14岁的初二女生月野兔是个性格迷糊的爱哭鬼。某天，在赶往学校的路上，她救下了遭到小孩子们欺负的黑猫露娜，并揭下了它额头上的封印。在露娜的指引下，小兔变身成了水手月亮，并消灭了附身在奈留妈妈身上的恶魔。从此，小兔肩负起对抗黑暗势力，以及寻找月亮公主的使命……

十番街新开了一家占卜屋，店里的灵力少女占卜很准，吸引了许多学生前往占卜。其实，灵力少女是黑暗王国派出的恶魔，专门吸取学生们的能量。占卜过的学生全都性格大变，行为轻佻。露娜从他们身上感受到邪恶力量，便让小兔前往占卜屋调查。在这里等着她们的是失去理智的同学和邪恶的魔女……

《午夜零点》是一档情书分享节目，情书被选中者会获得节目赠送的花形胸针。小兔也很想获得胸针，可她并不知道这与最近流行的神秘嗜睡症有着莫大的关系。奈留的情书被节目选中播出，她获得胸针后也患上嗜睡症，小兔为此潜入电台调查真相。这次，小兔将与杰戴特直接对阵……

小兔的体重又增加了，为了瘦身，小兔开始了节食减肥，可是收效甚微。春菜老师的身材在短时间内变得很好，这令小兔无比羡慕。小兔从海野那打听到，春菜老师去莎普林健身中心锻炼才有了这样的效果。于是，小兔等人也来到了莎普林。然而，等待她们教练竟然是杰戴特……

小兔想把露娜养在家里，可是小兔的弟弟进悟因为害怕猫而坚决反对，最后妈妈提议由姐弟俩一起照顾露娜。进悟无法接受露娜，却迷上了十番街宠物店贩卖的一种叫做“夏奈拉”的宠物。进悟被夏奈拉的魔力控制，能量被吸走，日渐衰弱。小兔也险些被夏奈拉控制，多亏露娜相救。清醒后的小兔来到宠物店调查真相……

雨出佑介是一位优秀的钢琴演奏家，一直暗恋着晶子小姐。晶子生日这天，佑介来找晶子告白，却因故未能说出口。佑介从晶子手里得到了恶魔的病毒磁带，恶魔为了夺回磁带追杀佑介。慌乱奔逃中的佑介遇到了小兔，道出原委后，佑介与小兔分手。小兔放心不下，紧随其后。恶魔终于对佑介下手了，小兔将要替月行道，消灭恶魔……

看到学姐白鸟蜜柑成为了大明星，小兔等人幻想有朝一日也能成为像她那样的明星，可是小兔却不知如何才能踏上星途。终于机会来了，由蜜柑代言宣传的灰姑娘选拔赛要开始了。小兔和同学们为之心动，也想参加比赛，藉此成为明星。但她们并不知，此时的蜜柑已经被恶魔替代，这场比赛是杰戴特的一个阴谋……

水野亚美是一名成绩优秀的天才少女，露娜在她身上感受到一股特殊的能量，并怀疑她是新的敌人。小兔为了让亚美帮助她提高成绩而不顾露娜劝阻接近亚美，无意中发现了亚美常去的补习学校竟与恶魔有关。于是，小兔前往调查。而水野亚美的真实身份也将揭晓……

水兵水星的出现催使邪恶势力加紧了搜集人类能量的步伐，杰戴特新的作战计划是偷取人类的时间。这天，妈妈买了一个新闹钟送给小兔，第二天早上小兔不仅没有迟到，而且早早来到学校。老师和同学们也都变得很赶时间。经过调查，原来大家都用了从钟表店买回来的新钟表，在时间的加速流逝中，人们的能量也在流失……

巴士来到仙台坂车站后神秘失踪，全车乘客音讯全无。小兔等人认为巴士遭到了诅咒，决定到火川神社祈求护身符辟邪。火野丽是神社的巫女，误将小兔当成恶灵。然而，真正的恶灵就潜伏在神社中，并吸取前来祈福的少女的能量。为了调查事情的真相，小兔和亚美来到了仙台坂。另一方面，小丽发现了身边的恶魔。在露娜的指引下，小丽变身成了水手火星……

新开张的梦幻乐园接连发生神秘事件，上周有五十多名游客在这里离奇失踪。小兔几人来到游乐场进行调查，他们在这里遇到了梦幻公主。紧接着奇怪的事情不断降临在身边，小兔等人也发现了事情诡异。果然，梦幻公主是恶魔所变。美少女战士们与之战斗，小兔和小丽却中了“美男计”……

浪漫的豪华游轮即日首航，小兔做梦都想坐游轮度过浪漫的时光。她参加抽奖却屡屡不中，丽一次便抽到了头奖，获得了两张船票。丽和小兔赌气，邀请了亚美同她一同上船，小兔只能变身成女记者潜入游轮。在游轮上，小兔发现了异常之处，原来这次首航又是恶魔的阴谋……

杰戴特向水手服战士们下了挑战，约小兔三人去羽田机场进行决战。小兔与亚美、丽如约来到羽田机场，遭到了杰戴特小喽啰的追击。水手服战士们消灭了喽啰，杰戴特现身施法，控制飞机袭击美少女们。关键时刻，夜礼服假面出手相助，却不敌杰戴特。

杰戴特因为屡屡失败，而被打入“永恒睡眠”，接替他的新指挥官是涅夫莱特。与杰戴特大量吸收众人的能量不同，涅夫莱特利用星宿选定那些自身能量达到顶峰的人，然后获取他们的能量。这次，涅夫莱特选定的目标是天才网球少女西园寺瑠衣，他化身成体育经纪人接近瑠衣，并对她施下了魔咒……

在东京塔附近，有一座宁静又美丽的公园。亚美如果不上补习班，就会到这里来。然而，这座公园马上就要被拆除了。守护人叔叔独自一人照顾着园中的花木，很是落寞。丽希望在公园被拆除前能够和男朋友到这里来。百般纠缠下，丽与地场卫来到公园约会，小兔心生嫉妒暗暗跟踪。另一方面，守护人叔叔已经被涅夫莱特选中……

家政课老师秋山日暮是一位大龄单身女青年，一直梦想可以穿上自己缝制的婚纱步入殿堂。终于，一位平凡的公司小职员向他求婚了，秋山老师的梦想即将实现。手工婚纱大赛举办在即，获得头奖就可以获得免费的豪华婚礼。女学生和女老师们都投入了这场比赛，秋山老师也是其中之一。然而，从她开始缝制婚纱，便性情大变。原来他已经中了涅夫莱特的魔咒……

进悟的同学美香在法式人偶比赛中得了冠军。美香将自己得奖的人偶送给进悟作为礼物，同学们起哄二人，进悟碍于面子拒绝了美香的礼物，并失手将人偶跌落摔碎。美香因此陷入到悲伤之中。进悟被小兔教训后，上门向美香道歉，却在美香家门口看到了涅夫莱特也来到了美香家……

涅夫莱特发现水手月亮的弱点就是燕尾服蒙面侠。然而，他并不知道水手月亮的真实身份，为了引出月光仙子，涅夫莱特向女学生们广发情书。奈留巧遇涅夫莱特，并误以为涅夫莱特就是燕尾服蒙面侠。同时，涅夫莱特也误以为奈留就是水手月亮。约会当晚，涅夫莱特对奈留下手。小兔赶来营救却不敌涅夫莱特。这时，真正的燕尾服蒙面侠出现了……

小兔、亚美和小丽来到海边度假修行。人在前往旅馆的路上迷了路，又恰逢雷雨。小兔害怕打雷向前一路狂奔，被躲在路边的沙希子吓到。沙希子带着三人来到了一座古宅，迎接他们的是幽灵般的家仆和严厉的父亲。沙希子拥有控制幽灵的潜能，一直以来被父亲严格管制训练，因此没有朋友孤单地生活着。亚美看到这样的沙希子，仿佛看到了曾经的自己，并希望能够帮助她……

水手V即将被拍成动画，作画导演浩美的设计稿却久久不能通过。这天，浩美的设计又被否定了，回去的路上不慎遗落了稿件。亚美捡到了稿件，在寻找主人的过程中发现了涅夫莱特。另一边，浩美发现好友兼同事和子的设计非常优秀，受到刺激的她决定使用与约定之铅笔。可是，铅笔只剩下一小截，正当烦恼之时涅夫莱特出现在她面前……

钻石王国的女王储正在日本访问，今天要在大使馆举办宴会，届时会展示祖传的魔幻秘宝。黑暗王国得知消息后，派涅夫莱特前往调查秘宝是否为“魔幻银水晶”。小兔变身成公主蒙混过关进入宴会，顺便查找月亮公主的下落。夜礼服假面被梦境指引，也来到了宴会。二人在宴会邂逅，再续前缘……

奈留深深爱上了涅夫莱特，脑子里时时刻刻都是他的身影，并希望能够和他谈一场恋爱。小兔得知后非常担心，决定帮助奈留。涅夫莱特屡屡失败惹怒了贝丽尔女王，为了挽回局面，他开始寻找银水晶的下落，并发现奈留身上可能有银水晶。涅夫莱特为了获得水晶，开始接近奈留。

为了得知月光仙子的真实身份，涅夫莱特再次接近奈留，并欺骗她自己改过，愿意与水手服战士合作。奈留不知所措，便向小兔倾诉。小兔担心她的安危，半夜赶往奈留家。途中受到涅夫莱特魔法的阻挠，于是变身成水手月亮，暴露了身份。与此同时，佐伊塞特派人抓走了奈留，涅夫莱特发现后，决定前往营救……

慌忙赶路的小兔撞伤了小混混，眼看要被流氓欺负的时候，被一位身手不凡的少女所救。少女名为木野真琴，刚刚转学到十番中学。这天在游戏厅，真琴被一名抓娃娃机高手少年丈所吸引，紧紧跟随在他身后。见到佐伊塞特夺取丈身上的彩虹水晶，真琴出手击退了佐伊塞特。但丈最终还是变成了恶魔，小兔陷入苦战。在露娜的引导下，真琴变身成水手木星加入战斗……

奈留仍然沉浸在涅夫莱特之死的悲伤中，已经一个星期没有来上学了。这天，小兔和海野来到奈留家探望，奈留主动提议出去散心，小兔和海野欣然陪同。在前往中华街的路上，奈留像一位牧师告解。正当牧师安慰她时，佐伊塞特出现了，他是为了夺取牧师身上的彩虹水晶而来。小兔与真琴拯救了牧师，经过这次事件，真琴也肯定了小兔。

浦和君是一个拥有预知能力的少年，他用自己的超能力救了亚美，并且提前预知考题得了第一，超过了亚美。浦和其实一直都暗恋着亚美，小兔决定帮助浦和追求亚美。浦和的预知能力来自于他体内的彩虹水晶，在佐伊塞特的魔咒下，浦和变成了恶魔。经过一场战斗，浦和恢复了人性。

梦野梦见的画都是以爱情为主题的，并且传说只要有她的画，恋爱的愿望就会实现。可是，最近她陷入了低潮期，一直没有新作发表。原来梦见苦于没有模特而缺乏灵感。这天在画展上，梦见看中了小兔和阿卫，邀请他们做自己的模特。在梦见的画中，小兔和阿卫成为了恋人。

真琴对元基哥哥产生了好感，而元基却喜欢着理香小姐。理香马上要去非洲做研究，元基希望她能留下，却怕耽误他的前程。这天，真琴前来拜访元基，发现他原来已经有女朋友了。而小兔这边对元基也是死心不改，这样纠结的四角关系着实令人头疼……

这晚，小丽的爷爷遭到了佐伊塞特的攻击，原来，爷爷的体内有彩虹水晶。爷爷从房顶掉下来时，惊醒了在神社打盹的少年雄一郎。雄一郎对小丽一见倾心，于是想拜爷爷为师，希望能够留在神社。爷爷收下了雄一郎，并开始教导他。但是，那晚之后的爷爷变得很是异常。雄一郎也在荒诞的修行中展开他的求爱……

露娜卷入了野猫争夺地盘的战争，被野猫帮派追杀，幸得一只名为“红色斗士”的肥猫相救。小兔等人根据新月棒的指示来到了第七颗彩虹水晶拥有者的家，露娜在这里再次遇到了“红色斗士”。并且。再次被斗士拯救。佐伊塞特对斗士的主人施咒，却没有出现彩虹水晶。原来，彩虹水晶在斗士的身上……

海野对奈留心生好感，可奈留却只当他是好朋友。在小兔的教唆下，海野扮起了“礼服海野蒙面侠”暗中保护奈留，却闹出了许多笑话。元基哥哥送给小兔两张红衣侠表演的的票，小兔为了撮合海野和奈留，让二人一起去看表演。佐伊塞特为了引出水兵月亮，想把奈留变成恶魔，结果失手把红衣侠的表演者变成了恶魔。奈留的生命受到威胁，海野挺身救美……

近日，一个冒牌的水手月亮突然出现，抓捕抢劫犯，拯救遇难工人，受到人们的欢迎。小兔等人为了查明冒牌货的身份，一路追踪，发现冒牌月亮被昆茨埃特抓住。正牌们与昆茨埃特交战，但是实力太过悬殊，根本无力还击。夜礼服假面突然出现救下了冒牌月亮，却也因此中了诡计。在众人无所适从之际，最后一位战士水手金星登场了!

小兔遇到了阿卫，发现他受伤后便紧随其后，结果卷入了阿卫与佐伊塞特的决斗。星光塔中，阿卫中了佐伊塞特的奸计，两颗彩虹水晶被骗走。为了夺回水晶，阿卫与小兔向顶楼进发。在遭到袭击的紧迫关头，小兔在阿卫面前变身成水手月亮，阿卫也现出了夜礼服假面的真身。为了救小兔，阿卫受了重伤。悲伤的小兔留下了眼泪，彩虹水晶汇入眼泪变成了魔幻银水晶。随后小兔觉醒，原来她就是月亮公主。

倩尼迪与安迪米奥，小兔和阿卫的前世记忆被唤醒。能量透支的小兔昏了过去，阿卫被昆茨埃特带回了黑暗王国。小兔因此陷入了自责与迷惑，她不愿再战斗下去。这时，昆茨埃特再次出现，水手服战士们不敌。紧要关头，小兔发挥了魔幻水晶的力量击退了敌人，阿卫在黑暗王国接受治疗。

夜礼服见面被抓走后，小兔一蹶不振。为了让小兔振作起来，美奈子提议让她换个新发型。十番街新开了一家美发沙龙，二人来到沙龙美发。其实，沙龙的真正目的是为了查出水手月亮的身份。小兔与沙龙主老板战斗了起来，正当她准备用新月棒恢复老板心智的时候，却遭到了敌人的阻碍。而阻碍他的不是别人，正是夜礼服假面……

作为月亮公主，小兔连一点公主的自觉性都没有，每天仍然浑浑噩噩地度日。最近，萝丝伯爵夫人在公馆开设了公主训练班，当地有头有脸家的女儿都被送入公馆接受贵族修养训练。小兔也希望进入公馆学习，但并不是出于公主的自觉。什么都做不好的小兔居然因为飞盘玩的好而被伯爵夫人接受，原来这又是库茨艾特的阴谋……

赢得“月亮公主滑雪赛”的人就会得到月亮公主的称号，小兔认为这简直是为她举行的比赛。在小兔的怂恿下，美少女们一起来到了月光赛道，小兔和丽都参加了比赛。在比赛过程中，怪事连连发生，小兔和丽被妖魔困在冰墙之内，雄一郎为了救丽被妖魔冻住。正当生死瞬间，夜礼服假面出现了，他再次出手救了小兔。

花样滑冰是月亮王国的流行运动，传说月亮公主的滑冰技艺非常高超。前奥运花样滑冰冠军杰妮琳和米沙为新滑冰馆当教练，因而吸引了大批学员，美少女战士们也慕名而来。小兔想在众人面前展示技艺反而出尽了洋相。真琴的滑冰技术出众，一时成了场上的焦点。米沙注意到了真琴，并邀请她一起滑冰，真琴被米沙深深的吸引，可她并不知道米沙接近她的真正目的……

小兔一家去温泉旅行，温泉的边上有一座湖，传说湖底封印了怨灵。阿卫奉命前来调查，并与小兔再次相遇，可他完全想不起来小兔。阿卫唤醒了湖底的怨灵，怨灵误将小兔当成仇人对她发起了攻击。父亲为了保护家人被妖魔抓住，小兔正要变身之际，夜礼服假面出现救了爸爸。紧接着美少女战士们也全部登场与怨灵展开战斗……

安迪米奥用黑水晶抓获了最强妖魔七人组中的五人，浦和用残存的预知能力感受到下一个就会轮到自己，并通知亚美去保护丽的爷爷。美少女战士们兵分两路，真琴与亚美去寻找浦和，其他的人保护爷爷。路上真琴鼓励亚美不要再逃避对浦和的爱。亚美与真琴找到了浦和，与此同时，安迪米奥出现在三人面前。这次，亚美要为了真爱与阿卫对决。

国际女刑警卡塔琳娜与美奈子情同姐妹，并且知道她的水手V身份。卡塔琳娜再次与美奈子相见，目的是为了探查水手服战士们的真实身份。美奈子守口如瓶，卡塔琳娜未能得逞便化身蝴蝶妖追杀美奈子。美奈子被妖魔擒获，幸亏小兔赶到将美奈子救走。脱险后的美奈子向小兔道出了与卡塔琳娜以及艾伦的一段悲恋往事……

水手服战士们发生了内讧，甚至在战斗现场争吵起来。争吵的场面被小报记者拍到，发出了水手月亮被孤立的报道。其实，这一切都是水手服战士们设下的陷阱，为了引出恶魔潜入黑暗王国。水手月亮向记者发出了秘信，引出了昆茨埃特。但昆茨埃特很快识破了战士们的计谋，并用计引出了其他战士。在一场斗智之后，战斗开始了……

水手金星发现了通往黑暗王国的入口，水手服战士们向黑暗王国进发。途中遇到了昆茨埃特，并被他打入了多次元空间。在一片废墟里，倩尼迪女王出现向小兔他们讲述了关于月亮王国的前尘往事。在新月棒的引领下，战士们从多次元世界返回，经过团结一心的战斗，最终消灭了昆茨埃特。

决战的日子到了，水手服战士们来到了极地，向黑暗王国深处进发。DD少女组阻拦战士们前进，木星、水型、金星、火星牺牲了自己的生命才消灭了少女组。真琴、亚美、美奈子、丽，眼看伙伴们一个个离去，小兔陷入了无尽的悲伤。但小兔相信朋友其实会永远与自己在一起，她又重新振作起来，独自迎接最终的决战。

小兔进入了黑暗王国的中心，在这里等待着她的是贝丽尔和完全被控制的阿卫——安迪米奥。小兔试图用新月棒唤醒阿卫，反而被阿卫打成了重伤。生死关头，小兔打开了阿卫送他的八音盒唤醒了阿卫。阿卫为了救小兔，中了贝丽尔的水晶而死。黑暗统治者梅塔利亚终于借贝丽尔之身重生。