Nikita, salvata dalla Divisione durante l'adolescenza, viene addestrata da questa organizzazione segreta governativa che la trasforma in una perfetta assassina. Dopo essere stata tradita dall'agenzia, Nikita è in cerca di vendetta.

Percy e Michael si occupano di uno slavo ricercato per crimini di guerra. Nikita rintraccia la loro posizione e cerca di mandare all'aria i loro piani, ma un gruppo di mercenari l'ha preceduta. Alex viene 'attivata' prima del previsto per un incarico che la mette in grave pericolo.

Nikita salva un giornalista che sta indagando su una cospirazione. Birkhoff intanto è sospettato di essere in contatto con Nikita e di averle fornito aiuto. Michael cerca di trovare il suo obiettivo con l'aiuto di Jaden, Alex e Thom.

Michael da una mano a Nikita in una delle sue missioni, Alex intanto soffre di un attacco di panico durante il suo addestramento.

Un gruppo di terroristi attacca un autobus con a bordo delle matricole della Divisione e rapisce Alex e Thom, che sono ignari del fatto che tutta l'aggressione non è altro che uno dei test perversi dell'agenzia. Michael, Percy e Amanda assistono alla tortura di Alex, il quale però riesce a scappare e a contattare Nikita per aiuto.

Alex avverte Nikita che la Divisione ha attivato uno degli agenti per una missione suicida. Nikita intercetta la recluta proprio quando arriva Michael e i due si ritrovano coinvolti in una sparatoria. Intanto alla Divisione una delle matricole attacca le guardie creando il caos.

Per ottenere dei fondi, la Divisione autorizza Thom a eliminare l'amante di un Senatore per mettere a tacere lo scandalo. Nikita cerca di salvare la ragazza e contatta i suoi genitori, ma le cose non vanno come previsto.

Michael è sulle tracce del terrorista che ha ucciso la sua famiglia e Nikita decide di aiutarlo. Percy scopre che lei è coinvolta e manda degli agenti per ucciderla, mettendo a rischio la missione. Nel frattempo Alex mette a rischio la vita di Jaden per coprire un suo errore.

Owen svela delle informazioni topo secret riguardanti la Divisione ai media, facendo scoprire che il Governo è responsabile di un assassinio in Chile. Percy incastra Ryan, un agente della CIA per l'omicidio in questione. Nikita e Owen vengono catturati quando si recano in Chile per aiutare Ryan.

La Divisione sottopone Alex alla prova finale per diventare agente operativo. Nikita teme che Alex non sia in grado di portare a termine la missione e la segue ad ogni passo. Birkhoff scopre la shell nascosta usata da Nikita per comunicare con Alex e informa Michael e Percy.

Alex, promossa agente, viene autorizzata a vivere all'esterno della Divisione, in una bella casa. Prima pero', le viene impiantato un localizzatore satellitare. Nikita si accorge che il dispositivo contiene anche un killer chip, in grado di ucciderla all'istante. Con l'aiuto di Ryan rapisce Birkhoff e tramite il suo portatile entra nel sistema della Divisione e modifica il localizzatore assumendone il controllo. Alex intanto conosce Nathan, il dirimpettaio, e subito fra i due nasce una simpatia particolare

Alla sua prima missione ufficiale, Alex viene assegnata ad una squadra incaricata di uccidere il Principe della Georgia durante un gala in un museo. Quando Alex informa Nikita circa la missione, insieme stabiliscono un piano per impedire l’assassinio. Tuttavia, Nikita ripone la sua fiducia nella persona sbagliata e il piano va a monte e la divisione scopre che Nikita è nel palazzo.

Ryan intercetta informazioni su un’arma pericolosa che sta entrando negli stati Uniti e chiede aiuto a Nikita. Nikita scopre che l’uomo dietro a questo traffico è Voss, un trafficante d’armi con il quale lei fu costretta ad avere una relazione quando era sotto copertura per la divisione. Così, a malincuore usa il suo alias per entrare in contatto con Voss e evitare che il missile venga consegnato. Nel frattempo Michael interferisce nel rapporto di Alex e Nathan.

Durante una missione, Alex si scontra con Irina, un’amica del suo passato. Alex cerca di aiutarla a fuggire dal suo rapitore/protettore, ma Irina la tradisce e consegna Alex al mafioso russo,Vlad, con il quale ha un debito da saldare. Mentre Nikita cerca di salvare Alex si imbatte in Michael, anche lui alla ricerca della ragazza. Sapendo che non può compromettere la copertura di Alex, Nikita collabora con Michael fingendo una diversa motivazione.

Nella speranza di accelerare il suo recupero, Amanda seda Alex dopo l’ultima missione. Alex è in uno stato ipnotico e Amanda ne approfitta per riuscire a capire quali segreti nasconde la ragazza. Intanto Nikita ha capito che Alex è in pericolo e cerca di costruirle una nuova identità fuori dal paese. Michael diventa però sospettoso riguardo ad Alex e inizia ad indagare su di lei con l’aiuto di Birkhoff.

Michael si confronta con Nikita e le rivela di sapere che la talpa e' Alex e le da' 24 ore di tempo per trovare Kasim, l'uomo che ha ucciso la famiglia di Michael, altrimenti svelera' a Percy la vera identita' di Alex.

Owen ritorna con informazioni preziose su una delle scatole nere di Percy. Nikita si reca allora a Londra con lui per recuperarla, ma Owen si comporta in modo strano. Nel frattempo Percy dopo aver scoperto che Nikita e' a Londra da ordine a Michael di ucciderla.

Nikita ritiene che sta diventando troppo pericolosa per Alex la Divisione e che sia meglio per lei scomparire. Alex e' d'accordo, ma prima che il piano possa essere messo in atto, lei e Jaden vengono assegnati ad una missione all'estero nella quale devono fermare il figlio di un presidente straniero.

Frustrato dall'operato di Nikita che continua ad intercettare le scatole nere, Percy invia Michael per porre rimedio alla situazione. Intanto Nikita scoprire che a guardia di una scatola nera c'e' una donna chiamata Dana. La tensione sale quando Michael e' costretto a riferire di Dana e la Divisione si organizza per eliminarla.

Dopo che Michael viene a sapere che Percy ha ordinato alla Divisione di uccidere chiunque potrebbe decifrare le scatole nere, invia Nikita per salvare l'ultima persona della lista, un crittografo della CIA di nome Malcolm. Per la sua incolumita' Nikita rapisce Malcolm e lo porta a Ryan.

Percy tenta di prendere il controllo della CIA, Alex scappa dalla Divisione e Michael si trova intrappolato nella Divisione impossibilitato dall'aiutare Nikita, la cui vita è in pericolo.