All'interno della balena, la ciurma trova uno scenario inaspettato: le "pareti" sono ornate da un cielo azzurro e, all'interno dell'animale, si trova anche una strana isola abitata da un misterioso individuo, Crocus, che osserva i pirati con aria di sfida. Rufy, che al contrario degli altri non è stato divorato dalla balena, ma vi è entrato da una botola sul dorso della bestia, incontra due individui furtivi. Alla fine dell'episodio, la ciurma si riunisce.

Dopo che Lovoon inizia a colpire con violenza la scogliera e dopo che Crocus l'ha sedata, il medesimo inizia a raccontare la triste storia dell'animale. Molti anni prima infatti la balena aveva stretto un forte rapporto di amicizia con una ciurma di pirati. Essi prima di andar via e per impedire all'animale di seguirli, promisero che prima o poi sarebbero tornati ma essi non tornarono più. Rufy, comprendendo la tristezza di Lovoon, decide di sfidarla, e dopo averla sconfitta le promette che prima o poi lui e la sua ciurma sarebbero tornati dalla Rotta Maggiore. Per suggellare il patto, il pirata disegna sul muso della bestia il simbolo della sua ciurma chiedendo inoltre all'animale di non colpire più la scogliera in quanto ciò avrebbe determinato la scomparsa del disegno. Infine Rufy e la sua ciurma partono insieme a Mr.9 e Miss Wednesday (i due strani individui incontrati da Rufy) alla volta di Whisky Peek, l'isola di questi ultimi.

Giunti nell'isola, la ciurma di Cappello di Paglia viene accolta da una folla festante: gli abitanti di quest'isola infatti amano i pirati. Inizia una grande festa in cui tutti sono i coinvolti. A poco a poco i pirati si addormentano stremati dai festeggiamenti. Gli amichevoli abitanti di Whisky Peek però si scambiano tra loro delle strane occhiate che non fanno presagire nulla di buono.

L'unico dei pirati a rimanere sveglio è Zoro. Infatti sin dall'inizio aveva avuto qualche sospetto riguardo alla strana accoglienza degli abitanti di Whisky Peek. Effettivamente Whisky Peek non è altro che una base della pericolosa organizzazione di mercenari chiamata Baroque Works, la quale tempo addietro aveva avvicinato Zoro per far sì che entrasse fra le loro file. Tale organizzazione è coperta da un alone di mistero: spesso neanche i suoi membri conoscono i veri obiettivi dell'organizzazione e nessuno conosce la vera identità di tutti gli altri componenti. Zoro inizia un terribile duello contro tutti gli uomini della Baroque Works ivi stanziati ed ha la meglio.

Durante i combattimenti arrivano nell'isola altri uomini della Baroque Works con il compito di eliminare una spia interna all'organizzazione che ha scoperto il nome del Gran Capo dell'organizzazione. Essi sono Mr.5 e Miss Valentine. I traditori che cercano non sono altro che Miss Wednesday e Mr.8. Sia Mr.9 che Miss Monday intervengono in difesa di Miss Wednesday, ma vengono eliminati dai due nuovi arrivati. Rufy si sveglia e trova nel villaggio solo persone ferite. Scoprendo che tale "ecatombe" è opera di Zoro, Cappello di Paglia, ignaro della verità, inizia uno scontro terribile contro il suo compagno.

Lo scontro tra Rufy e Zoro viene interrotto da Nami. Dopo avere risolto il malinteso, i due si liberano facilmente sia di Mr.5 che di Miss Valentine. Successivamente Miss Wednesday rivela la sua vera identità e quella di Mr.8: lei è la Principessa Bibi di Alabasta e Mr.8 è il capo dell'esercito reale, ovvero Igaram. Mentre sta rivelando il nome del Gran Capo dell'organizzazione, ovvero Crocodile membro della temibile Flotta dei 7, due spie della Baroque Works (Mr.13 e Miss Thursday) disegnano gli identikit di Rufy, Zoro e Nami. Bibi rivela che obiettivo dell'organizzazione e di Crocodile non è altro che destabilizzare il regno di Alabasta per poi assumerne il controllo. Igaram prende il mare assumendo l'identità di Bibi, ma viene immediatamente eliminato da una terribile esplosione, provocata da Miss All-Sunday. La ciurma di Rufy prende il mare con Bibi ed il suo fedele amico Karl. All'interno della nave incontrano Miss All-Sunday che però non mostra di avere intenzioni cattive e dopo poco se ne va.

Kobi ed Hermeppo sono diventati due mozzi di una delle basi della Marina. I due intervengono per cercare di ostacolare il capitano Morgan che, essendo stato arrestato per la sua corruzione, cerca di fuggire. I due ragazzi vengono notati dal vice ammiraglio Garp, uno degli ufficiali più stimati di tutta la Marina, il quale decide di prenderli con sé.

Kobi ed Hermeppo continuano nella Base Centrale della Marina a ricoprire degli umili incarichi, senza potersi allenare con le altre reclute. Hermeppo è sul punto di abbandonare, ma spinto dalla determinazione di Kobi che inizia ad allenarsi da solo di notte, decide a sua volta di rimanere e di seguirne l'esempio. Garp segue con attenzione i progressi dei due ragazzi che fanno presagire per entrambi una brillante carriera.

Rufy e la sua ciurma arrivano nell'isola di Little Garden. L'isola ha una vegetazione preistorica ed è abitata da dinosauri. L'evoluzione dell'isola si è fermata alla preistoria. Questa è una delle caratteristiche delle isole della Rotta Maggiore: ognuna ha suoi particolari clima, fauna e vegetazione. Tutti scendono dall'imbarcazione, ad eccezione di Usop e Nami, impauriti da ciò che potrebbe celare quell'isola.

Rufy, Bibi e Karl incontrano, all'interno della foresta, il gigante Dori mentre Usop e Nami incontrano il gigante Brogi. I due si rivelano immediatamente gentili ed amichevoli. Zoro e Sanji stanno compiendo una gara di caccia: vincerà chi riuscirà a catturare la preda più grande. Sono giunti sull'isola anche alcuni agenti della Baroque Works: oltre a Mr. 5 e Miss Valentine, anche l'astuto Mr. 3 e Miss Goldenweek, un'abile pittrice. Il loro obiettivo è quello di eliminare sia la ciurma di Cappello di Paglia e la principessa, sia i due giganti sui quali pende una taglia di 100 milioni di berry.

Dopo uno degli scontri abituali con il rivale Brogi (infatti, ad ogni eruzione del vulcano, i due si scontrano per decidere chi dei due sia il più forte), Dori viene ferito dall'esplosione del barile di birra che stava ingurgitando (Mr. 3, infatti, ha iniziato ad intessere la sua trappola mortale). Convinto che il responsabile sia Rufy, Dori si scontra con lui. Pur avendo capito la sua innocenza, sentendo l'eruzione, decide di intrappolare il giovane sotto un enorme masso in modo tale che non possa intervenire nello scontro a sua difesa. Dori, vistosamente ferito, si reca pertanto allo scontro con Brogi.

I due giganti si scontrano. Dori, indebolito dall'esplosione, viene sopraffatto da Brogi, perdendo i sensi.

Mr. 3, con un gigante in meno, decide di intervenire e, grazie al potere del suo frutto del diavolo, ovvero quello Dela Dela che gli permette di creare e modellare la cera a suo piacimento, intrappola in questo modo Nami, Bibi, Brogi e Zoro. Con essi, costruisce una grandissima statua di cera. Rufy è ancora imprigionato.

Rufy, infine, riesce a liberarsi. Pur intervenendo in soccorso dei suoi amici, invece di liberarli, per errore, accelera addirittura il processo tramite il quale i quattro stanno diventando delle statue di cera. Inoltre, viene reso inoffensivo da Miss Goldenweek: infatti, con l'aiuto della sua tavolozza di colori, la ragazza riesce ad ipnotizzare il giovane capitano.

Usop, finalmente, interviene riuscendo a liberare Rufy dall'effetto dell'incantesimo dei colori di Miss Goldenweek. Anche Zoro, Nami, Bibi e Brogi vengono liberati. In tal modo, sia Mr. 5 che Miss Valentine vengono rapidamente eliminati e Mr. 3 si dà alla fuga. Mentre Brogi piange di fronte a Dori, questi riprende i sensi.