Max a ripulire la vecchia carretta, la ragazza trova tra gli scatoloni un vecchio braccialetto; rifiutatosi di regalarlo alla nipote poiché si tratta di un ricordo speciale, nonno Max è costretto a raccontare ai giovani la storia di quell'oggetto, appartenuto in gioventù a nonna Verdona. L'intera puntata è un lungo flashback sull'incontro tra il diciassettenne Max e Verdona, l'anodite nonna di Gwen, presto in fuga da un alieno di razza sintroide che vuole rapire Verdona per motivi ignoti.

Il "vecchio George", il primo Cavaliere Immortale (fuggito dalla casa di riposo nell'episodio 27) si reca all'Area 51 e scompare misteriosamente con essa, lasciandone visibile il basamento. Quando Ben, Gwen, Kevin e nonno Max giungono sul luogo trovano Cooper in divisa da Risolutore in compagnia del colonnello Rozum, un ufficiale di alto grado dell'aeronautica militare. Il colonnello rivela suo malgrado che il basamento dell'Area 51 è una sorta di prigione dove nel corso di decenni sono stati segretamente incarcerati gli alieni catturati sulla Terra dall'aeronautica.

Tutti i Cavalieri Immortali attendono il ritorno del vecchio George e, quando l'uomo entra nella stanza dove si trovano Enoch, Driscoll, Patrick e Urian, questi discutono di una missione da portare a termine. Pierce, trasformato in un umano, cerca di flirtare con una ragazza; tuttavia, arrivano i Cavalieri Immortali con delle nuove armature che gli tolgono la maschera d'identità e la ragazza scappa urlando perché terrorizzata dal suo vero aspetto. I Cavalieri intimano a Pierce di lasciare il pianeta, ma dopo il suo rifiuto lo attaccano con una strana tecnologia aliena. Ben, Gwen e Kevin questa volta dovranno fermare una guerra, una guerra speciale in cui Ben infine combatterà uno contro uno con Driscoll per determinare il destino delle centinaia di alieni che abitano sulla Terra legalmente.

Eunice, impegnata su Primus a controllare ogni DNA degli alieni dell'Ultimatrix, nota che c'è un errore sul pianeta di Scimparagno e Azmuth le ordina di andare a sistemare ogni cosa. Ben, Gwen e Kevin, intanto, stanno parlando delle stelle ed incontrano il principe Simian, che svela ai ragazzi che c'è un problema sul suo pianeta: esso è stato invaso dagli Umalieni. Ben, Gwen e Kevin si recano quindi sul pianeta degli Aracnoscimpa, dove incontrano Eunice. I quattro ragazzi vanno dal re del pianeta e lo trovano con un Cenocita sul volto. Ben usa Ultra Scimparagno per metterlo fuori combattimento, ma il re getta Eunice in una pozza dove si trovano i Cenociti. Alla fine Ben riesce a risolvere la situazione, mentre Simian si accorda con il re dei cursiani per vendergli delle armi che Ben e gli altri avevano pianificato di usare nello scontro ma si erano rivelate inutili.

Dei robot Techadon fatti su commissione cercano di uccidere Ben, diventando sempre più forti man mano che Ben li sconfigge. Il ragazzo si trova ben presto in difficoltà e Kevin lo aiuta a cavarsela con i robot, mentre Gwen parte con la Jet-Carretta alla ricerca del mandante dell'omicidio di Ben.

Julie si unisce ad un culto che venera Vilgax, non sapendo che quest'ultimo è stato uno dei peggiori nemici di Ben.

Albedo crea uno spettacolo di nome "Ben 10 Live" dove lui interpreta Ben, tuttavia il vero Ben non è d'accordo. Secondo uno dei compagni di Albedo, il suo vero obiettivo è quello di creare una bomba che trasformerà tutti in Ben. Ben, Gwen e Kevin cercano di fermarlo, ma alla fine la bomba esplode ed i tre scoprono che questa serviva per ritrasformare Albedo in galvanico. Tuttavia, la cura funziona solo momentaneamente: Albedo si ritrasforma in Ben per colpa delle interferenze dell'Ultimatrix e di conseguenza torna ad essere l'arcinemico di Ben. Alla fine Albedo fugge via, costringendo Ben a pagare tutti i danni da lui causati.

Ben e Julie litigano a causa dei troppi doveri di Ben in quanto eroe, che lo portano a trascurare Julie. In seguito a questo litigio, Julie diventa improvvisamente accondiscendente a qualsiasi bisogno o desiderio di Ben, arrivando ad annullare la sua partecipazione ad un importante torneo di tennis pur di stare con lui. Gwen non ci vede giusto, ma rimane infortunata in uno strano incidente con un ascensore. Ben capisce infine che c'è qualcosa che non va in Julie, la quale si rivela in realtà Helena: la vera Julie si era recata davvero al torneo. Tuttavia, la ragazza di Ben torna improvvisamente e scopre Helena, la quale decide di attaccare Julie. Ben protegge Julie e scaccia Helena, che promette di vendicarsi dei due e fugge via.

A causa di un errore dell'Ultimatrix gli Ultra alieni hanno acquisito una propria coscienza, motivo per cui si rivoltano contro Ben considerandolo fautore della loro schiavitù. Gwen e Kevin lo aiutano come possono: la ragazza proietta la sua coscienza nell'Ultimatrix per aiutare il cugino, mentre Kevin si reca sul pianeta di Azmuth alla ricerca di una soluzione. Alla fine, saranno i buoni sentimenti di Ben a salvare la situazione, liberando tutti e aggiustando il difetto dell'Ultimatrix.

Durante diverse missioni nel Pacifico, il colonnello Rozum perde alcune unità, che risultano scomparse nel nulla. Chiede l'aiuto di Ben, Gwen e Kevin di investigare su un'isola che causa queste misteriose sparizioni nel cuore dell'oceano Pacifico L'isola si rivelerà formata da plastica non degradabile e spazzatura di vario tipo (Ben troverà anche delle sue foto autografate). Compare un mostro formato da rifiuti che si crede sia il responsabile delle sparizioni. Sul posto Ben Gwen e Kevin ritrovano gli scomparsi, fra cui anche la sorella del comandante.

La madre dei fratelli Vreedle vuole creare infiniti cloni dei suoi figli utilizzando l'acqua salata terrestre, ma Ben la ferma prima che possa prosciugare l'oceano.

Vilgax vuole rubare la spada e il cuore di Diagon per diventare più potente che mai, ma viene ingannato da Diagon e trascinato nella sua dimensione.

Azmuth rivela come abbia fatto il Vecchio George a ottenere la sua spada e a sconfiggere Diagon.

Un misterioso maestro di armi del pianeta Techadon giunge sulla Terra alla ricerca dell'Ultimatrix.

Gwen e gli altri mettono a punto un piano per liberare Incantatrice da Legerdomain.

Incantatrice e Darkstar si coalizzano per distruggere Ben, Gwen e Kevin.

Movie starlet Jennifer Nocturne is recaptured by the evil Captain Nemesis!

Dr. Animo is unexpectedly paroled from prison and starts up a company selling eggs, which in fact contain mutant dinosaurs which he wishes to distribute around the world.

Albedo attempts to get the ultimatrix by invading Ben's mind.

Vilgax e Dagon si alleano e Lucubra viene assorbito da Vilgax. Ora tocca a Ben, Gwen, Kevin e Jeorge fermare i due.

Diagon trasforma tutti gli abitanti della Terra in adepti dell'Ordine dei Custodi della Fiamma. Solo Ben, Gwen, Kevin, Jeorge e Julie si salvano. Dopo una lunga lotta contro Vilgax Dagon si impossessa di Gwen che lo libera mentre Vilgax chiama Sifone e vanno a prendere una cosa...ma la cosa che preoccupa a Ben in quel momento è il nuovo nemico.

Ben usa i poteri di Ultra Gigante per battere Dagon, ma perde. Nel frattempo Dagon usa un fulmine e polverizza Jeorge. I tre sono sconfitti, ma arriva Vilgax assieme a Sifone e uccidono Dagon, ma Vilgax prende i suoi poteri. Ben scappa e, alla fine, lo batte con la spada di Sir Jeorge, ma lui convince Ben a creare un mondo con lui però arriva Julie che lo ferma. Dopo arriva Azmuth che dà a Ben il nuovo Omnitrix, quello vero.