在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

Nikita a Michael se spikli, aby zmizeli z dohledu divize, a jsou k tomu připraveni použít obsah černé skříňky. Amanda velí divizi, ale Dozor k ní přidělil jednoho z nich, nového agenta jménem Sean, aby na ni dohlížel. Prvním posláním Amandy je dostat zpět černou skříňku od Nikity, a tak požádá Alex o pomoc. Alex odmítá, dokud jí Amanda neřekne, že jí pomůže najít muže, který zabil Alexina otce. Nikita a Michael mezitím najdou pomoc u nepravděpodobného spojence.

Nikita and Michael plot to take down Division and Oversight and are prepared to use the contents of the black box to do so. Amanda is now running Division but Oversight has assigned one of their own, a new agent named Sean, to keep an eye on her. Amanda's first mission is to get back the black box from Nikita, and she enlists Alex's help to do so. Alex refuses until Amanda tells her she will help her find the man who killed Alex's father. Meanwhile, Nikita and Michael find help from an unlikely ally.

L'agent rebelle Nikita a réussi à convaincre Michael, son ancien supérieur, de la rejoindre dans la lutte contre la Division, l'agence dont elle s'est échappée. Tous deux sont à présent en possession d'une des boîtes noires de Percy, qui contient des informations sur d'anciennes missions de la Division. Amanda, qui est désormais à la tête de la Division, est prête à tout pour mettre la main sur la boîte noire. Pour y parvenir, elle fait appel à Alex et à Sean, un nouvel agent. Celui-ci est aussi chargé de garder un oeil sur Alex car, si la jeune fille ne travaille plus main dans la main avec Nikita, son seul but est de retrouver l'homme qui a fait assassiner sa famille...

Nikita e Michael stanno organizzando di distruggere la Divisione usando il contenuto della scatole nera, Amanda è attualmente a capo della Divisione, ma c'è un nuovo agente a tenerla d'occhio per conto dei capi. La prima missione di Amanda è ordinare ad Alex di recuperare la scatole nera ma lei rifiuta.

Nikita y Michael planean hacer caer División y se preparan para usar el contenido de la caja negra. Amanda dirige ahora la agencia, pero Supervisión ha asignado a su propio agente, Sean para controlarla. La primera misión de Amanda es recuperar la caja negra, tarea para la que contará con Álex. Ésta se niega hasta que Amanda le promete ayuda para encontrar al hombre que mató a su padre. Mientras, Nikita y Michael contarán con la ayuda de un aliado inesperado.