Akatsuki konnte erfolgreich den Sechsschwänzigen versiegeln. Auch Sasuke und Juugo bereiten sich auf die Versiegelung des Achtschwänzigen vor. Dafür liefern sie den gefangen genommenen Killer B zunächst an Tobi aus. In der Zwischenzeit erinnert sich Naruto an die Uchiha-Brüder zurück. Unterbrochen werden seine Gedanken, durch den Befehl, bei Tsunade zu erscheinen.

Tsunade beauftragt Shikamaru mit der Entschlüsselung der Botschaft, welche Jiraiya auf dem Rücken von Fukasaku hinterlassen hat. Das Dechiffrierungsteam um Shikamaru hat sichtlich Probleme, den nicht aus Konoha stammenden Code, zu knacken. Wie es scheint, kann nur eine Person, die viel über Jiraiya weiß, den Code lösen.

Nachdem Tsunade und Kakashi, den von Jiraiya hinterlassen Code nicht entschlüsseln konnten, bittet Shikamaru Naruto um dessen Unterstützung. Schon kurz darauf kann Naruto dem Entschlüsselungsteam einen Tipp geben. Wie sich herausstellt, sind die Zahlen aus der Botschaft, Seiten aus Jiraiyas Buch zuzuordnen.

Bevor Fukasaku die Heimreise antritt, unterbreitet er Naruto ein Angebot. Daraufhin begleitet Naruto ihn in das Land der Kröten, um dort das Jutsu der Weisen zu erlernen. Wie sich herausstellt, hat das Training mit der Kröte einen Haken: Falls Naruto mithilfe des geheimen Kröten-Öls von Myōbokuzan, die natürlichen Kräfte nicht kontrollieren kann, wird er selbst in eine Kröte verwandelt.

Obwohl es im Training mit Fukasaku für Naruto immer wieder Rückschläge gibt, trainiert dieser mit voller Begeisterung weiter. Dieser Übereifer überrascht selbst Fukasaku. Zudem sieht er viele Parallelen zu seinem früheren Schüler Jiraiya. Jedoch konnte Naruto, im Vergleich zu seinem ehemaligen Sensei, die Senjutsukontrolle schneller erlernen.

Endlich konnte Naruto das Jutsu der Weisen im Land der Kröten erlernen. Fukasaku macht ihn trotzdem auf einige Risiken bei der Anwendung des Jutsus aufmerksam. Unterdessen wird Konoha von Tendo, einer Gestalt von Pain und seinen Gefolgsleuten angegriffen. Die Ninja konnten die Schutzbarrikaden des Dorfes überwinden, worauf die Bevölkerung in Panik gerät.

In Konoha herrscht, nach dem Angriff der Akatsuki, völliges Chaos. Während Sakura die Leitung des Krankenhauses übernimmt, findet Shizune die eigentliche Funktion der Metallteile, im Körper der Gestalt von Pain, heraus. Shizune gibt diese Information sofort an die Hokage weiter. Jedoch kann diese wenig mit der Information anfangen.

Nachdem Kakashi Iruka mit einem Verletzen weggeschickt hat, muss er sich allein gegen Pain beweisen. Um Pains Fähigkeiten herauszufinden, ruft Kakashi seine Blitzdoppelgänger herbei. Schnell ist sich Kakashi bewusst, dass er gegen diesen starken Gegner, welcher eigentlich aus mehreren Personen besteht, keine Chance hat.

Da sich Naruto immer noch auf dem Berg Myoboku im Land der Kröten befindet, hat er keine Ahnung, was in Konoha vor sich geht. Unterdessen durchforstet Inoichi den Verstand von dem Amegakure Ninja Yuudachi. Er erfährt den mögliche Aufenthaltsort von Pain: Dieser soll sich im höchsten Gebäude von Amegakure befinden.

Während der Kämpfe in Konoha beobachtet Konohamaru Pain, wie dieser einen Shinobi tötet. Daraufhin macht Pain Konohamaru hinter einer Wand ausfindig. Kurz bevor Pain ihn angreifen will, kann Ebisu ein Ablenkungsmanöver starten, um so Konohamaru die Chance zur Flucht zu geben. Jedoch ist Pain sehr mächtig und Ebisu steht kurz vor einer Niederlage.

Im Leichenraum kommt es zu einem Aufeinandertreffen von Gakidou Pain und Tsume Inuzuka. Die Mutter von Kiba greift ihren Rivalen an, doch dieser kann sich mit einer Leiche von Pain schützen. Nachdem Kiba den Raum ebenfalls betreten hat und seiner Mutter helfen will, können sie die Schwäche ihres Gegners herausfinden.

Pain schwebt über Konohagakure und aktiviert das Shinra Tensei. Dadurch zerstört er das ganze Dorf mitsamt seinen Bewohnern. Kurz nach der Explosion erscheint Naruto gemeinsam mit Fukasaku, Gamabunta, Gamaken, Gamakichi und Gamahiro. Erst nach einiger Zeit erkennen sie, dass der Krater, in welchem sie sich befinden, einst Konohagakure war.

Naruto, Fukasaku und Shima stellen sich gemeinsam einen Kampf gegen Pain und seinen sechs Gestalten. In der Auseinandersetzung mit dem Gakidō -Körper des Pains, kann Naruto weder Tai-Jutsu noch Nin-Jutsu anwenden, denn dieser Körper ist in der Lage das Chakra von nahezu jedem Jutsu aufzusaugen.

Gakidō-Pain konnte im Kampf gegen Naruto, dessen Sen-Jutsu-Chakra absorbieren. Dadurch verwandelt sich Gakidō-Pain in einen steinernen Frosch. Währenddessen aktiviert Tendō-Pain sein Nin-Jutsu Banshō Tenin, um Fukasaku an sich zu ziehen und diesen zu erstechen.

Tendō-Pain konnte mit einigen Metallstäben Naruto auf dem Boden fesseln. Pain erzählt Naruto seine Ideologien von Frieden, jedoch kann Naruto diese nicht gutheißen. Die Situation wird von Hinata mithilfe ihres Byakugans, beobachtet. Das Mädchen macht sich große Sorgen, um die gesundheitliche Verfassung von Naruto und kommt ihm zur Hilfe.

Als Naruto sieht, wie Tendō-Pain seine Freundin Hinata mit einem Metallstab aufspießt, erwacht zunächst der Kyuubi in der vierschwänzigen Form. In dieser Form bewirft Naruto seinen Gegenüber mit großen Felsbrocken und kann diesen kurzzeitig im Boden einschließen. Daraufhin verwandelt sich Naruto langsam weiter, bis er in der sechsschwänzigen Form angelangt ist.

Kurz bevor Naruto das letzte Siegel entfernen kann, erscheint sein Vater. Minato erzählt seinem Sohn, wer hinter dem Angriff auf Konohagakure steckt. Obwohl Naruto zunächst auf seinen Vater wütend ist, kann er ihm verzeihen. Wieder aus seinen Gedanken erwacht, löst sich der Kyuubi auf und Naruto befindet sich wieder im Eremitenmodus. Dadurch wird die von Pain erschaffene Erdkugel zerstört.

Naruto konnte Tendō-Pain besiegen und fand somit heraus, wo sich der echte Pain aufhält. Auf seinem Weg zu Nagatos Versteck, wird der junge Ninja von Inoichi und Shikaku gestoppt. Obwohl Beide gekommen sind, um Naruto aufzuhalten, versteht Shikaku den jungen Ninja und lässt Naruto alleine weiterziehen. Angekommen im Versteck, kommt es nach einem kurzen Dialog zu dem entscheidenden Kampf.

Eine Rückblende in Narutos Kindheit. Kurz vor dem Finale der Chūnin-Auswahlprüfung ist sich Naruto nicht sicher, ob er die letzte Prüfung bestehen kann. Er erfährt von dem „Vermächtnis des vierten Hokage", welches dem Finder große Macht verleihen soll.

Gemeinsam mit Sakura und Team 10 ist Naruto auf der Suche nach dem „Vermächtnis des vierten Hokage". Dieses Relikt, so lautet es, soll seinem Finder große Macht verleihen. Was die jungen Ninja allerdings nicht wissen, die Geschichte wurde von Maito Guy erfunden, welcher den jungen Ninja eine Lektion erteilen möchte.

Nagato erklärt sich bereit, seinem Gegenüber seine Beweggründe für die Zerstörung von Konoha zu erklären. Er beschreibt seine Kindheit im Kriegsgebiet und wie er darauf die Waisenkinder Yahiko und Konan kennenlernte. Die drei Waisenkinder verabscheuten den Krieg und wollten alles dafür tun, dass dieser eines Tages aufhört.

Im Gespräch mit Nagato, kann Naruto einige Parallelen mit diesem erkennen. Auch Pain hat seine Eltern verloren und musste sich daraufhin alleine durchschlagen. Zudem fand er auch lange Zeit keine Freunde, bis zu dem Moment, als er die anderen zwei Waisenkinder traf.

Nagato gibt an allen was mit ihm geschehen ist Konoha und dessen Bewohnern die Schuld. Naruto hingegen glaubt fest an die Ideale, welche ihm Jiraiya beigebracht hat. Naruto holt Jirayas Buch „Geschichten eines mutigen Ninjas" heraus. Nagato ist beeindruckt von Narutos Haltung und setzt im Anschluss ein mächtiges Jutsu als Wiedergutmachung ein.

Nagato setzt Gedō – Rinne Tensei no Jutsu ein. Dadurch werden alle Bewohner, welche durch seinen Angriff auf Konoha gestorben sind, wiederbelebt. Naruto ist sehr erstaunt, denn als er Nagato erneut anschaut, ist dieser um einige Jahre gealtert. Nagatos letzte Worte handeln von Krieg, Hass und Schmerz. Zudem sagt er, dass Naruto etwas Besonders ist.