Sean i Vicky pokušavaju doznati identitet „spavača“ kojeg su ubili. Trag ih vodi do skladišta u kojem pronalaze Sterlinga i Lee. U međuvremenu, stanje predsjednika Martineza se poboljšalo zahvaljujući protuotrovu koji mu je dala supruga Christina. Želi se vratiti u Bijelu kuću, u kojoj se sukobljava s Jarvisom. Sophia i jedan od doktora primjećuju da je Leila u agoniji od gripe koja je uništava. Sophia naređuju svim svojim ljudima na počnu djelovati i provoditi plan.

President Martinez makes a triumphant albeit shaky return to the White House, determined to punish the traitors who conspired against him. Sophia forges ahead with her plan, while battling a new enemy -- the guilt that has begun to plague her. Sean and Vicky form an impromptu team with Sterling and Simon in order to track down Sophia's headquarters and stop her before the destruction of all human life.

Sophia est plus que jamais déterminée à propager le virus de la grippe espagnole et a anéantir la population de la Terre entière. Toute son opération est prête, et ses complices sont en place. Sean et Vicky, en cherchant à la localiser, rencontrent Blake et Simon. Ils unissent leurs forces pour savoir où Sophia a établi son quartier général. De son côté, à peine sorti du coma, Elias Martinez se rend à la Maison Blanche pour reprendre ses fonctions. Il veut revenir très vite aux affaires pour punir les traîtres qui l'ont éloigné du pouvoir, et en particulier Raymond Jarvis...

Das Gegenmittel, das Simon für Martinez besorgt hat, fängt an zu wirken, und der Präsident ist auf dem Weg der Besserung. Er will so schnell wie möglich zurück ins Weiße Haus und die Verräter bestrafen, die sich gegen ihn verschworen haben. Blake, Simon, Vicky und Sean, die nun gemeinsam gegen Sophia operieren, haben von Martinez grünes Licht bekommen, alles Erdenkliche zu tun, um sie aufzuhalten. Über eine Satellitenüberwachung finden sie das Hauptquartier von Sophia, und Sean sieht nach langer Zeit Leila wieder, die ihm gesteht, dass sie durch das Virus infiziert wurde. Simon, Blake und Vicky setzen alles daran, um von Dr. Lu Informationen zu bekommen, wie man Leila retten könnte. Sophia, die immer noch nicht dingfest gemacht werden konnte, gibt in der Zwischenzeit den Befehl an Gerard, das Portal zu öffnen – während über die Stadt verteilt Bio-Waffen kurz vor dem Einsatz stehen. Die Zeit wird knapp, um das Schlimmste zu verhindern…

סופיה סובלת מייסורי מצפון על החלטתה, אך ממשיכה בתוכנית להפצת הוירוס הקטלני. שון וויקי חוברים לסטרלינג ולסיימון ומנסים למצוא היכן סופיה ואנשיה מסתתרים. הנשיא מרטינז מתעורר מהתרדמת ומנסה למצוא את הבוגדים שניסו להרעיל אותו.

Martinez elnök állapota jobbra fordul, így a felesége elmondja neki, hogy Jarvis mérgezte meg. Martinez persze azonnal a Fehér Házba szeretne indulni, hogy Jarvis-t elintézze, Sterling-et pedig arra kéri, hogy találja meg Sophia-t. Sophia csapatának közben sikerült kifejlesztenie a spanyol nátha egyik mutációját, amivel az egész földi népet akarják elpusztítani. Sean megmutatja azt a dokumentumot Simon-nak, amit attól a szervezettől kapott, amely azért alakult, hogy megvédjék az emberiséget. Mire Sean-ék megtalálják Leila-t, addigra őt már vírussal fertőzték meg, így nem érintkezhetnek egymással...

Po podaniu antidotum prezydent Martinez wraca powoli do zdrowia. Dowiaduje się, że Jarvis chciał go otruć, żeby zająć jego miejsce w Białym Domu. Tymczasem dr Lu proponuje, żeby zarazić wirusem, bardziej wytrzymałego osobnika niż człowiek, czyli półczłowieka - półobcego. Sophia uznaje, że idealną kandydatką jest Leila. Żąda od Jarvisa, żeby usunął satelitę krążącego nad Tybetem, gdyż może on zakłócić działanie portalu dla Obcych. Zirytowany ciągłymi żądaniami Jarvis chce w zamian obietnicy, że Sophia ocali Amerykanów przed plagą hiszpanki. W wyniku zbiegu okoliczności Starling, Simon, Vicky i Sean spotykają się i orientują, że walczą po tej samej stronie. Gdy docierają do obozowiska uśpionych, Leila jest już w ciężkim stanie. Na rozkaz prezydenta satelita przesuwa się znad Tybetu - nic nie stoi na przeszkodzie, żeby otworzyć portal dla Obcych.

София начинает операцию по массовому заражению населения Земли одновременно с открытием портала на родную планету пришельцев. Шон и Вики объединившись с Ли и Стерлингом находят брошенный штаб Софии, в котором содержится Лейла. Мартинес приходит в себя и узнаёт о союзе Софии и Джарвиса. Он обвиняет Джарвиса в измене, но тот отвечает, что он теперь президент США, и Мартинес ничего не сможет сделать.