The second season of Nip/Tuck premiered on June 22, 2004 and concluded on October 5, 2004. It consisted of 16 episodes.

Christian sait désormais qu'il n'est pas le père de Wilber, le fils de Gina: son véritable père est James Sutherland, l'un des nombreux autres amants de passage de Gina. Christian décide néanmoins de s'occuper de l'enfant, conjointement avec Gina (bien que n'étant pas en couple avec elle) et ne tarde pas à s'attacher à lui. C'est compter sans la présence de James, qui va essayer de leur en soustraire la garde.

Sean apprend que Matt, le fils de son épouse Julia, n'est pas de lui: son véritable père est son meilleur ami, Christian. Cette découverte porte un coup fatal au couple de Sean et fissure pour quelque temps son amitié avec Christian.

Julia, dépressive, se sépare de Sean et passe très près de la mort. Elle voit arriver le désastre qu'incarne sa mère, Erica Noughton, une femme accomplie, mais envahissante, égoïste et effroyablement imbue d'elle-même.

Liz, qui désire être mère, décide de recourir à l'insémination artificielle. Christian lui propose de lui servir de donneur de sperme, ce qu'elle accepte, mais la grossesse se finira tragiquement.

Mais la véritable épreuve dans cette saison, c'est la diabolique Ava Moore. D'abord coach personnel de Julia, elle devient ensuite la maîtresse du jeune Matt. Elle se révèlera malsaine et manipulatrice, aussi bien avec Matt qu'avec son fils adoptif, Adrian. Cependant, cette femme recèle bien des secrets, et pas des moindres...

D'autres événements viendront bousculer le quotidien du cabinet McNamara/Troy. Ainsi, Christian va se sentir attiré par la beauté intérieure d'une femme aveugle ; le Découpeur, un violeur masqué qui défigure ses victimes, va s'en prendre à nos deux chirurgiens ; Merrill Bobolit, déchu, est devenu un minable toxico, ce qui ne l'empêche pas de continuer à (mal) faire son travail dans une arrière salle d'une boutique de manucure...; Kimber, devenue productrice star du porno, va séduire Sean...