Scott è in viaggio per il Messico e scopre che Kate Argent ha catturato Derek. Il gruppo decide di cercarlo nella città abbandonata di La Iglesia.

Kate rapisce Derek, dopo che questi aveva aggredito Deaton. Per fermare i piani di Kate, Scott trova un improbabile alleato in Peter.

Un nuovo arrivato minaccia il loro ruolo, così Stiles convince Scott a usare i poteri sul campo da gioco. Intanto Stilinski indaga su un orribile delitto.

Il Muto aggredisce prima Peter e poi Derek, mentre Lydia decifra il codice nel computer del Muto e scopre qualcosa di sconcertante.

Lydia non riesce a controllare i suoi poteri e chiede aiuto a Meredith Walker. Durante la partita di lacrosse, Scott, Stiles e Kira osservano Liam.

Garrett usa Liam come ostaggio per cercare di liberare Violet dalla polizia. Stiles, Lydia e il vice sceriffo Parrish cercano Meredith per chiederle aiuto.

Un'epidemia di virus a scuola porta a una quarantena, intrappolando nell'edificio Scott, Stiles, Kira e Malia.

Scott è al centro di un pericoloso piano per svelare l'identità del Benefattore. Peter aiuta Malia a rintracciare la madre.

Il vice sceriffo Parrish sopravvive a un'aggressione, mentre Lydia rivela altri dettagli su sua nonna e raggiunge assieme a Stiles l'Eichen House.

Scott, Derek, Kira e gli altri attaccano i cacciatori e le informazioni di Lydia aiutano Stiles e Malia a saperne di più sulla lista delle taglie.

Deaton cerca qualche notizia su Derek, mentre si trova a Eichen House e Liam ha degli incubi sui Berserker.

A La Iglesia, Scott sembra impazzire, ma il branco riesce a liberarlo dall'incantesimo di Kate.