Eine gigantische Flutwelle wird einen Großteil der zivilisierten Welt zerstören, aber Admiral Harriman Nelson hat einen Plan, um sie aufzuhalten - die Seaview wird genau zur richtigen Zeit und am richtigen Ort eine nukleare Explosion auslösen. Böse Mächte versuchen, Nelson zu vernichten, bevor er seinen Plan in die Tat umsetzen kann - in dem Chaos, das der Flutwelle folgt, hoffen sie, die Weltherrschaft zu übernehmen! Der ursprüngliche Skipper der Seaview wird getötet, und Lee Crane von der US Navy muss das Schiff retten.

Bei der Untersuchung des Verschwindens von Forschungsschiffen in der Ägäis wird die Seaview durch eine Bombe beschädigt. Kapitän Crane geht an Land und gibt sich als Berufstaucher aus. Der Kapitän trifft einen ehemaligen Taucher, der aufgrund eines tragischen Unfalls stumm ist und behauptet, eine "Stadt unter dem Meer" gesehen zu haben. Crane wird von dem "Bösewicht" angeheuert, aber seine Tarnung fliegt bald auf. Er wird gefangen genommen und verliert beinahe sein Leben.

Nachdem das Schwesterschiff der Seaview, die Polidor, bei einem experimentellen Tieftauchgang verloren gegangen ist, setzt die Seaview die Tests fort. Was die ohnehin schon gestresste Besatzung nicht weiß: Einer der Psychologen, die zu Besuch an Bord sind, ist ein feindlicher Agent, der ein angstauslösendes Gas in das Luftsystem freigesetzt hat. Während die Seaview in die Tiefe taucht, macht sich eine gefährliche Panik breit.

Auf einer Rendezvous-Mission werden Crane und mehrere Besatzungsmitglieder auf einer verlassenen Jacht unter Drogen gesetzt, bis sie bewusstlos sind. Als sie in einem südamerikanischen Gefängnis aufwachen, werden die Männer auf den Hof geführt, einer pro Stunde, und hingerichtet. Alle werden sterben, es sei denn, Crane bricht seinen Schwur und gesteht, was er nicht kann. Wird Nelsons Rettungsmission erfolgreich sein? Wird das betreffende Land die Machenschaften des bösen Mannes, der die Macht übernehmen will, überleben?

Ein Ehepaar, das in der Antarktis forscht, kommt bei einem missglückten Planktonexperiment ums Leben. Die Seaview trifft ein, um Nachforschungen anzustellen und Planktonproben zu nehmen. Schon bald läuft das U-Boot Gefahr, dem schrecklichen, schleimigen Wachstum zum Opfer zu fallen. Nelson, Crane und die Crew stehen vor einem weiteren Problem: Einer der drei Wissenschaftler an Bord des U-Boots ist ein feindlicher Agent.

Ein außerirdisches Raumschiff landet im Ozean, und die Seaview wird ausgesandt, um das zu untersuchen. Obwohl die Seaview in der Nähe ihres Schiffes machtlos ist, scheinen die Außerirdischen freundlich zu sein, und Nelson gelingt es, Verhandlungen aufzunehmen. Die Militärbehörden haben jedoch andere Vorstellungen, und Seaview könnte durch menschliche Einmischung ebenso in Gefahr sein wie durch die Außerirdischen.

Ein üppiges, tropisches, grünes Paradies am Südpol? Lebende Dinosaurier? Solch phantasievolle Ideen sind sicherlich das Werk eines Verrückten. Oder vielleicht auch nicht, wie Admiral Nelson bald herausfindet. Die Frage ist: Werden er und Crane ihre Reise in eine verlorene Welt überleben?

Ein sowjetischer Satellit ist ins Meer gestürzt und sein Kernreaktor muss entschärft werden, bevor er eine Katastrophe auslöst. Zwei sowjetische Wissenschaftler kommen an Bord der Seaview, um die Arbeit zu erledigen - aber einer von ihnen ist ein Betrüger.

Die durch eine Explosion in einem alten Minenfeld beschädigte Seaview taucht auf den Meeresgrund. Die Besatzung kann nichts anderes tun, als auf Hilfe zu warten, denn ihr geht der Sauerstoff aus und sie hat mit Feuer und Flut zu kämpfen. Aber wird die Hilfe rechtzeitig eintreffen?

Eine geheimnisvolle Waffe vernichtet amerikanische U2-Flugzeuge. Die Mission der Seaview ist es, die Waffe zu finden und zu zerstören. Kapitän Crane geht undercover. Ein Nachtklubkünstler, der auch ein Widerstandskämpfer ist, kommt Crane zu Hilfe. Der Kapitän wird bald gefangen genommen und schwer verprügelt. Währenddessen bittet Major Amadi auf der Seaview um Asyl. Als Beweis für seine aufrichtigen Absichten verspricht er, das U-Boot zu der mächtigen Magnetwaffe zu führen, die für die Ausschaltung der U2 verantwortlich ist. Nelson vermutet, dass er die Seaview in ein wässriges Grab führen will.

Nelson und Crane gehen undercover und riskieren ihr Leben, um einen kommunistischen Überläufer in die Vereinigten Staaten zurückzubringen. Doch der Mann wird bei dem Versuch verletzt, und seine Geliebte bleibt zurück. Mit dem Agenten, der auf der Seaview auf ihn wartet (in Wirklichkeit ein Doppelagent), will er erst sprechen, wenn er mit seiner Anna wieder vereint ist. Aber auch Anna ist nicht das, was sie zu sein scheint.

Im von einem Schneesturm heimgesuchten Florida nimmt Nelson Kontakt zu einem Meteorologen auf, der vielleicht eine Erklärung für die seltsamen Wetterbedingungen liefern kann. In dieser Nacht wird der Wissenschaftler jedoch entführt und darauf "programmiert", Nelson zu töten. Als sein erster Versuch scheitert, kommt er an Bord der Seaview, als diese ausläuft um die Ursache des Problems zu untersuchen und setzt seine Bemühungen fort.

Ein alter Freund von Nelson kommt an Bord der Seaview, um seine Forschungen über den riesigen Wal fortzusetzen, der sein Schiff zerstört, ihn zum Krüppel gemacht und seinen Sohn getötet hat. Seine wahren Motive haben jedoch mehr mit Rache als mit Wissenschaft zu tun, und Crane macht sich Sorgen, dass der Admiral in die Besessenheit seines Freundes verwickelt ist.

Als der König einer kleinen, aber befreundeten Nation ermordet wird, erhält die Seaview den Auftrag, den jungen Kronprinzen nach Hause zu bringen, damit er den Thron besteigen kann. Weder Nelson (der aus seiner eigenen Kabine vertrieben wird) noch Crane sind es gewohnt, mit Kindern umzugehen. Hilfe kommt in Form eines geheimnisvollen, Flöte spielenden alten Mannes, der sich mit dem Jungen anfreundet, nachdem er auf See aufgegriffen wurde.

Der bei einem Sturz verletzte Präsident der Vereinigten Staaten muss dringend operiert werden - und die Operation muss geheim gehalten werden. Natürlich wird Seaview als der beste Ort für die Operation ausgewählt. Eine feindliche Agentin, die den Platz des Arztes einnimmt, der ein radiologisches Gerät für den Präsidenten verwendet hätte, wird versuchen, den Oberbefehlshaber mit einem tödlichen Strahl zu töten. Wird sie rechtzeitig entdeckt werden, um den Präsidenten zu retten?

Admiral Nelson wird während des Fluges aus einem Flugzeug entführt und auf einer abgelegenen Insel von Nazis festgehalten, die die Welt erobern wollen.

Nachdem Nelsons experimentelles U-Boot von einer Riesenqualle angegriffen wird, steigt die Spannung an Bord der Seaview, da Nelson Anzeichen eines Nervenzusammenbruchs zeigt.

Als ein massiver Raketenstart einer fremden Macht die USA in nukleare Alarmbereitschaft versetzt, leitet die Seaview ein Sicherheitsmanöver ein. Aber ist der Start wirklich das, was er zu sein scheint, und bedeutet dies tatsächlich den "Jüngsten Tag"?

Bei einem Unterwasserbeben werden Hunderte von seltsamen Metallkapseln freigesetzt, und eine mächtige humanoide Kreatur, die die Menschheit vernichten könnte, wird nach Millionen von Jahren im Scheintod wieder zum Leben erweckt.

Nach der Rückkehr von einer Mission im Weltraum wird ein lebensechter Roboter an Bord der Seaview gebracht, aber die Besatzung entdeckt bald, dass der Roboter auf mysteriöse Weise umprogrammiert wurde, um Schaden anzurichten.

Ein verrückter Kunstkenner ergreift die Kontrolle über die Seaview und plant, Leonardo da Vincis Mona Lisa von einem französischen Schiff zu rauben, das zur Weltausstellung fährt.

Ein neu installierter Supercomputer wird auf der Seaview getestet... aber der Feind hat andere Pläne.

Crane wird von feindlichen Agenten einer Gehirnwäsche unterzogen. Sein neuer Auftrag lautet, bestimmte strategische Unterwasserraketen zu deaktivieren und Admiral Nelson zu ermorden!

Ein seltsames Experiment zur Beschleunigung der Evolution geht schrecklich schief, und ein riesiges Protoplasma-Monster bedroht das Leben der gesamten Besatzung.

Die Besatzung der Seaview wird gerufen, um ein Unterwasserlabor zu untersuchen, in dem Wissenschaftler Menschen chirurgisch in Amphibien verwandeln.

Nelson strandet auf einem Rettungsboot mit dem ehemaligen Premierminister einer feindlichen ausländischen Macht, der lebenswichtige Informationen über eine Verschwörung zur Zerstörung der freien Welt mit sich führt.

Captain Adams, der einzige Überlebende eines verunglückten Raketenstarts, schließt sich der Besatzung an, um die mysteriöse Kraft zu finden, die für die Katastrophe verantwortlich ist.

Nelson und Crane erfahren von der Zerstörung des U-Boots Angler. Als sie das Logbuch des Kapitäns lesen und die Tonbänder aus dem Kontrollraum hören, sind Nelson und Crane verwirrt: Kapitän Williams war wahnsinnig und hat Offizier Richardson mit einem Maschinengewehr erschossen, obwohl beide Männer eng befreundet waren. Nachdem sie eine geheimnisvolle Insel verlassen hatten, wurden die Männer offenbar zu Todfeinden.

Die Seaview reist über eine geheime, unterirdische Leitung nach Schottland, um das Geheimnis des legendären Monsters von Loch Ness zu ergründen.

Nelson und Crane sind bestürzt, als ein egoistischer, öffentlichkeitsscheuer Wissenschaftler das Kommando über die Seaview erhält, um ein neues Drucksystem zu testen, mit dem das U-Boot unerforschte Tiefen erkunden kann.

Nelsons Schwester wird von feindlichen Agenten entführt, die als Lösegeld streng geheime Informationen verlangen. Aber wird Nelson sein Land verraten, um die einzige Familie zu schützen, die er hat?