Steve McGarrett è richiamato a casa sull'isola di Honolulu per il funerale del padre, ucciso da un pazzo. Il governatore Jameson vuole Steve a capo di una squadra speciale della polizia ed ha intenzione di dargli pieni poteri. Steve inizialmente rifiuta l'incarico, ma cambia idea dopo aver incontrato l'uomo responsabile della squadra.

Per proteggere la sicurezza nazionale, McGarrett ed il suo team sono incaricati di ritrovare un esperto di cyberterrorismo che è stato rapito.

Quando la guerra tra bande raggiunge momenti di tensione durante una partita di football scolastica, la squadra Five-O scopre un collegamento tra le bande locali e la criminalità del continente.

Five-0 deve trovare una giovane coppia in vacanza che è stata rapita da un evaso che mostra segni di instabilità e violenza e sta cercando i suoi soldi rubati. Nel frattempo, la sorella di McGarrett arriva dalla terraferma.

Quando il corpo di una ragazza adolescente viene trovato vicino al Waikiki, Steve e la squadra vengono assegnati alla ricerca della sorella scomparsa. Il caso si complica ulteriormente in quanto il padre delle vittime è Michael Reeves, un ambasciatore degli Stati Uniti assegnato alle Filippine.

I Five-0 scavano nel mondo della North Shore Surf a seguito dell'omicidio di una personalità di alto profilo di una società di navigazione.

McGarrett deve far appello sulle sue abilità di Seal per risolvere una situazione di omicidio ed ostaggi molto delicata.

Gli affari interni sospettano del team di Hawaii Five-0 in un'inchiesta che contempla corruzione e droga collegate all'omicidio di Danny Honolulu.

Un membro della sicurezza viene ucciso prima che riesca a sventare il piano di un complotto per assassinare uno spietato dittatore. Five-0 deve proteggere il dittatore mentre indaga sull'omicidio.

Per smascherare un gruppo di ladri che ha attaccato un blindato uccidendo le guardie di sicurezza senza prenderne il denaro, Danny è costretto a chiedere aiuto alla sua ex-moglie.

La squadra è chiamata ad investigare l'assassinio di un uomo e il rapimento della moglie.

Victor Hesse fa ritorno alle Hawaii mentre Steve scopre le sue ulteriori connessioni con la criminalità locale.

La mafia giapponese è probabilmente coinvolta nell'omicidio della madre di Steve. Intanto Mary Ann McGarrett viene rapita e la scatola rubata.

Un inseguimento della polizia termina con l'inseguito morto e a una scoperta a dir poco sorprendente. Mentre il team indaga sul caso, scoprono che hanno bisogno di scambiare due chiacchiere con l'ex fidanzata di Chin.

La squadra è alla ricerca del dirigente del Centro Avvistamenti Tsunami che è scomparso proprio quando l'isola sta per essere investita da una gigantesca onda anomala.

Il gruppo Five-0 è alle prese con un caso di omicidio il cui unico testimone è scomparso. E' indispensabile ritrovarla in tempo prima che venga uccisa da chi la vuole morta.

Five-0 deve vedersela con una banda di pirati che ha preso in ostaggio uno yacht pieno di studenti in vacanza.

Il team deve scovare un dinamitardo prima che la sua vendetta distruttiva uccida altre persone innocenti. Intanto il fratello di Danny, Matt, arriva in città.

La squadra sta passando al pettine una convention di fans di fantascienza per trovare un killer che ha ucciso un fan facendolo letteralmente volare da una finestra. Intanto un agente della CIA si sta interessando all'omicidio dei genitori di McGarrett.

Steve e Donny incappano in un di omicidio mentre stanno lavorando ad un altro caso. Mentre si trova in visita con Chin Ho dalla zia morente, Kono scopre cosa è accaduto a Chin Ho e alla sua carriera di poliziotto.

Il team deve intervenire quando un detective di New York arriva sull'isola in cerca di una vendetta personale.

Le informazioni dell'agente Kaye hanno aiutato il team a catturare Wo-Fat, ma prima che possano cantare vittoria, Danny viene esposto a un letale composto chimico.

McGarrett e il suo team sono ormai sulle tracce di Wo-Fat che però si vendica del Five-0 e senza l'appoggio del governatore e l'accusa di omcidio di McGarrett potrebbe significare la fine della squadra.