Baez viene ferita mentre sta confiscando una partita di stupefacenti. Danny cerca i criminali che fanno parte del cartello della droga, mentre Frank è in difficoltà.

Jamie decide di aiutare una poliziotta emarginata dall'intero dipartimento. Intanto, Danny si rivolge a Erin per risolvere un caso che lo tormenta da molti anni.

Un detective fuori servizio interviene per mettere in fuga due malviventi in un locale gay. In seguito al suo intervento, però, l'agente viene discriminato da un suo collega.

Dopo aver inseguito un ladro, Danny riesce a fermarlo ma il criminale si butta dalla finestra e accusa l'agente di averlo spinto. Si scatena un protesta contro il Dipartimento.

Una ragazza terrorizzata, sparisce prima che Jamie possa aiutarla. Poco dopo, viene ricoverata in un ospedale e muore. Prima di morire, bisbiglia che il poliziotto che l'ha aiutata è in pericolo.

Frank si scontra, durante un dibattito televisivo, con il procuratore McCoy. Intanto, Jamie e Janko indagano su un caso archiviato come suicidio.

Un delinquente testimonia contro un boss in cambio della promessa che verrà inserito in un programma di protezione. Quando questo non avviene, Danny e Baez si espongono personalmente.

La squadra deve indagare sull'omicidio di tre leader. Intanto Linda, dopo essere stata aggredita, decide di trovare il modo per proteggere se stessa.

Durante la cerimonia delle promozioni, Frank individua un uomo che sostiene possa essere l'assassino di un poliziotto ucciso in passato.

Gormley e Garrett sono indecisi su come arginare un artista di strada che lascia in giro per la città dei borsoni dall'aspetto inquietante, costringendo ogni volta il Dipartimento ad inviare gli artificieri.

Jamie prende a cuore la situazione di un ragazzino senzatetto che non trova più la zia con cui viveva per strada. Il giovane ritiene che la donna sia stata assassinata dal suo stesso compagno e per rintracciare il sospettato entra quindi in scena Danny, che nel frattempo è ai ferri corti con Linda a causa dei lunghi straordinari. Erin intanto viene sostituita in un caso che si risolve in un patteggiamento, ma non si arrende e decide di scavare più a fondo.

Un imprenditore spara e uccide uno sconosciuto introdottosi armato in casa sua. All'inizio la polizia ritiene si tratti di un rivale in affari, ma poi si scopre che nella faccenda è implicata la malavita newyorchese. Nel frattempo Danny è in lizza per una medaglia al valore, ma Frank è in dubbio se assegnargliela o meno in quanto contrario a ogni forma di favoritismo nei confronti dei propri figli. Erin infine affronta la riapertura di un vecchio caso: una donna accusata di omicidio viene ora difesa dal figlio recentemente divenuto avvocato.

Un veterano della narcotici, nonostante lo stipendio modesto, possiede una Ferrari; pare che i soldi derivino da abili compravendite immobiliari, ma Frank non è convinto e decide di scavare più a fondo. Nel frattempo Danny indaga sull'omicidio di un ragazzo portoricano che viveva nel lusso in un appartamento sussidiato per persone a basso reddito. Jamie intanto cattura un rapinatore che rifiuta di collaborare all'identificazione del suo complice.

Il compagno della vicesindaco viene arrestato per un reato minore e il sindaco chiede a Frank d'intervenire. Nel frattempo Erin deve processare un sicario che rischia di farla franca e l'unico modo per inchiodarlo sarebbe ottenere la testimonianza di un noto pentito di mafia, che però fa parte del programma protezione testimoni. Jamie infine, seguendo la segnalazione di un volontario civile, finisce in una sparatoria con uno spacciatore.

La detective Baez viene presa in ostaggio all'interno della stanza interrogatori da un ex marito con il vizio della bottiglia che rischia di non rivedere più la figlia. Danny cerca quindi di fare da mediatore, mentre i colleghi fanno di tutto per rintracciare la bambina. Nel frattempo il figlio di Garrett è stato invece arrestato per possesso di droga e il padre prova per l'ennesima volta ad aiutarlo, mentre la collega di Jamie organizza una colletta per pagare il funerale a un'anziana vedova in un quartiere difficile.

Erin si accorge di un'intrusione nel suo appartamento e quando la sua assistente viene aggredita in ufficio risulta chiaro che qualcuno sta cercando di minacciarla. La procuratrice riesamina quindi i suoi casi per scoprire chi si nasconde dietro a tutto ciò. Jamie intanto, dopo essere scampato a una bomba artigianale, si mette sulle tracce di un dinamitardo, mentre Frank indaga su una raccolta fondi sospetta.

Una ragazza serba appena arrivata in città viene rapita, ma riesce all'ultimo ad allertare il 911. Il caso sembra legato alla mafia serba e ad una tratta di esseri umani. Intanto la collega di Jamie, in un'operazione congiunta con l'FBI, deciderà di prestarsi a un'indagine sotto copertura. Nel frattempo nonno Henry inizia a frequentare una donna, ma Erin, preoccupata che lo stia raggirando, scava nel passato della sua nuova amante.

Frank goes toe to toe with an investigative journalist who refuses to give up her source, despite the source admitting to committing murder. Danny is paired with a troubled teenager as part of an NYPD program aimed at influencing youths to make better decisions.

A celebrity chef from reality TV is murdered and a suspect readily confesses to the crime, but Danny and Baez think there is more to the case. Jamie and Jenko investigate a bizarre assault. A senator uses his friendship with Frank to ask for a favor regarding a DUI charge.

When NYPD Deputy Chief Donald Kent and his wife are gunned down in an apparent gang hit, Frank orders the entire department to scour the city for his friend's killer.

One of the Reagans is shot by a gang member, and Danny pursues a suspect while trying to keep his emotions in check. To add to the complications, Danny has to find an inventive way to bring in witnesses.