En el mundo suceden cosas muy raras en cuanto al clima. En medio de estos cambios extraños (una nevada), siete niños llamados Tai, Matt, Sora, Izzy, Mimí, Joe y TK, que se encuentran en un campamento de verano, son misteriosamente transportados a otro mundo, llamado "Mundo Digimon", por unos aparatos que cayeron del cielo, llamados "dispositivos digitales" ("digivices"). Despiertan en la isla File, donde enseguida se hacen amigos de un grupo de pequeños y graciosos seres que se llaman digimons, "monstruos digitales". Los digimons demuestran ser más que buena compañía cuando digievolucionan a otros aún más grandes y poderosos con tal de proteger a los niños de un escarabajo rojo gigantesco, (Kuwagamon), que los ataca.

En su huída del violento Kuwagamon, los chicos caen por un precipicio. A punto de caer a un río, Gomamon consigue que los peces del río les salven. En una playa cercana, los niños descubren unas cabinas telefónicas, pero ninguna funciona. Joe cree que tiene que haber humanos por allí, así que intenta contactar con alguien, pero el teléfono sólo dice cosas incomprensibles. Cuando están investigando, les ataca Shellmon, un digimon marino muy violento. Sin embargo, seis de los siete digimons no han comido nada y están demasiado débiles como para poder proteger a los niños. Sólo Agumon, uno de ellos, tiene suficiente energía para luchar. Pero entonces el monstruo atrapa a Tai, su compañero. Ante tal peligro, Agumon digievoluciona en Greymon, un digimon aún más poderoso, rescata a Tai y con su ataque "Mega flama" derrota a Shellmon. Los niños y los digimons deciden buscar a quienquiera que haya construido las cabinas.

Los niños y sus digimons se encuentran en medio del camino a un Monochromon furioso que está luchando con otro en una pelea territorial. Según Tentomon son inofensivos, pero todos huyen a tiempo. Caminando un poco más, encuentran un vagón de trolebús abandonado al lado de un lago, y deciden pasar la noche allí. Pero el vagón está estacionado encima de un gigantesco digimon llamado Seadramon. Por accidente, Tai quema su cola, provocando la ira del monstruo, que los ataca. La isla se tambalea y TK cae al agua; Matt, su hermano mayor, se lanza a rescatarlo, pero Seadramon lo atrapa con su cola. El monstruo intenta matar a Matt, pero Gabumon, pensando en que no volverá a oír el sonido de su harmónica, digievoluciona en Garurumon, y con su ataque "Aullido explosivo", derrota a Seadramon y salva a su compañero.

Los chicos caminan por el bosque y sobre ellos pasa volando algo negro con forma de engrane. Salen del bosque y entran en un páramo desértico, donde siguen unas líneas telefónicas. Sora se siente un poco fastidiada con Piyomon, su compañera digimon, ya que quiere estar todo el tiempo a su lado, lo que llega a agobiarla. Pero enseguida piensa en que ella está a su lado para protegerla, y recuerda cómo digievolucionaron Agumon y Gabumon al estar sus compañeros en peligro. Al fin llegan a la aldea de los Pyokomon, donde les reciben amablemente. Los niños se disponen a beber agua y reponer fuerzas, pero de repente comienza a salir fuego por todos lados. Entonces Tai avista a Meramon, un digimon de fuego que viene directo hacia ellos, y todos huyen como pueden. Pero Sora se da cuenta de que Piyomon se ha quedado atrás para proteger a los Pyocomons, y los demás digimons la ayudan a detener a Meramon, pero éste absorbe los ataques y se hace más poderoso. Sora va a rescatar a Piyomon y, al ponerse su compañera en peligro, digievoluciona en Birdramon y con su ataque "Alas de meteoro" derrota a Meramon, sacándole un engrane negro que se había introducido en su cuerpo. El digimon se disculpa y les explica que eso era lo que le había hecho atacarlos, y Sora le agradece a Piyomon que la haya salvado.

Los niños entran en una fábrica muy extraña, en la que se separan para buscar humanos. Tai, Sora y Joe encuentran a Andromon, un digimon robot atrapado entre unos engranajes de la fábrica; pero al intentar sacarlo, accidentalmente se le inserta un engrane negro, por lo que empieza a atacarlos. Por otro lado, los demás encuentran la fuente de energía de la fábrica. Izzy se separa por un camino en el que hay unos extraños jeroglíficos. Para su sorpresa, esos símbolos resultan ser la auténtica "batería" de energía de la fábrica, por lo que enchufa su portátil para investigarlos, descubriendo un programa que al activarlo, Tentomon, su digimon, siente tanta energía que lo quema por dentro; Izzy decide guardarlo en su ordenador. Entretanto, Tai consigue detener a Andromon y todos se reúnen nuevamente. Pero mientras Izzy les explica lo que ha descubierto, su perseguidor vuelve a aparecer de nuevo y los ataca; los misiles se dirigen hacia TK, así que Gabumon y Agumon digievolucionan en Garurumon y Greymon para detenerlos, pero Andromon es tan poderoso, ya que está en un nivel superior, que derrota a los dos digimons fácilmente. Entonces Tentomon propone a Izzy utilizar el programa de antes y, al hacerlo, digievoluciona en Kabuterimon y con su ataque "Mega explosión" ataca el único punto débil de Andromon, su pierna derecha, liberando y destruyendo la rueda negra que lo poseía. El digimon se disculpa y les muestra un camino para salir de la fábrica, por unas cloacas.

Mientras atraviesan las cloacas, los niños son perseguidos y atacados por un grupo de Numemon, digimons parecidos a unas babosas a los que les asusta la luz del sol. Escapan y encuentran unas máquinas expendedoras, pero de ellas salen más Numemon y son nuevamente atacados. Huyendo de éstos todos se separan. Mimí y Palmon, su compañera digimon, son perseguidas por Monzaemon, un digimon idéntico a un oso de peluche, pero un Numemon que se enamora de Mimí las salva. Luego llegan a la "Ciudad de los juguetes", donde sus compañeros actúan de forma extraña, y descubren que los demás digimons estaban encerrados en un baúl; éstos les dicen que Monzaemon les ha atacado y ha hecho que los niños se conviertan en los "juguetes" de los juguetes que viven en la ciudad. De pronto aparece Monzaemon de nuevo y comienza a perseguirlas y atacarlas. Los Numemons tratan de protegerlas interponiéndose en su camino, pero no resisten. Entonces Palmon se da cuenta de que hasta los Numemons han hecho todo lo que han podido para proteger a Mimí, y que ella tiene que hacer algo también; así que digievoluciona en Togemon, lucha contra Monzaemon, y con su "Ataque de espinas" lo derrota y libera la rueda negra que había en su interior. El digimon lamenta haberlos atacado y les muestra su auténtico poder.

Caminando por un lugar nevado, los niños descubren unos manantiales de los que sale agua muy caliente, y una nevera llena de huevos. Después de comerlos, Tai y Matt discuten sobre si deben o no escalar el monte Muguen, para poder ver la isla entera desde la cima, y Joe interfiere, pero no logra solucionar el conflicto; todos deciden dormir para descansar. Joe siente que es responsable de proteger a los demás, ya que es el mayor, así que decide escalar la montaña él sólo mientras los demás duermen. Pero Gomamon, su compañero digimon, decide acompañarlo por si le pasa algo. Mientras suben, la montaña se abre y de ella salen unos engranes negros. Poco después, se acerca a ellos Unimon, un digimon pacífico volador parecido a un unicornio, pero uno de los engranes negros vuelve hacia allí y se introduce en él, y comienza a atacarlos. De repente aparecen Tai y Sora con Greymon y Birdramon para rescatarlos, pero Unimon es mucho más rápido y no pueden derrotarlo. Entonces Joe piensa que tiene la responsabilidad de hacerlo él mismo, y se lanza sobre su espalda para intentar arrancarle el engrane negro, pero el digimon se sacude del dolor y Joe cae hacia el barranco. Gomamon digievoluciona en Ikkakumon y salva a Joe justo antes de que cayera al suelo. Con su ataque "Arpones volcán" impacta en el engrane negro y lo destruye. Sora le dice a Joe que digievolucionó gracias a su valentía, pero Gomamon está seguro de que fue por su esfuerzo.

Los niños han alcanzado la cima de la montaña, y descubren que se encuentran en una isla perdida en medio del océano, por lo que no pueden salir de allí. Mientras tanto, Leomon, un poderoso digimon justiciero que quiere acabar con los engranes negros, es atacado y poseído por Devimon, el más malvado de todos los digimons, que con su poder lo convierte en su esclavo. Éste ordena que junto con Ogremon (el enemigo de Leomon desde siempre), destruya a los "niños elegidos". Cuando bajan por la montaña, Leomon y Ogremon les tienden una emboscada y están rodeados. Todos los digimons digievolucionan para proteger a los niños y, como tienen superioridad numérica, consiguen mantenerlos a raya. Pero cuando están a punto de derrotarlos, Devimon deja caer unas rocas por la ladera y los digimons deben destruirlas para evitar que caigan sobre ellos; los digimons malvados han desaparecido. Cansados y hambrientos, los niños y sus digimons encuentran una gran casa donde hay comida, baños y cómodas camas para pasar la noche. Pero mientras duermen, Tai y Agumon son atacados por Ogremon. Entonces Devimon aparece y muestra que la casa era una alucinación para atraparlos, y el baño y todo lo que comieron no era real. Ningún digimon puede digievolucionar porque están agotados. Cuando Leomon está por matar a Tai, su digivice comienza a brillar, provocando que Leomon despierte de su trance y luche contra Ogremon. Devimon divide la isla en trozos y hace que los demás niños salgan volando y se separen en distintas direcciones, mientras Leomon ayuda a Tai y Agumon a escapar en el último momento.

Taichi y Agumon terminan en una región cubierta de nieve. Son atacados por Frigimon, al que logran quitarle la Rueda Negra, y les ayuda a llegar a la isla donde cayeron Yamato y Gabumon.

Mimí y Palmon caen en una jungla, donde Sukamon y Chuumon las atacan, pero gracias al poder del digivice, se vuelven buenos y se enamoran de Mimí. Ellos las conducen al lugar donde vieron caer a Izzy, quien se encontraba investigando los jeroglíficos de unas ruinas, en las que había un gran engrane negro que movía la isla. Cuando llegan a las ruinas, Mimí propone a Izzy buscar a los demás, pero éste estaba muy concentrado, por lo que Mimí se enoja y corre dentro de las ruinas. Tentomon la sigue para que vuelva, pero ambos se pierden. Izzy descodifica los símbolos y en su computadora aparece un mapa del templo, que era en realidad un laberinto. Palmon e Izzy guían a sus amigos hacia la salida, pero un Centarumon, guardián del templo, los persigue y ataca. Mimí y Tentomon llegan a un lugar sin salida, por lo que Izzy y Palmon los van a buscar, abriendo un agujero en ese lugar. Palmon y Tentomon digievolucionan en Togemon y Kabuterimon y lanzan sus ataques para superar el de Centarumon, derrotándolo y liberando la rueda negra. Centarumon les dice que tienen unos dispositivos sagrados capaces de acabar con el poder de la oscuridad. En ese momento les ataca Leomon, que estaba poseído por Devimon, y derrota a Centarumon. Cuando va a atacar a los niños, sus dispositivos irradian una luz que espanta a Leomon y le hace huir. Mimí le da una patada al engrane y consigue que el trozo de la isla retroceda a reunirse con los demás.

Joe y Gomamon se encuentran a la deriva, cuando una caja se acerca. Joe piensa que son provisiones, pero cuando la abren, Ogremon sale de ella y los ataca. Gracias a Ikkakumon consiguen escapar. Poco después de la pelea, Ikkakumon, que llevaba a Joe en su espalda, se cansa, retrocede a Gomamon, y Joe cae al mar. Por suerte, Sora, que intentaba pescar desde un trozo cercano de la isla, lo rescata. Joe se encuentra inconsciente, mientras Gomamon le pide a Sora y Piyomon que ayuden a su amigo, que es cada vez más débil emocionalmente. Cuando despierta, todos proponen a Joe como líder, lo que él acepta sin alternativa. De pronto oyen unas campanadas y ven una iglesia; Joe propone buscar humanos allí. Cuando llegan, ven un grupo de personas bailando. Un sacerdote los guía dentro de la iglesia, mientras comenta que van a ofrecer una ofrenda a "El Gran Bakemon"; pero de repente descubren que todos los humanos son en realidad Bakemon, digimons fantasmas. Atan a Joe y Sora para ofrecerlos en sacrificio al Gran Bakemon y encierran a Gomamon y Piyomon en una celda, demasiado hambrientos para poder salvarlos. Por suerte, consiguen engañar al Bakemon que hacía guardia para robarle comida y digievolucionan en Ikkakumon y Birdramon, salvando a los niños cuando estaban a punto de ser devorados. Sin embargo, el Gran Bakemon es muy fuerte, por lo que a Joe se le ocurre la idea de recitar un texto sagrado, que lo debilita, e Ikkakumon y Birdramon lo derrotan. El suelo se abre y aparecen unos engranes negros, que giran inversamente y la isla retrocede a su posición original.

TK y Patamon, todavía separados de los demás, caen en un bosque; donde el niño llora porque extraña a su hermano, mientras Patamon se lamenta por no poder digievolucionar para ayudarlo. Caminando, llegan a la Ciudad del Inicio, que está repleta de colores brillantes, formas divertidas y muchos digihuevos y bebés digimon. Ambos comienzan a dar cariño a los bebés, pero Elecmon, el cuidador de los recién nacidos y los digihuevos, escucha a los bebés llorar; aparece y lucha contra Patamon. Durante la pelea, el poder en el digivice de TK comienza a aumentar. Cuando Patamon está a punto de conseguir su digievolución, el niño detiene el enfrentamiento. Como ambos digimon quieren luchar, TK los convence de que resuelvan sus diferencias en una competición de cuerda, que Patamon gana. Como resultado del duelo, TK, Patamon y Elecmon aprenden el valor de unir sus fuerzas, y que, cuando sus almas sean una, la agitada isla File volverá a la normalidad. Mientras tanto, todos los pedazos de la isla ya casi se han reunido al monte Muguen.

TK y Patamon ven que Leomon se acerca, por lo que se esconden en el bosque; Ogremon aparece también. Cuando los digimons malvados están por destruir a TK y Patamon, llegan Tai y Matt con Greymon y Garurumon, que comienzan a luchar contra ellos. En medio de la pelea, varios engranes negros se insertan en Leomon, que crece de tamaño y aumenta su poder. Éste es tan poderoso que los vence con facilidad, quedando TK y Patamon indefensos. Leomon atrapa a Patamon, pero de pronto Mimí e Izzy aparecen con sus digimons para ayudar a los demás, y les enseñan que los digivices sirven para vencer al mal, por lo que Tai y Matt apuntan a Leomon, que vuelve a la normalidad, mientras Ogremon huye. Ahora que Leomon es bueno, les cuenta a los muchachos la profecía de los Niños Elegidos, que se estaba cumpliendo con su llegada al digimundo. Los cinco niños parten decididamente junto a Leomon al monte Muguen para enfrentar su destino. Mientras tanto, Devimon incrementa su poder absorbiendo a Ogremon y a los engranes dispersos por el digimundo. Devimon se vuelve gigante y con su ataque evita que los digimons se transformen. Afortunadamente, llegan Sora y Joe con Ikkakumon y Birdramon, que lo atacan por la espalda, y los demás digimons, excepto Patamon, aprovechan para digievolucionar. Sin embargo, Devimon es tan poderoso que sus ataques no le hacen nada, y derrota a los seis digimons con facilidad. Devimon se dispone a acabar con TK, el único niño que le suponía un peligro, y todos los digimons hacen uso de todas las fuerzas que les quedan para rescatarlo, pero no pueden retenerlo. Patamon se lamenta por no poder digievolucionar para evitarlo, y Devimon atrapa a ambos; pero entonces, al estar TK en peligro, de su mano comienza a salir luz y Patamon digievoluciona en Angemon. Devimon está estupefacto, y Angemon reúne el poder sagrado de todos los digivices para destruirlo con su ataque. Pero era tanto el poder que había reunido, que tuvo que sacrificarse, convirtiéndose en un digihuevo.

Un misterioso personaje llamado Gennai aparece como un holograma tras la pelea con Devimon e insta al grupo a viajar al Continente Server con el fin de derrotar a otro enemigo. Les habla también acerca de los emblemas, que permitirán a sus Digimon digievolucionar a niveles mayores.

Los niños llegan a la Aldea Koromon, invadido por los Pagumon, que engañan a los niños y secuestran a Tokomon.

Mientras viajan por el desierto, el circuito de Joe reacciona, lo que lleva al grupo a un coliseo romano. Allí, se encuentran atrapados por Etemon y Greymon se ve obligado a luchar contra otro Greymon.

Después de haberse perdido en el desierto, el grupo es llevado a bordo de un barco que viajaba en el desierto que está a cargo de Kokatorimon. Kokatorimon captura todos los niños y petrifica sus Digimon.

Después de haberse perdido en el desierto, el grupo es llevado a bordo de un barco que viajaba en el desierto que está a cargo de Kokatorimon. Kokatorimon captura todos los niños y petrifica sus Digimon. Biyomon y Palmon digievolucionan y le derrotan, y su barco se estrella en un cactus gigante. La parte superior del cactus se abre para revelar el emblema de Mimi de la pureza.

Los Niños Elegidos reciben un mensaje que pide ayuda a cambio de un emblema. Mientras van, encuentran el de T.K. Llegan a una pirámide invertida. Cuando entran en ella, se topan con Datamon, que secuestra a Sora.

Taichi vuelve a entrar en la pirámide para rescatar a Sora, mientras fuera los demás distraen al ejército de Etemon. Dentro, Datamon planea usar una réplica de Sora para que usar su emblema y derrocar a Etemon.

Taichi y Koromon han vuelto a Tokyo. Taichi se dirige a su casa, donde observa que en el Mundo Real, sólo han pasado unos pocos minutos desde que se fueron aunque pasaron varios meses fuera. Sin embargo, en la calle se observa que hay Digimon en el Mundo Humano.

Yamato y Joe llevan tiempo trabajando para Digitamamon, que se las arregla para que cuando van a pagar su deuda, fallen. Yamato está harto. Joe se enfrenta a su jefe, que les ataca.

Koshiro y Tentomon llegan a un monte, donde caen al vacío. Vademon obliga a Koshiro a liberarse de su mente curiosa para salvarse, lo cual provoca que Tentomon baje a su forma bebé.

Taichi, Joe, Agumon y Gomamon llegan a un palacio lleno de Gekomon y Otamamon. Estos trabajan para Mimi, ya que necesitan que cante para despertar a su amo, ShogunGekomon. Sin embargo, cuidar tanto de Mimi ha provcado que ella empieze a usarlos a su antojo.

El grupo se reúne por fin, aunque falta Sora. Todos comienzan a buscarla y loigran dar con ella. Dice que necesitaba estar sola, pues no se identificaba con su emblema. Myotismon hace su aparición, pero los Niños no logran vencerle.

Gennai ha localizado otro Niño Elegido en el Mundo Real, pero el problema es que Myotismon también, y pretende viajar allí para eliminarle. Los Niños buscan la forma de colarse, pero los numerosos aliados de Myotismon se lo pondrán dificil.

Después de fracasar en su intento de regresar a Japón los niños salen del castillo porque fueron atacados por los Devidramon. Fuera del castillo protegido por los Devidramon los niños se comunican con Gennai expresando su preocupación por lo que podría pasar en su mundo, Gennai les dice a los chicos que hay una posibilidad de regresar a su mundo.

Los chicos han logrado volver al campamento junto a los Digimon, y descubren que el tiempo no había pasado desde que se fueran al Digimundo. Como el campamento se ha suspendido por la nevada, vuelven a casa.

Con la esperanza de que el 8º niño elegido se halla mudado de Hikarigaoka, los demás chicos deciden ir a Tokyo a toda costa, mientras que Myotismon sigue buscando a la octava persona elegida.

Los niños finalmente llegan a casa. Izzy, al llegar, revisa el material que le envió el señor Gennai, y nota que ahí está marcada la ubicación del Niño Elegido, pero sólo el y Kabuterimon pueden pelear.

Los chicos siguen buscando al octavo niño elegido. Mientras tanto, Gatomon tiene las sospechas de que Kari, la hermana menor de Tai, es la otra niña elegida.

Matt y T.K., buscando a Patamon, se encuentran a Pumpkimon y a Gotsumon, dos Digimon siervos de Myotismon, pero que prefieren divertirse que trabajar para su señor.

Wizardmon ayuda a Gatomon a despejar sus dudas de Kari, que son ciertas. Ahora Gatomon irá a quitarle el Emblema de la Luz de las manos de Myotismon junto con Wizardmon.

Myotismon crea una neblina que cubre Odaiba y secuestra a la gente, para así descubrir quien es el octavo niño elegido, por medio de Gatomon.

Myotismon sigue buscando al octavo niño elegido, mientras tanto, para llegar a Odaiba, T.K. y Joe deciden ir por agua montados en Ikkakumon.

Los niños elegidos logran reunirse después de las complicaciones que pasaron. Ahora, ellos deben rescatar a Kari, que fue secuestrada por Phantomon para que así Myotismon la destruya.

Después de derrotar a Myotismon, la niebla sigue sin irse. Luego, viene el señor Gennai para decirles a los niños elegidos que todavía no han acabado con él, y que pronto surgirá una nueva digievolución del malvado Myotismon, según una profecía.

Aún con Agumon y Gabumon digievolucionados en WarGreymon y MetalGarurumon, vencer a VenomMyotismon es muy complicado, así que los chicos tratarán de hacer todo lo posible.

Luego de volver al Digimundo, los chicos descubren que unos tales Amos Oscuros han causado varios daños al mundo digital, y se han auto-proclamado los amos supremos.

Los chicos se dirigen al monte Espiral, desde donde los atacaron los Shellmon. Allí, MetalSeadramon, el Rey Oscuro del Mar, impedirá que lleguen hasta allí.

Los chicos creen que están a salvo dentro de Whamon, sin embargo, no están nada más lejos de lo cierto, con el mismísimo MetalSeadramon persiguiéndolos.

Los niños elegidos caen en la trampa de Puppetmon, un Digimon Marioneta muy perturbador, lo cuál el los mueve a su antojo, menos a T.K., que se lo llevó para jugar.

Matt se separa del grupo para reflexionar sobre su emblema, y se encuentra con Cherrymon, un Digimon Árbol que le dice que si vence a su enemigo, sus problemas se solucionarán.

La pelea de WarGreymon contra MetalGarurumon se hace más tensa, al igual que la de Tai contra Matt. Luego, una entidad desconocida posee a Kari para explicarles porque fueron elegidos.

Etemon vuelve, pero esta vez en su forma mega, MetalEtemon, para vengarse de los niños elegidos, y se encuentra con Joe, Mimí y Ogremon, quien se encuentra herido.

Mimí y Joe descubren que quién los salvó de MetalEtemon fue Leomon digievolucionado en SaberLeomon, pero el no puede controlar su poder. Mientras tanto, la pelea final contra Puppetmon y MetalEtemon inician.

Después de derrotar a Puppetmon, Kari se enferma, y Tai, preocupado, intenta buscar medicinas para su hermana. El problema es que por ahí rondan las tropas de Machinedramon.

Sora, Kari y T.K. se encuentran con un WaruMonzaemon. Mientras tanto, Tai e Izzy los están buscando.

Kari, Tai, Sora y T.K. se dirigen junto a sus Digimon para pelear de una buena vez por todas contra Piedmon, pero él manda a una sierva, LadyDevimon, para entretenerlos un rato. La pelea entre Angewomon y LadyDevimon empieza.

La pelea contra Piedmon empieza, y todos menos Matt se tratan de reunir, ya que él fue corrompido por la oscuridad, reprimiéndolo a él. Sólo Gabumon podrá salvarlo de ésta.

Piedmon va transformando a los niños elegidos en muñecos, quedando como única opción T.K., Kari y Angemon. ¿Lo lograrán? ¿O perecerán en el intento?

Los chicos se enteran que les queda un último Digimon a que derrotar, y es el causante de la curvatura en el Digimundo y el Mundo Real, Apocalymon. ¿Podrán acabar con él?

Los Niños vencen a Apocalymon, logrando que el Mundo Digimon vuelva a su estado original. Aunque planean quedarse, Gennai les advierte que no pueden, ya que el "reseteo" del Mundo Digital provocaría más problemas si detecta a los Niños, de forma que Niños Elegidos y Digimon se despiden, prometiéndose volverse a ver algún día.