Un criminale arrestato anni prima da Danny finisce di scontare la pena ed esce di prigione. Per vendicarsi decide di prendere in ostaggio Jackie e propone di liberarla se Danny diventa suo ostaggio.

Danny e Jackie indagano su un caso di abusi domestici e scoprono che la vittima aveva una relazione segreta con un membro del Consiglio Comunale che è anche amico di Frank. Linda, intanto, ritorna a lavoro, cosa che preoccupa Danny.

Danny è convinto che ci sia un serial killer in città che si sta facendo giustizia da solo. Intanto, Erin vede ricomparire nella sua vita il suo ex marito, l'avvocato Jack Boyler.

Alyson viene uccisa mentre sta andando a sposarsi. Danny promette a Johnny, lo sposo, di trovare i colpevoli. E continua ad occuparsi del caso anche se viene mandato a fare la scorta a Valverde, un dittatore latino-americano recatosi a New York per un'operazione.

Un detective della Polizia di New York viene rapito da Omar Sayid, un trafficante di armi e droga, che lo libererà solo in cambio di suo fratello Abdul. Nella trattativa, Frank viene affiancato dalla CIA, ma ordina a Danny e Croft di indagare autonomamente.

Vance Bradley, un fotografo che deve recasi al Gran Giurì per una testimonianza, subisce un attentato. Tramite Erin, Danny riceve l'incarico di proteggerlo, in modo da guadagnare qualcosa con i turni extra. Vance, a cui Danny salva la vita, gli chiede di andare a lavorare per lui ma, dopo un attimo di dubbio, Danny rifiuta,

Danny e la nuova detective lavorano a un caso particolare: nella notte di Halloween un uomo vestito da spirito del male haitiano, accoltella per la strada uno sconosciuto, vestito da prete.

Un ragazzo viene trovato morto in un campus. Danny e la nuova collega sono costretti a collaborare con un detective della Narcotici perché il ragazzo era uno spacciatore.

Danny e Kate stanno indagando su una sparatoria ma sono a corto di piste. Linda è in grado di aiutarli quando ascolta per caso la vittima della sparatoria parlare con il suo prete e mentre si confessa svela l'identità del responsabile. Henry intanto viene rapinato mentre sta facendo un prelievo al bancomat: Jamie va su tutte le furie e cerca in tutti i modi di rintracciare l'aggressore.

Danny indaga su una serie d'incidenti stradali causati da un cecchino. Potrebbe trattarsi di un serial killer e Frank intende indire una conferenza stampa, ma il sindaco non è d'accordo. Danny segue una pista che lo conduce in un negozio di alimenti biologici; quando poi scopre che tutte le vittime guidavano veicoli molto inquinanti, gli sorge il sospetto che l'assassino possa essere un estremista dell'ambiente. Intanto un incidente motociclistico manda il figlio di Danny all'ospedale in gravi condizioni.

Jamie, rispondendo a una chiamata del 911, finisce per sparare a un uomo armato. L'individuo rappresentava una potenziale minaccia e Jamie ha agito secondo il protocollo, ma le conseguenze psicologiche del suo gesto non saranno facili da affrontare.

La città di New York ospita la tappa di un noto talk show, ma il presentatore, dichiaratamente razzista, con le sue discutibili esternazioni rischia di sollevare proteste anche violente. Le autorità sono in allarme e Frank, diviso tra la propria opinione e il rispetto del primo emendamento, non se la sente di fermare direttamente la trasmissione. La stessa sera un'orda di topi irrompe alla serata di beneficenza, ed un uomo viene trovato pestato e con un topo morto nei pantaloni.

Il leader della comunità ebraica, un rabbino molto amico di nonno Henry passa a miglior vita. Il figlio più giovane, che avrebbe dovuto succedergli nella sua funzione, viene assassinato a pugnalate proprio durante la veglia funebre del padre. Danny indaga sul fratello maggiore, in compagnia di un detective a sua volta membro della comunità ebraica locale.

Nel corso di una sparatoria, un bambino di soli dieci anni viene gravemente ferito. Danny prende talmente tanto a cuore il caso che il sergente lo costringe a frequentare un gruppo per la gestione della rabbia. Nel frattempo viene arrestato un membro della banda coinvolta, il quale sostiene che il vero bersaglio fosse la madre del piccolo.

Erin e Danny si stanno occupando di un caso datato dove l'accusato, un ragazzo ricco e potente non è mai stato condannato. Dopo un incidente occorso durante una partita di basket, un amico di Jamie avvia una denuncia contro un amico di Danny.

Una coppia di fidanzati rapina una banca. Sul posto è presente un detective fuori servizio, che cerca d'intervenire ma finisce per farsi sottrarre la pistola con cui poi viene accidentalmente ferito un cliente.

Un uomo viene ucciso a sangue freddo nel bel mezzo di Times Square. Poco tempo dopo, in una casa di riposo nel Bronx, avviene un altro omicidio a danno di una anziana signora. Il modus operandi è lo stesso: il killer agisce freddamente e con calma, si avvicina alla vittima senza proferire parola, spara e se ne va.

Al cimitero viene trovato il corpo di una studentessa strangolata. Il padre della vittima è un fervente cattolico, ma Danny scopre che la ragazza frequentava un ragazzo arabo ed era diventata musulmana.

Danny è sulle tracce di uno spacciatore di lusso che rifornisce broker e finanzieri di Wall Street. Appostato durante uno scambio di merce, finisce per assistere a un omicidio. Lo spacciatore infatti si è presentato con un nuovo socio dal grilletto facile che scatena una sparatoria: uno dei compratori muore, mentre lo stesso pusher viene ferito gravemente.

La polizia ferma un uomo sporco di sangue che sostiene di non ricordare nulla. Danny lo riaccompagna nella sua stanza d'albergo, dove trova morta sul letto la sua ragazza. L'individuo continua a dire di non ricordare nulla, dunque viene arrestato. Nel frattempo, l'agente Grasso, uscendo ubriaco da una festa, sventa una rapina, ma viene accusato di aver estratto l'arma mentre aveva un tasso alcolemico troppo alto. Frank decide di intervenire in sua difesa.

Un complesso di case popolari è controllato da una banda conosciuta come i "Los Lordes". I cittadini non collaborano con la polizia per paura di ripercussioni e l'ufficio del procuratore non sembra prendere troppo sulla questione. Una giovane donna si uccide e Danny rimane molto turbato dell'avvenimento perché aveva promesso di aiutarla.

Frank e il sindaco organizzano un incontro con i cittadini del complesso controllato dai "Los Lordes". Durante il confronto però un ragazzo estrae la pistola e ferisce gravemente il sindaco. Danny pensa di usare la fidanzata del boss per arrivare a lui.