Las estudiantes Lucy, Marina y Anaís son transportadas desde Tokio a Céfiro, un mundo mágico donde la voluntad es poder. Allí el mago Clef les informa que para volver a casa primero deberán convertirse en Guerreras Mágicas y rescatar a la Princesa que ha sido raptada por el sacerdote Zagato … En esos momentos, las fuerzas del enemigo llegan y empieza una gran batalla.

Las chicas llegan a un escondite en el Bosque del Silencio donde conocen a Presea, la mejor artesana de Céfiro, y a Nikona, una extraña criatura que sólo dice “puuu”. Su nueva misión será conseguir el legendario mineral escudo pero un gran monstruo se interpondrá en el camino...

En camino a la Fuente de Eterna, las tres niñas se encuentran con un misterioso espadachín, Paris. Ellos hacen un trato para ayudarse a salir del Bosque del Silencio, pero primero deberán hacer frente a una extraña roca que transforma todas las criaturas en monstruos.

Las chicas derrotan a un gran monstruo que aterroriza a un pueblo, ¡Sólo para descubrir que la gente les tiene miedo a ellas también! Antes de que puedan explicar la situación, la hechicera Alanis busca venganza lastimando seriamente a Marina… ¿Podrá la magia de Lucy hacerle frente?

Después de acabar con un monstruo que se hace pasar por una laguna, Lucy, Marina y Anais llegan a la extraña Fuente de Eterna. Allí deberán buscar el mineral escudo pero se llevarán una gran sorpresa cuando sus seres queridos aparezcan y traten de detenerlas. Además, Alanis tendrá otros planes.

Un nuevo enemigo, Ascot, pone en peligro a Presea mientras las chicas regresan con el mineral escudo. Las tres tratarán de detener al monstruo que Ascot ha convocado, ¡Pero ni la magia ni sus armas le hacen daño! Con Presea ocupada trabajando en las nuevas armas, ¿Podrán las chicas defenderla?

Paris se encuentra con Ascot y forman una extraña alianza. Luego de encontrar a las niñas, Ferio las lleva a una trampa sólo para después salvarlas. Ahora Ascot ha capturado a Paris y planea usarlo de carnada para atrapar a las chicas. Con el corazón roto, Anaís decide ir a rescatarlo sola.

Lucy y sus amigas salvan a una pequeña criatura de un malvado monstruo. Ella lo cuida y lo llama Hikari, como el perro que tiene en casa. Ese cariño luego se volverá dolor cuando el pequeño Hikari de pronto crezca enormemente y se torne violento, amenazando a sus protectoras.

Alanis engaña a Ascot para que usando una de sus bestias ella pueda obtener su venganza: atrapa a Lucy y Anais en un invierno mágico mientras que Marina regresa a “Tokio” debido a su fuerte deseo estar en casa. ¿Aceptará Marina su deseo o volverá para rescatar a sus amigas?

Paris ayuda a las chicas a llegar a un pueblo y les informa que hay otros dos Mashin que faltan por despertar. En esos momentos, los pobladores les tienden una emboscada obligados por uno de los secuaces del sacerdote Zagato. ¿Cómo podrán escapar sin herir a las personas?

Las chicas están en camino hacia el segundo templo -ubicado en una montaña flotante- sin saber que caerán en la trampa de la ilusionista Caldina. Luego llegan con Guru Clef quien les dice que una ya rescatada “Princesa” quiere agradecerles. Sobre el final, Ascot deberá enfrentar las consecuencias de sus actos.

Caldina logra separar a Anais de sus amigas, ¡y luego hipnotiza a Lucy y a Marina! Cuando se encuentran, Anais es atacada por las otras chicas y su corazón deberá encontrar la fuerza necesaria para defenderse y liberarlas del control que tienen, antes que Caldina acabe con las tres.

Las chicas se toman un minuto y usan un mapa que Nikona “proyecta” para recapitular su avance y planear a futuro. Pero cuando un extraño ser hecho de luz capture a Marina, Anais y a Nikona, Lucy deberá usar su intuición para ubicarlo y tratar de salvarlas.

Paris rescata a una joven y se presenta ante las chicas. Cuando ellas les dejan y van por el Genio Windom son interceptados por Nova, enviado por Zagato y que estuvo disfrazado como la joven, quien ahora tiene a Paris como rehén. ¿Podrá Anais salvarse y a sus amigos, y despertar al Genio a tiempo?

Las chicas descubren cómo es que sus armas son exclusivas para ellas como Presea les dijo cuando son atacadas por Ráfaga, el mejor guerrero con espada en Céfiro. Sólo Lucy podrá hacerle frente, pero el enemigo (que muestra un extraño semblante) parece ser demasiado para ella.

Nova logra transformar su cuerpo a su ser original: una criatura con grandes poderes mágicos, y se enfrenta a las chicas ganando la ventaja. Mientras tanto, Paris recupera los recuerdos de su infancia y de pronto se convierte en la clave para evitar la derrota de las niñas.

El templo del volcán se convierte en escenario de la prueba para Lucy, quien deberá ser aceptada por el Mashin Rayearth como Magic Knight. ¡Pero Zagato en persona llega con intención de matarlas! Con Marina, Anais y Ráfaga derrotados, sólo Lucy quedará para hacerle frente al sacerdote.

Las chicas han logrado convertirse en las Legendarias Guerreras Mágicas y parten con sus Genios para derrotar a Zagato… Pero cuando finalmente lo encuentran… ¡Él también tiene su propio Genio! La batalla entre la libertad de la Princesa Esmeralda y el verdadero deseo de Zagato comienza.

Las Guerreras Mágicas han derrotado a Zagato y se dirigen al castillo para liberar a la Princesa… Allí encuentran a una muy distinta Princesa Esmeralda quien al saber que Zagato ha muerto enloquece de odio hacia las chicas. Un nuevo Genio aparece, y las Guerreras Mágicas conocerán la verdadera misión por la que han sido convocadas, una misión que les romperá el corazón pero que deberán cumplir para volver a casa.