海上自卫队的新型神盾护卫舰“未来”号，参加美军在南太平洋所举办的共同演习。除了舰长梅津之外，舰上还有在防卫大学同期毕业的角松、菊池、小栗等241名成员。顺利朝着夏威夷航行的“未来”号，遭遇到一阵异常的风暴。被落雷击中而与友舰失联的“未来”号，忽然出现在大舰队的中央。而矗立于正面的舰影，竟然是日本史上最为人知的那艘战舰......！

“未来”所遭遇的是旧日本海军的联合舰队。而且其阵型正是1942年六月中途岛战役的排列方式。第二天早上，美军轰炸机“无畏”朝着航空母舰“加贺”、“苍龙”、“赤城”进行俯冲攻击。如今“未来”降临在美日形势逆转的历史关键点。只要解放“60年后之兵器”的力量，就可以拯救日本人。然而这将会介入历史并且改变未来......“未来”的抉择将会是？

角松从漂流的水上侦查机中救出一名男子。这名男子自称是海军少佐．草加拓海。为了回到原来的时代，“未来”返回发生变异的座标，然而入口却没有开启。“条件”和之前来的时候不一样......部份船员认为是因为应死的人居然活着，使得历史开始改变并丧失回到未来的条件，因此将矛头指向草加。而草加则是询问制止队员的角松：“你们是来自哪里的日本人？”

克利斯艾凡斯所指挥的美国海军潜水艇，朝着引擎熄火的“未来”发射鱼雷。“未来”在声纳室的声纳员确认鱼雷声之後，紧急启动引擎展开回避行动．鱼雷逐渐逼近所造成的恐怖，使得水雷长米仓朝着美国海军潜水艇发射反潜火箭…

迎击美国海军潜水艇的“未来”。见证整场战斗的草加，被角松带进了资料室。原子弹投掷、无条件投降……日本直到21世纪的历史，为草加带来了哪些启示？隔天早上，为了准备进入横须贺港，警戒用直升机“海鸟”前往小笠原进行侦查。在海鸟号降低高度时，背後出现了两架日本海军军机。面对贯彻专守防卫理念的海鸟号，高挂日本国徽的战斗机毫不留情露出了獠牙。

森二尉中弹－－。面对佐竹一尉沉痛的开火要求，角松的内心不断挣扎著。同是日本人也非得要流血吗？在哀悼森的礼炮声中，角松述说着专守防卫的理念，然而队员们却开始有所异议。在舰艇目的尚未明确的状况下，“未来”朝着南方前进以补给燃料。舰艇停泊在安那巴斯群岛，角松则与提议本次作战的草加，一同来到了昭和17年的新加坡。

角松与草加搭乘穿越丛林的马来火车至昭南市。中途睡著的角松在醒来后，不仅草加失踪了，竟还遇到宪兵的临检。虽然在遭宪兵盘问时，草加及时出现解危，但角松却因这个意外而内心有所动摇。在使用伪造文件完成作战之后，带着角松参加宴会的草加，被一个意外的人物认了出来。依照未来资料室里所看到的战史中，这个人根本不应该出现在新加坡…

囤积大量物资的油轮，以及停泊於安那巴斯群岛沿岸的可疑战舰…津田的推理连成一线了。津田与其手下的特务人员，与“东进丸”的船员调包，并且拘禁了草加及角松。知道“未来”存在的津田询问战争的结果，草加的回答则是“我们将会改变历史”。面对情绪激昂的角松，津田表示将会强制拘捕“未来”。被逼上绝路的角松，对津田打出了最后一张王牌。

同意草加所提出的条件之后，角松带着津田返回“未来”。角松将他在陆地上看到的一切都告知了梅津舰长。他所见到的并非只是历史的记录，而是看到活在这残酷时代的人们…。查觉到21世纪似乎正在改变，再加上没有归宿及目标的长期漂流，使得队员们都感受到了极限。既然如此…“未来”开始朝着瓜达康纳尔群岛前进。这是这艘战舰第一次自己选择该走的路。

想要知道这个时代的人们在想些什么，因此尾栗走上了东进丸。他对众人表示自己来自60年后，因此河本兵曹长询问他日本是否可能遭受空袭。面对家人住在广岛的河本，尾栗给他的答案是…? 希望尽可能减少这场战争的牺牲者，“未来”所订的目标就是要阻止瓜达康纳尔岛攻防战。

佐竹所驾驶的“海鸟”，载着草加强行登陆战舰“大和”，并且与山本五十六会面。草加对山本提出关於攻略瓜达康纳尔的建议。而在另一方面，角松与尾栗、柳一同登陆瓜达康纳尔岛东北方的奥斯汀山中。

瓜岛当天的战斗依照史实进展着。美国海军陆战队登陆，三川舰队袭击支援登陆的美澳舰队而大获全胜，之后三川舰队并未攻击美国运输船队便撤退。“草加什么都没做吗？！”再这样下去，运输船队将完成对美国陆战队的补给，如此一来就无法避免美日在瓜岛的攻防战陷入胶着!?

为了让留在瓜达康纳尔岛上的美军陆战队，能够不流一滴血全部撤退，“未来”放出射手座之箭－－鱼叉飞弹予以警告。然而在同一时刻，“大和”所率领的攻击部队接近瓜岛，目的是要歼灭登陆的美军陆战队第一师团。来自“大和”催促角松等人从瓜岛撤退的通讯，等于是宣告了草加的背叛。

不是大日本帝国，也不是败战之後的日本，而是建立全新的国度“日邦格”，这就是草加的野心。为了实现“值得夸耀的谈和”，草加表示必须歼灭美军陆战队，而角松警告如果不停止攻击，将会以对舰飞弹攻击“大和”。草加问角松“身为指挥官的你，现在冷静吗？”，听到答案之后就忽然切断了通讯。

拯救在史实上应该全灭的瓜岛工兵队。2500名队员中，只有185人来到海岸。角松将上船作业交给津田之后进入密林，并且遇见工兵队的冈村少佐。他仍然留在密林里寻找失踪的队员们。依照史实，冈村将与一周后前来的瓜岛进攻部队并肩作战，并且在最后生还。

为了收容草加等人，“未来”进入了联合舰队的根据地特鲁克。梅津舰长与山本长官见面，并且述说着今后的历史。山本在陆军的彻底交战派代表－－过政信的压力下，被逼迫继续协助瓜岛登陆计画，为了尽早与各国谈和，山本希望梅津能让出“未来”的指挥权……。

山本长官的反对终究徒劳无央A瓜岛作战依照原订计画进行。由冈村少佐所率领的工兵队…将与历史相同和一木分队并肩作战。登陆特鲁克的角松在偶然间发现草加。追着他到最后所看到的，是正准备要起飞的陆军飞机……！

“未来”即将返回横须贺。然而在瓜岛决战的关键时刻，不能将驱逐舰挪为护卫之用，联合舰队司令部因而意见分歧。此时泷少佐提议由潜舰护卫，同时自己也一起为未来护航。将“未来”视为灾难源头的泷，心中究竟在想些什么?回到日本的草加与石原莞尔见面，提供能够颠覆目前美日利害关系的情报。这个时候，美国航空母舰“胡蜂号”召集了哈顿中校率领的轰炸飞行队。

与伊21号潜舰共同返回横须贺的“未来”，在雷达上捕捉到尚未确认的飞机影子。伊号的回答是“日本军机”。有所怀疑的角松与柳一起进入伊号。击沉“未来”－这就是泷的答案。伊号急速下潜，被留在海面上的未来，眼前出现了美军40架战机的大型编队…！判断留在伊号的角松等人应该安全，因此未来选择离开作战海域，然而伊号却以每分2m的速度再度上浮！

遭受到第六轰炸飞行队攻击的未来，如果使用自动发射管制模式，就可以在一瞬间击坠整个编队。然而菊池选择只打倒部份战机，藉以重创敌方的战意，因此只发射主炮及6发海麻雀飞弹。战斗开始之后仅一分钟，飞行队便丧失半数的战机，然而残存的部队毫不退缩，哈顿的座机从上空对“未来”发动突击…！船舰损伤，队员牺牲了生命…。面对准备进行第二次攻击的胡蜂号，菊池所做出的决定是？！

击沉“胡蜂号”……这是菊池的痛苦抉择。站在不同立场的全都是“敌人”，如果无法承认这一点，就无法保护自己－－。“未来”朝着“胡蜂号”发射出战斧飞弹。角松藉由伊号的潜望镜，得知了海上所发生的事态。射向天空的战斧飞弹，以及受创冒烟的“未来”……。角松回顾菊池当年的想法。菊池在即将从防卫大学毕业之前，曾经一度拒绝晋升任官。

无视于“未来”警告的“胡蜂号”被战斧飞弹击中，一万五千吨的空母在三十分钟之内沉没。在伊号潜舰中，泷宣布要以鱼雷攻击“未来”。即使“未来”拥有压倒性的战力，面对从近距离一齐发射的鱼雷，也不可能完好无伤……无视於柳的担心，角松断言这是不可能的。角松要柳说出“无法发射鱼雷的理由”，柳也连忙说出了某个答案。伊号潜舰的岛本舰长，在听到这个答案之后将会……？！

一木分队第二梯团放弃登陆瓜岛。冈村对过参谋说出他从“来自未来的人”那儿听到的瓜岛攻防战结果。日军惨败，两万五千名官兵因疾病及饥饿而死－－面对打算自杀的过参谋，冈村会采取什么行动？！“未来”将“胡蜂号”击沉之后，对于双方的乘员都造成冲击。哈顿面临第六轰炸队瓦解，已经好友死去的惨剧。“未来”也必须面对“五人丧生”的现实。目睹到战争的沉重，有所觉悟的队员们将会……。

Upon "returning" to Yokosuka, the crew of Mirai find that the navy has arranged to have them dock away from the harbor, under the guns of a naval artillery battery. Feeling suspicious, Mirai contacts the Yokosuka Naval Base to demand that someone with real authority be sent to negotiate the conditions of their stay. The navy brass are divided over what to do, but Admiral Yonai enters the conference room to volunteer himself as the envoy and goes to Mirai alone. On board the Mirai, Yonai remarks to Captain Umezu and Kadomatsu that he'd rather see Mirai reduced to a pile of scrap metal. He reminds them that they are not of this era and that it is best that Japan lose the war to awaken her people from the allure of imperialism and militarism. Even if the defeat costs lives of millions, it is necessary to shock the Japanese people into rejecting the military dictatorship so that Japan could prosper for the next 100 years.

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