En la Villa Oculta de la Hoja, el equipo Konohamaru ha sido ascendido a Genin y participa en misiones de rango D. Entonces, una figura atraviesa las puertas de la villa. ¡Es Naruto que ha regresado de su largo entrenamiento con Jiraiya!

Naruto y Sakura desafían Kakashi a un enfrentamiento para mostrar sus progresos. Mientras tanto, Gaara, que ahora es Kazekage, descubre que algunos miembros de los Akatsuki se han infiltrado en la Villa Oculta de la Arena.

Kakashi se sorprende de lo mucho que han mejorado Naruto y Sakura y de que ya no caen en las viejas trampas. Mientras tanto, Deidara de los Akatsuk se infiltra en la Aldea Oculta de la Arena con Gaara como objetivo.

Naruto y Sakura se enfrentan a la prueba de los cascabeles de Kakashi. Mientras tanto en la Aldea de la Arena, Gaara detecta la presencia de Deidara y da comienzo una batalla aérea con Deidara sobre su pájaro gigante y Gaara sobre la arena.

Tras ganar finalmente el desafío de supervivencia, Tsunade asigna a Naruto y a Sakura a un equipo de tres liderado por Kakashi, quien les dice que ahora son sus iguales. Mientras observa la feroz batalla entre Gaara y Deidara, a Baki comienza a preocuparle que se materialice Shukaku.

Gaara usa su chakra para crear un escudo de arena gigante que proteja su villa de la arcilla explosiva de Deidara. Por fortuna, la villa se salva, pero a un alto precio, ya que Gaara queda vulnerable y acaba cayendo en manos de Deidara.

Deidara se lleva con él a un Gaara que ha agotado todas sus fuerzas. Kankuro se lanza inmediatamente a la persecución para rescatar a Gaara, pero los Akatsuki han tendido trampas y los ninjas de la arena caen uno tras otro. Entonces Kankuro invoca sus marionetas para enfrentarse a Sasori.

A la Villa Oculta de la Hoja llega un mensaje urgente en el que se detalla el secuestro del Kazekage por parte de los Akatsuki. Tsunade no pierde el tiempo y ordena al equipo Kakashi que se dirija a la Villa Oculta de la Arena.

Kankuro sufre los efectos del veneno mortal de Sasori. Mientras tanto, de camino a Sunagakure, el equipo Kakashi recoge a Temari, la hermana mayor de Gaara.

Los ninjas de la arena libran una batalla contrarreloj para encontrar el antídoto que pueda salvar al moribundo Kankuro. Mientras, los Akatsuki llegan a su escondite con Gaara y dan comienzo al jutsu de sello: Ilusión de nueve dragones.

Sakura trata a un Kankuro en estado crítico con manos firmes y seguras. A Chiyo le conmueve que Tsunade haya enviado a su propia aprendiz y queda impresionada por los decididos esfuerzos de Sakura para salvar a Kankuro.

Pakkun encuentra el escondite de los Akatsuki. El equipo Kakashi y Temari se preparan para salir a rescatar a Gaara, pero Temari recibe la orden de quedarse protegiendo la villa y la anciana Chiyo se ofrece voluntaria para ocupar su lugar.

El equipo Kakashi se encuentra con Itachi y Kakashi advierte a todos que no miren a su Sharingan. Por su parte, Gai y su equipo comienzan a luchar contra Kisame y este no tarda en atrapar a Neji, Lee y Tenten en una prisión de agua.

Sin oxígeno, Tenten se debilita rápidamente, por lo que Gai se prepara para usar un jutsu secreto prohibido. Naruto cae bajo el jutsu ilusorio de Itachi y a su mente acude todo el entrenamiento anti-jutsu ilusorio al que le sometió Jiraiya.

Después de que Chiyo y Sakura rescaten a Naruto del jutsu ilusorio de Itachi, Kakashi inicia su contraataque. Gai tiene dificultades contra Kisame, pero logra derribarlo con un poderoso jutsu conocido como Pavo real al amanecer.

Chiyo explica a Naruto y Sakura la conexión entre las bestias con cola (bijus) y sus anfitriones, los jinchuriki. Tras la impactante revelación, Sakura se da cuenta de que Naruto se enfrenta al mismo destino y derrama lágrimas silenciosas.

Chiyo lamenta haber sellado a Shukaku, el espíritu de arena, en el interior de Gaara y decide cambiarlo. En ese momento, los Akatsuki completan el Jutsu de sello: Ilusión de nueve dragones y Gaara es envuelto por una luz blanca.

Los equipos Kakashi y Gai llegan al escondite de los Akatsuki, pero una barrera de cinco sellos les impide la entrada. Finalmente, un buen trabajo en equipo les permite destruir la barrera, pero los Akatsuki ya están al corriente de su presencia.

Romper la barrera de los cinco sellos ha activado una trampa y ahora el equipo Gai lucha contra clones de sí mismos. Deidara se marcha con el cuerpo de Gaara y un Naruto enfurecido le persigue a pesar de las advertencias de Kakashi.

El veneno de Hiruko es extremadamente letal hasta el punto de que un solo rasguño significa una muerte segura. Solo su propia abuela Chiyo puede leer las complejas trampas de Sasori, pero Sakura es quien debe asestarle el golpe final.

Chiyo y Sakura logran exponer a Sasori, quien sorprendentemente no parece mayor que veinte años atrás. Pero aún más sorprendente es que su siguiente marioneta es la del Tercer Kazekage, el ninja más fuerte en la historia de la Arena.

La determinación de Sakura a la hora de jugarse el físico para detener a Sasori conmueve a Chiyo. Con el propósito de proteger a Sakura del ataque de Sasori, Chiyo invoca a dos fatídicas marionetas expresamente para esta batalla.

En medio del despiadado ataque de Sasori, Chiyo lucha para proteger a Sakura, pero las marionetas de papá y mamá quedan selladas por la arena ferruginosa. Cuando Sasori se prepara para asestar el golpe final, Sakura toma una decisión.

Sakura destruye la marioneta del tercer Kazekage gracias a un antídoto secreto que se había tomado que convierte el veneno en una proteína inofensiva durante tres minutos. Chiyo y Sakura deciden derrotar a Sasori en ese plazo de tiempo.

Chiyo invoca el jutsu de los diez dedos, una técnica que se había prohibido usar, pero Sasori invoca la manipulación de los cien para contrarrestarla. El efecto del antídoto se ha agotado, pero aun así Sakura se une a Chiyo en la batalla decisiva.

A pesar de que ella misma ha sido envenenada, Chiyo usa el último antídoto con Sakura, que ha resultado herida en un punto vital y está al borde de la muerte. Irónicamente, lo único que puede salvarla es un jutsu que Chiyo creó para Sasori.

Aunque los miembros del equipo Gai comienzan a dar muestras de fatiga, sus copias siguen igual de fuertes. Incluso mientras persigue a Deidara, que se ha llevado a Gaara, Kakashi pone en marcha los preparativos de su nueva técnica.

Una vez completados los preparativos, Kakashi revela su Sharingan Mangekyo, un poderoso jutsu que transporta todo lo que el ojo puede ver a otra dimensión. Naruto aprovecha que Deidara baja la guardia para rescatar finalmente a Gaara.

Naruto pierde la razón en favor de la ira y es poseído gradualmente por el espíritu del zorro de nueve colas. Arrinconado y sin poder usar su jutsu, Deidara se dispone a hacerse explotar junto a los ninjas de la Villa Oculta de la Hoja.

Chiyo no tiene chakra suficiente para revivir a Gaara entonces Naruto le ofrece sus manos para que a través de él realice su técnica. Tras un tiempo, Gaara despierta y también llegan al lugar muchos Shinobis de la arena. Kankurō le agradece a Naruto todo lo que ha hecho por Gaara y Temari a su vez, le dice a Naruto que tiene el poder de cambiar a la gente, pues Chiyo normalmente no haría eso por los demás. Naruto no entiende que quiere decir Temari y se da cuenta de que Chiyo murió para revivir a Gaara.

Deidara sale de entre la tierra lamentándose porque su "Clon de arcilla explosivo" no eliminó a los de Konoha. Zetsu y Tobi van a donde tuvo lugar la batalla de Sasori contra Chiyo y Sakura para recuperar el anillo del primero. Gaara, los aldeanos de la arena y los de Konoha regresan a la aldea de la Arena, pero se van casi al llegar ya que afirman tener que reportarle varias cosas a Tsunade lo antes posible. Danzo le dice a un muchacho que será parte del equipo Kakashi y que debe de actuar en cubierto y para esto le da un nombre falso [...] Sai.