La aventura continúa tres años después. Un nuevo enemigo llamado Emperador de los Digimon ha aparecido en el Mundo Digital. Tres nuevos Niños Elegidos (Daisuke, Miyako y Iori) reciben sus dispositivos digitales.

Iori, Miyako, Daisuke, Takeru, Hikari, Sora e Koshiro van al Mundo Digital. Miyako y Iori conocen a sus compañeros (Hawkmon y Armadimon). Daisuke y V-mon son secuestrados por Digimon Emperador, y el resto deben salvarles.

Davis, Yolei y Cody vuelven a entrar al Digimundo para detener las maldades del Emperador Digimon, pero se dan cuenta que no son capaces de derrotarlos por si mismos, así que van en busca de más DigiEggs.

Gabumon es capturado junto con unos Gazimon por ordenes del Emperador Digimon. Luego, es atacado por un RedVegiemon. Los niños elegidos van a rescatarlo junto con Matt.

Gomamon es gravemente herido por unos Gizamon y Digimon Emperador, así que los niños elegidos junto con Joe van a detenerlo.

Mimí va a un día de campo junto con los nuevos niños elegidos en el Digimundo, pero ella y Yolei caen a un agujero. Allí se topan con Gekomon y Otamamon, controlados por Digimon Emperador.

Los chicos llegan a una ciudad bajo una cúpula, controlada por Digimon Emperador. Kari se separa y se encuentra con Andromon, bajo las ordenes de su enemigo.

El equipo de fútbol de Davis juega contra el de Ken Ichijouji, sin darse cuenta que él es Digimon Emperador.

Ken, resentido, decide escapar de casa, quedándose a vivir en el Digimundo para siempre. Allí intenta atrapar a Greymon para digievolucionarlo en MetalGreymon.

El Emperador de los Digimon decide mejorar el aro maligno de Agumon para controlarlo al digievolucionarlo a MetalGreymon, los chicos junto a Tai van a detenerlo.

La pelea contra MetalGreymon se acerca, sin embargo, ninguno puede con él y Davis se niega a pelear. Luego, encuentran un nuevo DigiEgg, pero nadie sabe de quién es.

Los chicos reciben un llamado de Biyomon ya que fue capturada por Starmon, mandado por El Emperador Digimon. Sora y los demás van a rescatarla.

Kari es llevada a un mundo extraño por una rara energía, uno mucho más oscuro que el Digimundo. T.K. hará lo que sea por hacer que vuelva.

Los niños buscan un nuevo DigiEgg. Luego, encuentran el restaurante de Digitamamon, el Digimon Chef, pero ahora bajo las ordenes del Emperador Digimon.

Los chicos se encuentran en un pueblo del Digimundo con aspecto al Japón tradicional. Allí, Ninjamon le da un espiral maligno a un ShokunGekomon.

Los chicos se encuentran en una plataforma petrolífera, ya que se supone que allí hay un DigiEgg. El problema es que por ahí se encuentra MegaSeadramon.

La cadena de televisión Fuji empieza a ver algunas formas extrañas en los programas que emiten. Mientras tanto, los chicos celebran el aniversario del uno de agosto, cuando fueron llevados al Digimundo.

Después de escuchar el mensaje de Wizardmon, los chicos van a buscar la base de Digimon Empezador, para acabar con él de una vez.

Digimon Emperador revela su más potente creación, Kimeramon. Los chicos deben buscar una manera de derrotarlo o será su fin.

Digimon Emperador va perdiendo poco a poco el control que tiene sobre Kimeramon. Mientras tanto, Wormmon quiere que Ken vuelva a ser un niño bondadoso y decide ayudar a los Niños Elegidos.

La batalla final de Kimeramon contra Magnamon. Su pelea podría poner en peligro a todos y Wormmon decide dar su último sacrificio para hacer que Ken cambie.

Davis se siente celoso de que T.K. y Patamon puedan digievolucionar a nivel Campeón y Veemon no. Davis hará lo que sea para que este digievolucione.

Ken se duerme, buscando su razón de porqué se convirtió en el Digimon Emperador, pensando en la muerte de su hermano Osamu y si sus padres realmente lo querían.

Los chicos intentan reparar el daño que Digimon emperador causó. En el proceso, Cody es atacado por Thundermon y su única ayuda es un antiguo... ¿enemigo?.

Davis quiere que los demás niños acepten de que Ken a cambiado. Mientras tanto, la del cabello gris anda causando más estragos con las Agujas de Control.

Izzy descubre que la antigua base de Digimon Emperador está a punto de explotar si no se devuelve el emblema de la bondad de Ken, pero alguien desea que eso ocurra.

ExVeemon y Stingmon logran el ADN Digievolución, algo que impresiona a todos. Luego de la batalla, Izzy les explica los beneficios y riesgos de esa manera de digievolucionar.

La extraña mujer invita a los Niños Elegidos a una mansión gigante para tenerdes la trampa y acabar con ellos.

Los Niños Elegidos tratan de detener el hechizo de la mujer misteriosa, que revela su identidad, Arukenimon.

Arukenimon, harta de los Niños Elegidos, decide manipular 100 Torres Oscuras para crear a un Digimon demasiado fuerte como para ser derrotado: BlackWarGreymon.

Yolei, Kari y Ken entran al Mar Oscuro por error, y las posibilidades de ser salvados se disminuyen. Mientras eso, Yolei y Kari aprenden la una de la otra.

BlackWarGreymon se pregunta cuál es su razón de ser y se encuentra con Agumon, a quién le hace preguntas. Mientras tanto, Arukenimon empieza a destruir las Piedras Sagradas.

Yolei está en Kioto por un viaje de la escuela a disfrutar de la ciudad japonesa. Pero la cosa cambia cuando se puede ver a BlackWarGreymon peleando en el cielo.

BlackWarGreymon decide destruir las Piedras Sagradas para descubrir quién es. Mientras tanto, Cody tiene miedo de hacer el ADN Divievolución con T.K. por lo distintos que son.

Los chicos se sienten abrumados por no poder parar a BlackWarGreymon en la destrucción de los puntos sagrados. Mientras tanto, Cody habla con Matt para saber que le pasa a T.K.

A los Niños les queda una Piedra Sagrada por proteger del ataque de BlackWarGreymon, por lo cuál se preparan, y se aproxima el momento de la última ADN Digievolución

En medio de la pelea de los chicos contra BlackWarGreymon, un Digimon sagrado aparece del cielo, Azulongmon, quién les aclarará todas sus dudas.

Como regalo de Navidad, los nuevos niños elegidos le traen a Tai y a sus amigos a sus compañeros Digimon al mundo real.

Los Niños Elegidos tienen problemas con los Digimon que entran al mundo real, y un antiguo conocido del Digimundo los va a ayudar en los momentos que más lo necesitan.

Joe y Cody tratan de detener el problema de Australia mientras que Tai y T.K. se encuentran en Francia para devolver los Digimon al Digimundo en el palacio de Versalles.

Últimos países en riesgo. Ken y Matt se dirigen a México para ayudar en la situación de allí, mientras que Sora y Yolei van a Rusia a enviar a los Digimon al Digimundo.

Al final de acabar con la situación mundial, los niños vuelven a Japón, hecho un caos por varios enemigos liberados mientras que Arukenimon y Mummymon piensan su próxima estrategia.

Ken está en un camión con los niños secuestrados, donde allí conoce a Yukio Oikawa. Wormmon y los demás quieren salvarlo, pero los demonios sueltos en la ciudad lo impiden.

Yukio Oikawa terminó de usar a Ken, por lo cual Deemon intenta secuestrarlo. Los niños tendrán que pelear contra las fuerzas de la Oscuridad.

Los chicos intentan averiguar de Yukio Oikawa y de los niños con las semillas de la oscuridad implantadas. De la nada, aparece BlackWarGreymon para conocer al creador de su creadora.

El abuelo de Cody le explica la relación de su padre con Yukio Oikawa, los demás Digimon tratan de cerrar la puerta al Mundo Real y la semilla de la oscuridad de una niña termina de crecer.

Oikawa está listo para partir al Digimundo junto a los niños con las semillas de la oscuridad, pero su destino es diferente.

En la pelea contra MaloMyotismon, los niños descubren que están en un mundo donde lo que ellos quieren se hace realidad, y lo aprovecharán para pelear contra su enemigo final.

Después de todo lo que pasaron, todos los niños elegidos deberán unir fuerzas para poder combatir contra las fuerzas de la oscuridad. Si no lo hacen, están perdidos junto al Mundo Real y el Digimundo.