Lupin III si trova a San Marino per sposare la ricca ereditiera italiana Rebecca Rossellini, ma il tutto è solo un pretesto per rubare la preziosissima corona reale.

Mauro Brozzi, attaccante della squadra di calcio del San Marino, viene ricattato dall'imprenditore mafioso Riccardo Mondini.

La banda di Lupin, intenzionata a rubare l'antica collana della regina Maria Antonietta, viene tenuta sotto sorveglianza dai servizi segreti britannici dell'MI6. L'agente Nix, incaricato con licenza di uccidere, dà del filo da torcere a Lupin e Jigen, ma...

Jigen entra in un ambulatorio per farsi curare un dolore al dente ma scopre che i cittadini del posto sono vittime della gang di un certo Eric, boss mafioso responsabile del controllo delle armi in entrata in città. Molti lo vogliono morto ma Jigen, con la sua astuzia, riesce ad eliminare la gang senza l'uso delle armi fino a recuperare la sua Magnum, confiscatagli dal mafioso, ed ucciderlo, liberando la piccola cittadina dai soprusi dei mafiosi.

Fujiko entra a far parte della troupe del circo di Luca, un giovane mago che ha ereditato il manuale di magia del grande Tony, suo mentore. Gli artisti del circo di Luca fanno di tutto per metterlo alle strette e rivelare quei segreti di magia ma Fujiko, fingendo interesse per Luca, lo convince a vendere tali segreti ad un circo concorrente. A fronte di ciò, Fujiko riceve una generosa ricompensa dalla direttrice di quest'ultimo, che si scopriranno alla fine essere entrambe in combutta tra loro.

Lupin vuole mettere le mani sul patrimonio del magnate dei media Roberto Gotti, ereditato dalla moglie Elena e di cui solo lei ne conosce la posizione. Assieme a Jigen e Fujiko, deve però fare i conti con un determinato ispettore Zenigata, che gli mette continuamente i bastoni fra le ruote fino a farlo desistere completamente dal suo obiettivo, almeno per questa volta.

Lupin, dopo un furto in gioielleria, prende un'auto per fuggire da Zenigata, visto che la sua è controllata da due poliziotti. Scopre poi che questa appartenere a dei rapitori, i quali hanno rapito la figlia di Nyx dell'MI6.

Lupin e Jigen vanno alla ricerca di un tesoro in un castello infestato dai fantasmi.

Goemon viene assoldato, assieme ad altri killer, da un politico per uccidere un dittatore africano che possiede dei pozzi petroliferi. Qui conosce Isabella, una ragazza bionda e particolare con la quale fa un giuramento col mignolo, con cui promette che farà di tutto pur di salvarle la vita. Riescono ad uccidere il dittatore. Alla fine Goemon scopre che Isabella ha ucciso gli altri killer perché costretta dal politico, il quale gli ha impiantato nel cuore una bomba. Isabella è costretta a sparare al samurai, altrimenti con un telecomando il politico attiva la bomba, la quale scoppierà dopo un minuto. La ragazza però si gira e spara, uccidendo il politico. Isabella, sentendosi in colpa, prende il telecomando e attiva la bomba; ma Goemon la convince che ha fatto un errore e le ricorda che avrebbe fatto di tutto pur di salvarla. Usando la sua katana zantetsu-ken nagareboshi infilza la ragazza al petto, facendo uscire la bomba. La ragazza viene poi ritrovata viva, anche se in fin di vita. Alla fine Lupin, Jigen e Goemon vedono un ragazzino passare, Lupin gli chiede che strada può fare senza essere visto dai poliziotti, ma il ragazzino non si fida, pensando che Lupin sia un ladro, ma lui lo convince del contrario. Così il ragazzino vuole che Lupin faccia un giuramento col mignolo e dice che glielo ha insegnato una ragazza bionda; Goemon capisce che si tratta di Isabella. Nel frattempo arriva Zenigata e la banda è costretta a scappare, ma il samurai, grazie alla sua katana, taglia le auto dei poliziotti e riescono così a fuggire senza tanti problemi.

Lupin va, insieme a Fujiko e Rebecca, ad un'asta dove verrà venduto del vino, chiamato il "Nettare dell'amore", la cui formula chimica crea uno stato di eccitazione simile all'amore.

L'MI6 rapisce Rebecca perché vuole sapere cosa sia il "sogno italiano", Lupin e i suoi amici studiano il modo di liberarla sfruttando il servizio comunicazioni dell'MI6 e riescono a farla fuggire grazie all'agente Nyx. Nyx perde il controllo a causa di Robson che attenta alla vita della sua famiglia e aggredisce i suoi agenti. Nel covo di Lupin, Robson dice a Lupin che il segreto del "sogno italiano" è in un libro lasciato dall'unico amore di Rebecca...il giapponese Wataru. Lupin, intenzionato a scoprire il segreto del libro prova a decifrarlo.

Lupin inizia a decifrare i codici del libro del defunto fidanzato di Rebecca, Wataru Uraga. Il ladro entra in uno stato di sonno in cui conosce Wataru, che gli spiega che quello non è un sogno, poiché in realtà Lupin, decifrando i codici del libro, ha fatto sì che Wataru entrasse nel suo subconscio: è questo il sogno italiano, la capacità di ricreare la propria essenza anche nella mente di un'altra persona. Prima di riprendere conoscenza, Wataru dice a Lupin che gli "uomini-ombra" lo hanno ucciso perché volevano il suo lavoro, poi gli chiede di distruggerlo. Lupin si risveglia e distrugge tutto il lavoro di Wataru, poi affronta Nyx, ma entrambi vengono catturati dall'MI6. Zenigata chiede all'agenzia la custodia di Lupin, quindi l'MI6 consegna all'ispettore il ladro, che viene arrestato. Nel mentre Rebecca brucia il libro di Wataru.

Dopo essere stato arrestato, Lupin viene portato in un carcere di massima sicurezza, circondato da centinaia di agenti. Dopo aver tentato piu’ volte di evadere, Zenigata decide di rinchiuderlo in una cella d’acciaio su una piccola isola, sotto la sua stretta sorveglianza, sperando che sia davvero a prova di fuga.

Lupin, rimasto a corto di soldi, decide di rubare la Monna Lisa dal museo del Louvre per rivenderla a un miliardario italiano. Il piano, a prima vista, fallisce, in quanto Lupin si rende conto a furto compiuto di aver trafugato un falso, mentre l'originale finisce tra le mani del corrotto ministro francese Philippe, che da tempo è solito darlo segretamente in prestito a clienti facoltosi in giro per il mondo per finanziare la propria carriera politica. Alla fine si scopre che il falso trafugato da Lupin era stato creato dallo stesso prigioniero fuggito dai laboratorio dell'MI6 a Roma, il quale si rivela essere nientemeno che lo stesso Leonardo da Vinci.

Durante un ennesimo inseguimento da parte di Zenigata, Lupin perde il diamante "L'anima di Cleopatra", così denominato perché si suppone abbia un'anima che lo porti a cambiare sempre padrone. Lupin vede il diamante infilarsi nello zainetto di un ragazzo che si sta recando a scuola. Per recuperare il diamante, Lupin si finge supplente nell'istituto dove va a scuola il ragazzo, Ricky, ma scopre che esso è stato rubato da quattro professori, che lo vogliono utilizzare per creare una bomba. L'intento è quello di uccidere una pericolosa banda di usurai, che vuole da loro 500.000 € per un torto subìto. Lupin riesce a recuperare il diamante e a liberare i quattro professori e Ricky dai malviventi, ma poi lo getta in mare, perché si rende conto che è il diamante stesso che cambia l'anima di chi lo possiede, rendendolo fragile e mutevole. Il diamante viene infine involontariamente recuperato da alcuni delfini, che per caso lo gettano addosso a Fujiko mentre prende il sole su di una barca.

Lupin si prende un giorno libero: niente furti, solo svago. Unica incombenza: portare una cagnolina, smarrita da un'eccentrica riccona, al porto di Messina, dove Fujiko la potrà riconsegnare alla padrona e intascare la ricca ricompensa. Tra inseguimenti da parte di Zenigata e altri contrattempi, la giornata non si svolgerà esattamente come Lupin l'aveva pianificata...

Greco, un fanatico famoso per aver ucciso un gran numero di criminali, sfida Lupin in diretta tv, Greco è un uomo molto famoso e carismatico, bravo nel trascinare le folle, per rendere la sfida più interessante offre al ladro e alla sua squadra la possibilità di rubare un calice all'interno di una chiesa. Lupin, Fujiko, Goemon e Jigen entrano nella chiesa per rubare il calice, ma finiscono in trappola, rimanendo bloccati nelle gallerie sotterranee, dove tutte le uscite sono bloccate. Tramite delle telecamere Greco riesce a tenerli d'occhio, inoltre il tutto viene trasmesso nella tv nazionale in diretta, si aprono persino delle scommesse, dove Lupin viene dato per sconfitto. Greco, usando l'ipnosi, trasforma Lupin in una marionetta assassina sotto il suo comando, spingendolo a pugnalare a morte Fujiko, invece Jigen e Goemon, vittime della paranoia, si uccidono apparentemente a vicenda. Infine Greco spinge Lupin a spararsi alla testa, ma proprio in quell'istante Lupin rivela di non …

Vari murali in cui figurano, uno alla volta, Lupin e la sua banda iniziano ad apparire in varie parti d'Italia, e Lupin, considerandola una sorta di sfida, si introduce assieme a Jigen in un padiglione allestito in Piazza del Duomo a Milano, all'esterno del quale è comparso il primo dipinto, dove è in corso una sfilata di moda. Alla sfilata, in qualità di modelle, vi sono anche Fujiko e Rebecca, e durante l'evento Lupin viene avvicinato anche da Nyx e Zenigata, con quest'ultimo che rivela come, stando agli esperti, tutte le opere presentino straordinarie somiglianze con lo stile proprio di Leonardo da Vinci. L'intero gruppo, cui si unisce lo stesso capo dell'MI6 Gibbons, si reca a Santa Maria delle Grazie, dove, durante una sorta di rivisitazione dell'Ultima Cena, Lupin rivela il grande disegno dietro l'intera vicenda, il quale ruota tutto attorno al Sogno Italiano scoperto da Wataru. Esso, in realtà, altro non sarebbe che una sorta di coscienza collettiva presente nel cervello di …

Fox, il capo di un gruppo mercenario, ruba la "Coda del Drago" all'MI6, ovvero i file criptati contenenti i nomi di tutti gli agenti dei Servizi Segreti Britannici sparsi nel mondo. Lupin, venuto a saperlo, si intrufola nella base del mercenario in una piccola isola per rubarla, così da poter essere sempre informato sulle attività del nemico, ma si trova nuovamente a dover fare i conti con Nyx, che, su ordine di Gibbons, deve recuperare pure lui la Coda del Drago in cambio dell'incolumità della sua famiglia. La missione, però, prende una brutta piega, e quando il tempo limite per recuperare i dati si esaurisce Gibbons decide di passare al piano B, ovvero la distruzione totale dell'isola e l'uccisione di chiunque vi si trovi, a cominciare dallo stesso Nyx. Fox e tutti i suoi uomini vengono massacrati da un massiccio bombardamento aereo e dal successivo rastrellamento, ma proprio quando le truppe speciali dell'MI6 stanno per uccidere Nyx arrivano in suo aiuto giungono Lupin, Goemon e …

Lupin, d'accordo con un mediatore di auto d'epoca, ruba una Fiat 500 Topolino da un concessionario, e Zenigata, che vorrebbe arrestarlo, si scope tuttavia impossibilitato a procedere per espresso ordine del proprietario originale dell'auto, l'anziano manager musicale Martino Anita. La macchina, però, è dotata di una sua volontà, e costringe Lupin a farsi portare in giro per tutta Roma sotto lo sguardo attento della polizia, in una sorta di parata che si conclude sulle rive di un lago, il luogo in cui Martino e la moglie, la ex cantante Nora, erano soliti eleggere a proprio rifugio d'amore. Nora infatti è ormai prossima alla morte, e mentre lui inizialmente voleva disfarsi di ogni ricordo legato a lei, compresa la vecchia fiat, lei invece nell'inconscio voleva solo rivivere un'ultima volta i ricordi più felici della sua vita, un sentimento che ha finito per venire assimilato dalla macchina dandole vita.

Fujiko, rientrata in Giappone, viene rapita, ed il suo sequestratore intima a Lupin di consegnargli entro 36 ore una preziosissima marionetta realizzata dallo scienziato e scrittore giapponese Hiraga Gennai in cambio della vita della sua partner. Lupin quindi, travestito da Zenigata, riesce apparentemente a sottrarre la marionetta alla sua proprietaria, l'attuale capostipite della famiglia Nekogami, ma quando si reca al luogo dello scambio sia lui che Fujiko (che come al solito aveva solo complottato alle spalle di Lupin per burlarsi di lui) si rendono conto di essere caduti in una gigantesca trappola organizzata dall'egocentrico detective Akechi Holmes per conto della polizia giapponese. Stavolta per Lupin non c'è scampo, ma Fujiko, riuscita a scappare e ferita nell'orgoglio, riesce con l'aituo di Jigen a organizzare l'evasione del suo complice, a riprova del fatto che i due, dopotutto, non sono poi così poco affini l'uno all'altra.

Rebecca distribuisce dei volantini in cui dichiara che catturerà Lupin, il quale, nel mentre, inizia a intrufolarsi in diverse banche, anche se stranamente non ruba niente, Rebecca capisce che sta cercando qualcosa in particolare. La ragazza inizia a seminare trappole nelle diverse banche, nel tentativo di catturare Lupin, il quale però riesce sempre a cavarsela. Robson non approva le scelte di vita di Rebecca, ma Fujiko è dell'opinione che in realtà Robson è il primo a trovare divertenti le avventure di Rebecca, dato che alla fine la segue sempre. Lupin entra in un'altra banca, e questa volta affronta Rebecca direttamente, poi Rebecca scopre che Lupin stava solo cercando una banconota da 100 € contrassegnata per via di una semplice sfida tra lui e Jigen. Poi arriva la polizia, quindi Lupin e Rebecca scappano, riuscendo nella fuga anche grazie a un diversivo creato da Robson. Lupin e Rebecca si separano, quest'ultima poi inizia a bere del vino in compagnia del suo maggiordomo, il ...

A San Marino, Leonardo Da Vinci è pronto a creare la sua opera ultima, intitolata "L'armonia del mondo", e lancia una sfida in diretta a tutti gli italiani, che sotto l'influenza della sua ultima invenzione cadono tutti contemporaneamente in un sonno profondo. Lupin, dopo averlo incontrato, si risveglia, in quanto infatti aveva capito che quello era solo un sogno, e l'armonia del mondo altro non è che una variante del sogno italiano, con la quale Leonardo ha ricopiato la sua essenza ricreandola nelle menti di tutti gli italiani. Lupin, Jigen, Goemon, Nyx, Fujiko e Zenigata riescono a sconfiggere Leonardo, risvegliandosi, ma arrivato a San Marino per confrontarsi personalmente con il nemico Lupin si rende conto che invece tutti gli altri italiani, a cominciare da Rebecca, hanno invece fallito, ed il loro destino è di vedere la propria personalità riprogrammata sul modello di quella di Leonardo, così da dare vita ad una nuova stirpe di uomini superiori capaci di creare, per l'appunto…

Lupin e Leonardo guardano Rebecca priva di sensi, infatti la vera battaglia viene combattuta dalle loro personalità all'interno della mente della ragazza. Nella sua mente Rebecca è intrappolata in un castello, e al termine di un duro scontro, aiutato anche dal fatto che Leonardo non era riuscito a cancellare del tutto dalla mente di Rebecca il suo amore per Lupin, il ladro gentiluomo ha la meglio, riuscendo a risvegliarla. Leonardo è ancora sicuro di poter vincere dato che la sua essenza ha preso il controllo di milioni di italiani, ma in realtà nessuno di loro è sotto il suo controllo, poiché quando Lupin aveva usato il suo congegno non aveva ricreato la sua personalità solo nella mente di Rebecca, ma in quelle di tutti gli italiani. Con l'arrivo di Jigen e degli altri Leonardo capisce di aver perso, e di lì a breve il suo corpo artificiale, provato da una costruzione incompleta, inizia a cedere: il grande artista era infatti consapevole che gli restasse poco da vivere, e …